MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_3

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017654	TTG	2	6	372	377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504829
2	NC_017654	CGT	2	6	861	866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
3	NC_017654	TGC	2	6	909	914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
4	NC_017654	TTG	2	6	1035	1040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
5	NC_017654	GTT	2	6	1087	1092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
6	NC_017654	TGC	2	6	1098	1103	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
7	NC_017654	GTG	2	6	1111	1116	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504830
8	NC_017654	TCG	2	6	1123	1128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504830
9	NC_017654	TGT	2	6	1190	1195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504830
10	NC_017654	TCC	2	6	1221	1226	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504830
11	NC_017654	GCA	2	6	1249	1254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504830
12	NC_017654	GCA	2	6	1276	1281	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504830
13	NC_017654	GCG	2	6	1371	1376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504830
14	NC_017654	ATA	2	6	1409	1414	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504830
15	NC_017654	CAC	2	6	1418	1423	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504830
16	NC_017654	TCA	2	6	1445	1450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504830
17	NC_017654	TTC	2	6	1461	1466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504830
18	NC_017654	TGA	2	6	1887	1892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504831
19	NC_017654	TGA	2	6	1920	1925	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504831
20	NC_017654	ACG	2	6	1935	1940	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504831
21	NC_017654	TCC	2	6	2023	2028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504831
22	NC_017654	ACC	2	6	2064	2069	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504831
23	NC_017654	TCA	2	6	2103	2108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504831
24	NC_017654	CTT	2	6	2192	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504831
25	NC_017654	TCC	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387504831
26	NC_017654	CTG	2	6	2345	2350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504831
27	NC_017654	TGA	2	6	2645	2650	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
28	NC_017654	CCG	2	6	2852	2857	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
29	NC_017654	TAT	2	6	3017	3022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504832
30	NC_017654	TGC	2	6	3142	3147	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
31	NC_017654	GCC	2	6	3166	3171	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
32	NC_017654	ATG	2	6	3430	3435	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
33	NC_017654	ATC	2	6	3468	3473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
34	NC_017654	CTG	2	6	3567	3572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
35	NC_017654	AGA	2	6	3575	3580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504832
36	NC_017654	ATC	2	6	3645	3650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
37	NC_017654	GAA	2	6	3696	3701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504832
38	NC_017654	TGG	2	6	3703	3708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504832
39	NC_017654	TCG	2	6	3725	3730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
40	NC_017654	CTG	2	6	3744	3749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
41	NC_017654	CGG	2	6	3831	3836	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504832
42	NC_017654	GAC	2	6	3846	3851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504832
43	NC_017654	TAC	2	6	4024	4029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
44	NC_017654	TCA	2	6	4118	4123	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
45	NC_017654	TGC	2	6	4148	4153	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
46	NC_017654	TGA	2	6	4235	4240	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
47	NC_017654	TGC	2	6	4309	4314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
48	NC_017654	TGA	2	6	4343	4348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
49	NC_017654	TGA	2	6	4382	4387	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
50	NC_017654	GGA	2	6	4593	4598	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504832
51	NC_017654	TAA	2	6	4679	4684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504832
52	NC_017654	TCT	2	6	4787	4792	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504832
53	NC_017654	CAG	2	6	4837	4842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504832
54	NC_017654	GCT	2	6	4874	4879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
55	NC_017654	ATG	2	6	4942	4947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
56	NC_017654	CAA	2	6	5144	5149	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504832
57	NC_017654	TGA	3	9	5174	5182	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
58	NC_017654	CCG	2	6	5189	5194	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504832
59	NC_017654	CGT	2	6	5339	5344	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504832
60	NC_017654	ATC	2	6	5380	5385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504832
61	NC_017654	ATG	2	6	5410	5415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504832
62	NC_017654	ATT	2	6	5470	5475	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504832
63	NC_017654	ATG	2	6	6286	6291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
64	NC_017654	CAA	2	6	6367	6372	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504833
65	NC_017654	TGA	2	6	6401	6406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
66	NC_017654	AGC	2	6	6431	6436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504833
67	NC_017654	GCA	2	6	6538	6543	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504833
68	NC_017654	GCT	2	6	6596	6601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504833
69	NC_017654	TGA	2	6	6602	6607	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504833
70	NC_017654	TGA	2	6	6827	6832	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
71	NC_017654	TGA	2	6	6850	6855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
72	NC_017654	AGG	2	6	6862	6867	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504834
73	NC_017654	GCA	2	6	6901	6906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504834
74	NC_017654	CAT	2	6	7005	7010	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504834
75	NC_017654	AAT	2	6	7053	7058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504834
76	NC_017654	TGT	2	6	7073	7078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504834
77	NC_017654	TGA	2	6	7094	7099	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504834
78	NC_017654	AGA	2	6	7168	7173	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504834
79	NC_017654	ACA	2	6	7314	7319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504835
80	NC_017654	AGG	2	6	7622	7627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504835
81	NC_017654	CAG	2	6	8851	8856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504837
82	NC_017654	TGA	3	9	9004	9012	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504838
83	NC_017654	GCG	2	6	9064	9069	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504838
84	NC_017654	CCG	2	6	9122	9127	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504838
85	NC_017654	AAT	2	6	9155	9160	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504838
86	NC_017654	GGT	2	6	9220	9225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504838
87	NC_017654	GTC	2	6	9272	9277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504838
88	NC_017654	GAT	2	6	9296	9301	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504838
89	NC_017654	CTG	2	6	9354	9359	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504839
90	NC_017654	GAA	2	6	9408	9413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
91	NC_017654	GAA	2	6	9446	9451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
92	NC_017654	GCC	2	6	9491	9496	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504839
93	NC_017654	GGA	2	6	9498	9503	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504839
94	NC_017654	TAC	2	6	9663	9668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504839
95	NC_017654	CCG	2	6	9755	9760	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504839
96	NC_017654	CGG	2	6	9950	9955	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504839
97	NC_017654	GAA	2	6	9956	9961	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
98	NC_017654	ACG	2	6	10064	10069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
99	NC_017654	GAT	2	6	10203	10208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504839
100	NC_017654	GCA	2	6	10209	10214	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
101	NC_017654	ATG	2	6	10252	10257	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504839
102	NC_017654	GAA	2	6	10339	10344	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
103	NC_017654	GAA	2	6	10357	10362	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504839
104	NC_017654	CAG	2	6	10675	10680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
105	NC_017654	GCA	2	6	10683	10688	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504839
106	NC_017654	GGT	2	6	11211	11216	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504842
107	NC_017654	TTG	2	6	11217	11222	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504842
108	NC_017654	CTG	2	6	11237	11242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504842
109	NC_017654	TGA	2	6	11412	11417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504843
110	NC_017654	ACC	3	9	11429	11437	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387504843
111	NC_017654	ATA	2	6	11475	11480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504843
112	NC_017654	GCT	2	6	11528	11533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504843

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.