MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli APEC O1 plasmid pAPEC-O1-ColBM

Total Repeats: 414

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009837	GCTG	2	8	419	426	0 %	25 %	50 %	25 %	157418085
2	NC_009837	TGGC	2	8	552	559	0 %	25 %	50 %	25 %	157418085
3	NC_009837	TGGA	2	8	1992	1999	25 %	25 %	50 %	0 %	229776985
4	NC_009837	TGGT	2	8	2625	2632	0 %	50 %	50 %	0 %	157418087
5	NC_009837	GAAT	2	8	2734	2741	50 %	25 %	25 %	0 %	157418087
6	NC_009837	GCTG	2	8	2761	2768	0 %	25 %	50 %	25 %	157418087
7	NC_009837	TAGA	2	8	3111	3118	50 %	25 %	25 %	0 %	157418087
8	NC_009837	TGCC	2	8	3776	3783	0 %	25 %	25 %	50 %	157418088
9	NC_009837	AGTG	2	8	3784	3791	25 %	25 %	50 %	0 %	157418088
10	NC_009837	AGTT	2	8	4144	4151	25 %	50 %	25 %	0 %	157418089
11	NC_009837	AGCC	2	8	5112	5119	25 %	0 %	25 %	50 %	157418089
12	NC_009837	GTCT	2	8	5447	5454	0 %	50 %	25 %	25 %	157418090
13	NC_009837	TGCC	2	8	6948	6955	0 %	25 %	25 %	50 %	157418092
14	NC_009837	CGCT	2	8	8005	8012	0 %	25 %	25 %	50 %	157418094
15	NC_009837	CCCG	2	8	8117	8124	0 %	0 %	25 %	75 %	157418094
16	NC_009837	GAAG	2	8	8493	8500	50 %	0 %	50 %	0 %	157418094
17	NC_009837	CAGT	2	8	9160	9167	25 %	25 %	25 %	25 %	157418095
18	NC_009837	GTCT	2	8	9593	9600	0 %	50 %	25 %	25 %	157418095
19	NC_009837	ACTG	2	8	10360	10367	25 %	25 %	25 %	25 %	157418096
20	NC_009837	GTCG	2	8	10642	10649	0 %	25 %	50 %	25 %	157418097
21	NC_009837	CAGA	2	8	10762	10769	50 %	0 %	25 %	25 %	157418097
22	NC_009837	TAAG	2	8	11419	11426	50 %	25 %	25 %	0 %	157418098
23	NC_009837	AAGC	2	8	11521	11528	50 %	0 %	25 %	25 %	157418099
24	NC_009837	GAAC	2	8	12494	12501	50 %	0 %	25 %	25 %	157418099
25	NC_009837	GAAG	2	8	12959	12966	50 %	0 %	50 %	0 %	157418099
26	NC_009837	TCAG	2	8	13060	13067	25 %	25 %	25 %	25 %	157418099
27	NC_009837	CTGG	2	8	13369	13376	0 %	25 %	50 %	25 %	157418099
28	NC_009837	GGCG	2	8	13983	13990	0 %	0 %	75 %	25 %	157418101
29	NC_009837	GCTG	2	8	14029	14036	0 %	25 %	50 %	25 %	157418101
30	NC_009837	GAGG	2	8	14326	14333	25 %	0 %	75 %	0 %	157418101
31	NC_009837	AGTG	2	8	14710	14717	25 %	25 %	50 %	0 %	157418102
32	NC_009837	AGAA	2	8	14812	14819	75 %	0 %	25 %	0 %	157418102
33	NC_009837	CTGA	2	8	16112	16119	25 %	25 %	25 %	25 %	157418106
34	NC_009837	TCAG	2	8	16179	16186	25 %	25 %	25 %	25 %	157418106
35	NC_009837	GAAA	2	8	16921	16928	75 %	0 %	25 %	0 %	157418107
36	NC_009837	ATTT	2	8	16953	16960	25 %	75 %	0 %	0 %	157418107
37	NC_009837	ATTA	2	8	17532	17539	50 %	50 %	0 %	0 %	157418108
38	NC_009837	ATTT	2	8	19145	19152	25 %	75 %	0 %	0 %	157418110
39	NC_009837	TTTA	2	8	19665	19672	25 %	75 %	0 %	0 %	157418110
40	NC_009837	TTAT	2	8	19673	19680	25 %	75 %	0 %	0 %	157418110
41	NC_009837	CAGA	2	8	20106	20113	50 %	0 %	25 %	25 %	157418111
42	NC_009837	TATT	2	8	20570	20577	25 %	75 %	0 %	0 %	157418112
43	NC_009837	ACCA	2	8	20673	20680	50 %	0 %	0 %	50 %	157418113
44	NC_009837	CTGG	2	8	21479	21486	0 %	25 %	50 %	25 %	157418114
45	NC_009837	CCGT	2	8	21947	21954	0 %	25 %	25 %	50 %	157418115
46	NC_009837	CAGC	2	8	22161	22168	25 %	0 %	25 %	50 %	157418115
47	NC_009837	GCCA	2	8	22171	22178	25 %	0 %	25 %	50 %	157418115
48	NC_009837	TCTG	2	8	22331	22338	0 %	50 %	25 %	25 %	157418116
49	NC_009837	AACA	2	8	22521	22528	75 %	0 %	0 %	25 %	157418116
50	NC_009837	TGCC	2	8	22648	22655	0 %	25 %	25 %	50 %	157418116
51	NC_009837	ACGC	2	8	23489	23496	25 %	0 %	25 %	50 %	157418116
52	NC_009837	AGGG	2	8	23638	23645	25 %	0 %	75 %	0 %	157418116
53	NC_009837	TGTT	2	8	23786	23793	0 %	75 %	25 %	0 %	157418117
54	NC_009837	ATGT	2	8	24037	24044	25 %	50 %	25 %	0 %	157418117
55	NC_009837	GAAG	2	8	24129	24136	50 %	0 %	50 %	0 %	157418117
56	NC_009837	AACA	2	8	24204	24211	75 %	0 %	0 %	25 %	157418117
57	NC_009837	ATGC	2	8	24299	24306	25 %	25 %	25 %	25 %	157418118
58	NC_009837	TTTC	2	8	24697	24704	0 %	75 %	0 %	25 %	157418120
59	NC_009837	TCCG	2	8	24932	24939	0 %	25 %	25 %	50 %	157418120
60	NC_009837	ATTA	2	8	25194	25201	50 %	50 %	0 %	0 %	157418120
61	NC_009837	GTGA	2	8	25337	25344	25 %	25 %	50 %	0 %	157418121
62	NC_009837	AAAT	2	8	25413	25420	75 %	25 %	0 %	0 %	157418121
63	NC_009837	AGTC	2	8	25558	25565	25 %	25 %	25 %	25 %	157418121
64	NC_009837	ATGA	2	8	25886	25893	50 %	25 %	25 %	0 %	157418122
65	NC_009837	TGGT	2	8	26031	26038	0 %	50 %	50 %	0 %	157418122
66	NC_009837	TCCG	2	8	26731	26738	0 %	25 %	25 %	50 %	157418122
67	NC_009837	CCTG	2	8	26949	26956	0 %	25 %	25 %	50 %	157418122
68	NC_009837	CACC	2	8	27090	27097	25 %	0 %	0 %	75 %	157418122
69	NC_009837	GGAT	2	8	27265	27272	25 %	25 %	50 %	0 %	157418122
70	NC_009837	CCGT	2	8	27703	27710	0 %	25 %	25 %	50 %	157418122
71	NC_009837	CAAC	2	8	28024	28031	50 %	0 %	0 %	50 %	157418122
72	NC_009837	TTCC	2	8	28108	28115	0 %	50 %	0 %	50 %	157418122
73	NC_009837	CTGG	2	8	28306	28313	0 %	25 %	50 %	25 %	157418122
74	NC_009837	AGCC	2	8	28596	28603	25 %	0 %	25 %	50 %	157418123
75	NC_009837	CGTC	2	8	28990	28997	0 %	25 %	25 %	50 %	229776984
76	NC_009837	AGTC	2	8	29506	29513	25 %	25 %	25 %	25 %	157418125
77	NC_009837	GACG	2	8	29629	29636	25 %	0 %	50 %	25 %	157418125
78	NC_009837	GGAC	2	8	29865	29872	25 %	0 %	50 %	25 %	157418125
79	NC_009837	TCAT	2	8	31272	31279	25 %	50 %	0 %	25 %	157418127
80	NC_009837	TACT	2	8	31628	31635	25 %	50 %	0 %	25 %	157418127
81	NC_009837	ACTG	2	8	31736	31743	25 %	25 %	25 %	25 %	157418127
82	NC_009837	GTCA	2	8	31963	31970	25 %	25 %	25 %	25 %	157418127
83	NC_009837	CCTG	2	8	32061	32068	0 %	25 %	25 %	50 %	157418127
84	NC_009837	CAAA	2	8	32458	32465	75 %	0 %	0 %	25 %	157418127
85	NC_009837	GTCT	2	8	32511	32518	0 %	50 %	25 %	25 %	157418127
86	NC_009837	CAGG	2	8	32784	32791	25 %	0 %	50 %	25 %	157418127
87	NC_009837	CTGA	2	8	33023	33030	25 %	25 %	25 %	25 %	157418128
88	NC_009837	AAAT	2	8	33163	33170	75 %	25 %	0 %	0 %	157418129
89	NC_009837	AAAT	2	8	34286	34293	75 %	25 %	0 %	0 %	157418131
90	NC_009837	AATG	2	8	34346	34353	50 %	25 %	25 %	0 %	157418131
91	NC_009837	GGAT	2	8	35303	35310	25 %	25 %	50 %	0 %	157418133
92	NC_009837	GGAT	2	8	35528	35535	25 %	25 %	50 %	0 %	157418134
93	NC_009837	TGAA	2	8	35574	35581	50 %	25 %	25 %	0 %	157418134
94	NC_009837	GTTC	2	8	36263	36270	0 %	50 %	25 %	25 %	157418136
95	NC_009837	TGAA	2	8	37196	37203	50 %	25 %	25 %	0 %	157418136
96	NC_009837	CCGC	2	8	37305	37312	0 %	0 %	25 %	75 %	157418136
97	NC_009837	GGAG	2	8	37346	37353	25 %	0 %	75 %	0 %	157418136
98	NC_009837	TGAA	2	8	37361	37368	50 %	25 %	25 %	0 %	157418136
99	NC_009837	CGGT	2	8	37643	37650	0 %	25 %	50 %	25 %	157418136
100	NC_009837	CAGC	2	8	38159	38166	25 %	0 %	25 %	50 %	157418136
101	NC_009837	GTCC	2	8	38421	38428	0 %	25 %	25 %	50 %	157418136
102	NC_009837	GATG	2	8	38874	38881	25 %	25 %	50 %	0 %	157418136
103	NC_009837	TCAG	2	8	39032	39039	25 %	25 %	25 %	25 %	157418136
104	NC_009837	GAAA	2	8	40137	40144	75 %	0 %	25 %	0 %	157418136
105	NC_009837	TGAT	2	8	40145	40152	25 %	50 %	25 %	0 %	157418136
106	NC_009837	TCAC	2	8	40186	40193	25 %	25 %	0 %	50 %	157418137
107	NC_009837	TATG	2	8	40487	40494	25 %	50 %	25 %	0 %	157418137
108	NC_009837	TTTA	2	8	40605	40612	25 %	75 %	0 %	0 %	157418137
109	NC_009837	GTTA	2	8	40683	40690	25 %	50 %	25 %	0 %	157418137
110	NC_009837	TGAG	2	8	40820	40827	25 %	25 %	50 %	0 %	157418138
111	NC_009837	AATC	2	8	41414	41421	50 %	25 %	0 %	25 %	157418138
112	NC_009837	TCAG	2	8	41753	41760	25 %	25 %	25 %	25 %	157418139
113	NC_009837	CTGA	2	8	42142	42149	25 %	25 %	25 %	25 %	157418139
114	NC_009837	TCTG	2	8	42251	42258	0 %	50 %	25 %	25 %	157418139
115	NC_009837	ATCC	2	8	42702	42709	25 %	25 %	0 %	50 %	157418139
116	NC_009837	GGCT	2	8	42826	42833	0 %	25 %	50 %	25 %	157418139
117	NC_009837	CGGA	2	8	44739	44746	25 %	0 %	50 %	25 %	157418141
118	NC_009837	GACG	2	8	44935	44942	25 %	0 %	50 %	25 %	157418141
119	NC_009837	TGGT	2	8	45207	45214	0 %	50 %	50 %	0 %	157418141
120	NC_009837	CGCA	2	8	45461	45468	25 %	0 %	25 %	50 %	157418141
121	NC_009837	TCGC	2	8	45967	45974	0 %	25 %	25 %	50 %	157418141
122	NC_009837	CGGC	2	8	46253	46260	0 %	0 %	50 %	50 %	157418141
123	NC_009837	CTGG	2	8	46468	46475	0 %	25 %	50 %	25 %	157418141
124	NC_009837	CCGG	2	8	46672	46679	0 %	0 %	50 %	50 %	157418141
125	NC_009837	GCGA	2	8	46701	46708	25 %	0 %	50 %	25 %	157418141
126	NC_009837	GGGC	2	8	46808	46815	0 %	0 %	75 %	25 %	157418141
127	NC_009837	CCTG	2	8	46828	46835	0 %	25 %	25 %	50 %	157418141
128	NC_009837	CGGT	2	8	47643	47650	0 %	25 %	50 %	25 %	157418141
129	NC_009837	CGGA	2	8	48681	48688	25 %	0 %	50 %	25 %	157418141
130	NC_009837	GCCG	2	8	49043	49050	0 %	0 %	50 %	50 %	157418141
131	NC_009837	CAGG	2	8	49064	49071	25 %	0 %	50 %	25 %	157418141
132	NC_009837	GCCT	2	8	50397	50404	0 %	25 %	25 %	50 %	157418142
133	NC_009837	GCTG	2	8	50405	50412	0 %	25 %	50 %	25 %	157418142
134	NC_009837	GGCC	2	8	50456	50463	0 %	0 %	50 %	50 %	157418142
135	NC_009837	GGAA	2	8	50709	50716	50 %	0 %	50 %	0 %	157418143
136	NC_009837	CCTT	2	8	50779	50786	0 %	50 %	0 %	50 %	157418143
137	NC_009837	GTAT	2	8	50932	50939	25 %	50 %	25 %	0 %	157418143
138	NC_009837	TGGG	2	8	50975	50982	0 %	25 %	75 %	0 %	157418143
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411	NC_009837	GAAC	2	8	172456	172463	50 %	0 %	25 %	25 %	157418281
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414	NC_009837	CGGT	2	8	173735	173742	0 %	25 %	50 %	25 %	157418282

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.