MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Ehrlichia ruminantium str. Welgevonden chromosome

Total Repeats: 442

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005295	AATAGA	2	12	5403	5414	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238735
2	NC_005295	AGTACT	2	12	7735	7746	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238737
3	NC_005295	GTTAGA	2	12	12380	12391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238739
4	NC_005295	AATATT	2	12	13925	13936	50 %	50 %	0 %	0 %	57238740
5	NC_005295	AATTAT	2	12	14083	14094	50 %	50 %	0 %	0 %	57238740
6	NC_005295	TGGAAG	2	12	17917	17928	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	57238743
7	NC_005295	CTTTAT	2	12	22609	22620	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238748
8	NC_005295	CATGAA	2	12	29812	29823	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238755
9	NC_005295	CATGAA	2	12	29911	29922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238755
10	NC_005295	CATGAA	2	12	30109	30120	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238755
11	NC_005295	TCATCT	3	18	31565	31582	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	57238756
12	NC_005295	AAAATC	2	12	31702	31713	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	57238756
13	NC_005295	ATTTTC	2	12	31813	31824	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238756
14	NC_005295	TAGAAA	2	12	33520	33531	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238756
15	NC_005295	TATCCT	2	12	34839	34850	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	57238758
16	NC_005295	TCTTTA	3	18	34859	34876	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238758
17	NC_005295	CTATTG	2	12	36704	36715	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	57238759
18	NC_005295	GTAGGA	2	12	47980	47991	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	57238767
19	NC_005295	TCCATA	2	12	54923	54934	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57238771
20	NC_005295	CATTAT	2	12	56117	56128	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	57238772
21	NC_005295	AATTAT	2	12	64883	64894	50 %	50 %	0 %	0 %	57238776
22	NC_005295	TTTAAG	2	12	77694	77705	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238783
23	NC_005295	ATCTGA	2	12	77798	77809	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238783
24	NC_005295	TGATCT	2	12	80404	80415	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	57238786
25	NC_005295	GGATGT	2	12	88145	88156	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	57238791
26	NC_005295	ATGTTA	2	12	88682	88693	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238791
27	NC_005295	AAGATG	2	12	90685	90696	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	57238792
28	NC_005295	CTTGAA	2	12	91458	91469	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238793
29	NC_005295	TACTCC	2	12	92297	92308	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	57238793
30	NC_005295	TTGAAT	2	12	100616	100627	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238797
31	NC_005295	ATCATA	2	12	102239	102250	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57238797
32	NC_005295	TAAAGA	2	12	102819	102830	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238797
33	NC_005295	AAATTT	2	12	105222	105233	50 %	50 %	0 %	0 %	57238797
34	NC_005295	AGTACT	2	12	105637	105648	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238797
35	NC_005295	CAAGTA	2	12	106115	106126	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238797
36	NC_005295	AATCTA	2	12	120356	120367	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57238802
37	NC_005295	GTTGAG	2	12	136025	136036	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	57238808
38	NC_005295	GATGTT	2	12	136841	136852	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	57238808
39	NC_005295	TCATGA	2	12	137611	137622	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238808
40	NC_005295	TTGTTT	2	12	142299	142310	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	57238812
41	NC_005295	TACACT	2	12	145409	145420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57238815
42	NC_005295	TTACCA	2	12	150303	150314	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57238818
43	NC_005295	GAAATA	2	12	151079	151090	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238818
44	NC_005295	TTTTGG	2	12	153152	153163	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	57238819
45	NC_005295	TGTTAA	2	12	154012	154023	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238819
46	NC_005295	AGGTAT	2	12	158166	158177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238821
47	NC_005295	TAATGC	2	12	168133	168144	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238826
48	NC_005295	TAGGTG	2	12	174887	174898	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	57238830
49	NC_005295	TGTTAT	2	12	178186	178197	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	57238832
50	NC_005295	TATAAT	2	12	180003	180014	50 %	50 %	0 %	0 %	57238833
51	NC_005295	ATCAGA	2	12	184865	184876	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238835
52	NC_005295	TATTGA	2	12	188500	188511	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238837
53	NC_005295	TTATTT	2	12	188808	188819	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	57238838
54	NC_005295	TAGATA	2	12	190011	190022	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57238840
55	NC_005295	TAATAG	2	12	190108	190119	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57238840
56	NC_005295	TATGAT	2	12	200850	200861	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238846
57	NC_005295	ATCCTG	2	12	210500	210511	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	57238851
58	NC_005295	TGCTAT	2	12	210684	210695	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	57238851
59	NC_005295	ATATTG	2	12	212989	213000	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238852
60	NC_005295	AATGAT	2	12	213218	213229	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57238852
61	NC_005295	TTTTGT	2	12	220902	220913	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	57238855
62	NC_005295	GTTTAA	2	12	221243	221254	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238855
63	NC_005295	TCTACT	2	12	221797	221808	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	57238856
64	NC_005295	CTTTTT	2	12	225679	225690	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	57238860
65	NC_005295	TTTAAA	2	12	228903	228914	50 %	50 %	0 %	0 %	57238861
66	NC_005295	TCTTAG	2	12	229692	229703	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	57238861
67	NC_005295	AGTTAA	2	12	230691	230702	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57238861
68	NC_005295	ACTTTT	2	12	234207	234218	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238863
69	NC_005295	GGAAAG	2	12	241049	241060	50 %	0 %	50 %	0 %	57238870
70	NC_005295	CTATAG	2	12	244927	244938	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238873
71	NC_005295	TGGTTC	2	12	252770	252781	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	57238878
72	NC_005295	TACGAA	2	12	259063	259074	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238881
73	NC_005295	TGTTTT	2	12	264946	264957	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	57238885
74	NC_005295	CTAAAA	2	12	265075	265086	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	57238885
75	NC_005295	TCAATA	2	12	265312	265323	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57238885
76	NC_005295	TTATCT	2	12	268713	268724	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238888
77	NC_005295	CTGAAG	2	12	268882	268893	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	57238888
78	NC_005295	ATATGT	2	12	270490	270501	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238889
79	NC_005295	TAGTGT	2	12	271177	271188	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	57238889
80	NC_005295	GTTAAT	2	12	274509	274520	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238891
81	NC_005295	TGTATT	2	12	274586	274597	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	57238891
82	NC_005295	TACATG	2	12	276533	276544	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238892
83	NC_005295	TTAATA	2	12	285713	285724	50 %	50 %	0 %	0 %	57238900
84	NC_005295	GATCCT	2	12	295031	295042	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	57238904
85	NC_005295	ATGTAG	2	12	295227	295238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238904
86	NC_005295	GGAGCT	2	12	297086	297097	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	57238905
87	NC_005295	GTTATA	2	12	298544	298555	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238906
88	NC_005295	TTTGTT	2	12	300195	300206	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	57238907
89	NC_005295	ATCTAT	2	12	300375	300386	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	57238907
90	NC_005295	CAAGAC	2	12	311059	311070	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	57238913
91	NC_005295	CTGTTG	2	12	313246	313257	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	57238914
92	NC_005295	TGTAAC	2	12	329304	329315	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238922
93	NC_005295	CAAGGT	2	12	330292	330303	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	57238923
94	NC_005295	AAGTTT	2	12	330537	330548	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238923
95	NC_005295	TTTATC	2	12	338384	338395	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238929
96	NC_005295	GAAAAT	2	12	342475	342486	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238932
97	NC_005295	ATACTG	2	12	346730	346741	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57238935
98	NC_005295	TAGCAA	2	12	354420	354431	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57238939
99	NC_005295	TCTTTA	2	12	356389	356400	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57238940
100	NC_005295	ATGATT	2	12	358945	358956	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57238942
101	NC_005295	AAGTGC	2	12	360676	360687	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	57238943
102	NC_005295	CCTTTT	2	12	361752	361763	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57238944
103	NC_005295	GGTATT	2	12	365393	365404	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	57238946
104	NC_005295	CTAACC	2	12	370987	370998	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	57238948
105	NC_005295	TAATGG	2	12	379309	379320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238953
106	NC_005295	TATTGT	2	12	381591	381602	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	57238956
107	NC_005295	TTTAAC	2	12	381646	381657	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	57238956
108	NC_005295	AGGTTT	2	12	383723	383734	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	57238957
109	NC_005295	ATTTTA	2	12	396359	396370	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57238963
110	NC_005295	AATAGG	2	12	401677	401688	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	57238967
111	NC_005295	TGTAGA	2	12	406584	406595	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238968
112	NC_005295	ATTAAT	2	12	406674	406685	50 %	50 %	0 %	0 %	57238968
113	NC_005295	CTGTTG	2	12	418474	418485	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	57238974
114	NC_005295	AAAGTA	2	12	418690	418701	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57238974
115	NC_005295	TAAATT	2	12	419272	419283	50 %	50 %	0 %	0 %	57238975
116	NC_005295	GATAAG	2	12	419924	419935	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	57238976
117	NC_005295	AATTAA	2	12	422219	422230	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57238977
118	NC_005295	TTAATT	2	12	428199	428210	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57238979
119	NC_005295	ATTGGA	2	12	428684	428695	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57238979
120	NC_005295	TTTGAT	2	12	432086	432097	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	57238980
121	NC_005295	TCCAAT	2	12	437713	437724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57238983
122	NC_005295	CCTTTT	2	12	437990	438001	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	57238983
123	NC_005295	TATAAA	2	12	440769	440780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57238985
124	NC_005295	TATAAA	2	12	441269	441280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57238986
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140	NC_005295	TTGAAT	2	12	502473	502484	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57239015
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186	NC_005295	CTCAAG	2	12	654867	654878	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239104
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222	NC_005295	AAACTT	2	12	768700	768711	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57239175
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224	NC_005295	ATAAAA	2	12	773920	773931	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	57239178
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227	NC_005295	GCTGGA	2	12	786288	786299	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	57239187
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230	NC_005295	CATTAT	2	12	796049	796060	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	57239193
231	NC_005295	TAGCAT	2	12	799037	799048	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57239195
232	NC_005295	TAATAC	2	12	799478	799489	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57239195
233	NC_005295	TACCTT	2	12	799533	799544	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	57239195
234	NC_005295	TATCAA	2	12	806376	806387	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57239199
235	NC_005295	ATAAGA	2	12	808432	808443	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57239199
236	NC_005295	TTTTAC	2	12	811583	811594	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	57239202
237	NC_005295	AGTAAT	2	12	814365	814376	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57239203
238	NC_005295	TAACAT	2	12	814448	814459	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57239203
239	NC_005295	GAAATA	2	12	816135	816146	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57239204
240	NC_005295	TGCTAA	2	12	818532	818543	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57239206
241	NC_005295	CAATAG	2	12	818792	818803	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57239206
242	NC_005295	TCAATA	2	12	819797	819808	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	57239207
243	NC_005295	ATAGTA	2	12	822041	822052	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	57239209
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251	NC_005295	CAAAAT	2	12	836301	836312	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	57239219
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260	NC_005295	AGCTTG	2	12	865286	865297	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	57239239
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264	NC_005295	ATATTC	2	12	872643	872654	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	57239243
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270	NC_005295	TGTACA	2	12	884691	884702	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57239248
271	NC_005295	AATATT	2	12	886854	886865	50 %	50 %	0 %	0 %	57239248
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335	NC_005295	TTTATA	2	12	1151084	1151095	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	57239405
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337	NC_005295	TAATTG	2	12	1163342	1163353	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	57239411
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342	NC_005295	AAATGC	2	12	1167945	1167956	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	57239416
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345	NC_005295	CTTGTA	2	12	1178902	1178913	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	57239423
346	NC_005295	TGGATA	2	12	1181581	1181592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	57239425
347	NC_005295	AGTAAA	2	12	1186542	1186553	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	57239428
348	NC_005295	TGCTTG	2	12	1190653	1190664	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	57239430
349	NC_005295	AATATA	2	12	1192967	1192978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	57239431
350	NC_005295	TTAGCA	2	12	1193248	1193259	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	57239431
351	NC_005295	ACACTA	2	12	1200484	1200495	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	57239434
352	NC_005295	TACACT	2	12	1200765	1200776	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57239434
353	NC_005295	AGCACT	2	12	1201407	1201418	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239434
354	NC_005295	AGCACT	2	12	1201605	1201616	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239434
355	NC_005295	AGCACT	2	12	1201803	1201814	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239434
356	NC_005295	AGCACT	2	12	1201998	1202009	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239434
357	NC_005295	AGCACT	2	12	1202193	1202204	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	57239434
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359	NC_005295	GATTTT	2	12	1202476	1202487	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	57239434
360	NC_005295	CACTAT	2	12	1202507	1202518	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	57239434
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