MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_2

Total Repeats: 50

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017657	TGTAC	2	10	500	509	20 %	40 %	20 %	20 %	387504846
2	NC_017657	GGAAG	2	10	1176	1185	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017657	CCGCT	2	10	4669	4678	0 %	20 %	20 %	60 %	387504850
4	NC_017657	TGGCA	2	10	5258	5267	20 %	20 %	40 %	20 %	387504851
5	NC_017657	TTTAT	2	10	5698	5707	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017657	CAGGG	2	10	7254	7263	20 %	0 %	60 %	20 %	387504854
7	NC_017657	ACCTG	2	10	10338	10347	20 %	20 %	20 %	40 %	387504860
8	NC_017657	CTGGT	2	10	10613	10622	0 %	40 %	40 %	20 %	387504861
9	NC_017657	GAACG	2	10	11064	11073	40 %	0 %	40 %	20 %	387504861
10	NC_017657	TCGGG	2	10	12801	12810	0 %	20 %	60 %	20 %	387504864
11	NC_017657	TCTGT	2	10	13647	13656	0 %	60 %	20 %	20 %	387504866
12	NC_017657	CGTTC	2	10	17488	17497	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017657	CGGCA	2	10	17773	17782	20 %	0 %	40 %	40 %	387504869
14	NC_017657	ATGCT	2	10	19989	19998	20 %	40 %	20 %	20 %	387504870
15	NC_017657	CCCGG	2	10	23492	23501	0 %	0 %	40 %	60 %	387504873
16	NC_017657	GAGGT	2	10	23993	24002	20 %	20 %	60 %	0 %	387504874
17	NC_017657	GAGGT	2	10	26448	26457	20 %	20 %	60 %	0 %	387504878
18	NC_017657	AGTGG	2	10	27408	27417	20 %	20 %	60 %	0 %	387504879
19	NC_017657	TCGTT	2	10	28410	28419	0 %	60 %	20 %	20 %	387504880
20	NC_017657	GTTCA	2	10	29491	29500	20 %	40 %	20 %	20 %	387504882
21	NC_017657	CCTGT	2	10	30965	30974	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017657	GCCCC	2	10	31120	31129	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
23	NC_017657	CTGAA	2	10	31573	31582	40 %	20 %	20 %	20 %	387504885
24	NC_017657	TATTG	2	10	33535	33544	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017657	TCTTT	2	10	34176	34185	0 %	80 %	0 %	20 %	387504889
26	NC_017657	TCAGT	2	10	37133	37142	20 %	40 %	20 %	20 %	387504891
27	NC_017657	AGAAA	2	10	37679	37688	80 %	0 %	20 %	0 %	387504891
28	NC_017657	CGGCC	2	10	39433	39442	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_017657	GGCTG	2	10	45735	45744	0 %	20 %	60 %	20 %	387504897
30	NC_017657	CGGGC	2	10	46988	46997	0 %	0 %	60 %	40 %	387504898
31	NC_017657	GTTCG	2	10	47627	47636	0 %	40 %	40 %	20 %	387504899
32	NC_017657	AAGGT	2	10	47976	47985	40 %	20 %	40 %	0 %	387504899
33	NC_017657	GTACA	2	10	47996	48005	40 %	20 %	20 %	20 %	387504899
34	NC_017657	CAAAA	2	10	48471	48480	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017657	ATTTT	2	10	48835	48844	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017657	AAAAT	2	10	49254	49263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017657	ACGTA	2	10	55113	55122	40 %	20 %	20 %	20 %	387504909
38	NC_017657	CTTCT	2	10	55568	55577	0 %	60 %	0 %	40 %	387504910
39	NC_017657	ACATA	2	10	56196	56205	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017657	CAGCT	2	10	56311	56320	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017657	ATTTT	2	10	58591	58600	20 %	80 %	0 %	0 %	387504913
42	NC_017657	TGGCA	2	10	59116	59125	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017657	AAAGA	2	10	59475	59484	80 %	0 %	20 %	0 %	387504915
44	NC_017657	CAGTA	2	10	59764	59773	40 %	20 %	20 %	20 %	387504915
45	NC_017657	ACCGG	2	10	63106	63115	20 %	0 %	40 %	40 %	387504919
46	NC_017657	CGCGG	2	10	63239	63248	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017657	ACGGG	2	10	63291	63300	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017657	GCTGG	2	10	63937	63946	0 %	20 %	60 %	20 %	387504920
49	NC_017657	ATGGA	2	10	64565	64574	40 %	20 %	40 %	0 %	387504922
50	NC_017657	CCGCC	2	10	65608	65617	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.