MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 plasmid p12579_5

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017655	ATT	2	6	88	93	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017655	ATAA	2	8	122	129	75 %	25 %	0 %	0 %	387504925
3	NC_017655	CAAA	2	8	191	198	75 %	0 %	0 %	25 %	387504925
4	NC_017655	AT	3	6	201	206	50 %	50 %	0 %	0 %	387504925
5	NC_017655	ACA	2	6	251	256	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504925
6	NC_017655	TCTA	2	8	272	279	25 %	50 %	0 %	25 %	387504925
7	NC_017655	ATT	2	6	295	300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504925
8	NC_017655	AACT	2	8	301	308	50 %	25 %	0 %	25 %	387504925
9	NC_017655	AGA	2	6	373	378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504925
10	NC_017655	TAACA	2	10	427	436	60 %	20 %	0 %	20 %	387504925
11	NC_017655	TCA	3	9	502	510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504925
12	NC_017655	T	7	7	566	572	0 %	100 %	0 %	0 %	387504925
13	NC_017655	CTA	2	6	576	581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504925
14	NC_017655	TAA	2	6	601	606	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504925
15	NC_017655	G	6	6	624	629	0 %	0 %	100 %	0 %	387504925
16	NC_017655	GAA	2	6	648	653	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504925
17	NC_017655	GAAAA	2	10	685	694	80 %	0 %	20 %	0 %	387504925
18	NC_017655	TAT	2	6	788	793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
19	NC_017655	ATA	2	6	796	801	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504926
20	NC_017655	T	8	8	830	837	0 %	100 %	0 %	0 %	387504926
21	NC_017655	GTG	2	6	857	862	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504926
22	NC_017655	GAA	2	6	887	892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504926
23	NC_017655	AT	3	6	972	977	50 %	50 %	0 %	0 %	387504926
24	NC_017655	GCAT	2	8	1020	1027	25 %	25 %	25 %	25 %	387504926
25	NC_017655	TTA	2	6	1100	1105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
26	NC_017655	T	6	6	1120	1125	0 %	100 %	0 %	0 %	387504926
27	NC_017655	TAA	2	6	1143	1148	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387504926
28	NC_017655	TTA	2	6	1213	1218	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
29	NC_017655	ATC	2	6	1266	1271	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504926
30	NC_017655	TTC	2	6	1341	1346	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504926
31	NC_017655	T	6	6	1348	1353	0 %	100 %	0 %	0 %	387504926
32	NC_017655	CTT	2	6	1363	1368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504926
33	NC_017655	A	7	7	1431	1437	100 %	0 %	0 %	0 %	387504926
34	NC_017655	CTT	2	6	1468	1473	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504926
35	NC_017655	TAT	2	6	1557	1562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
36	NC_017655	T	6	6	1571	1576	0 %	100 %	0 %	0 %	387504926
37	NC_017655	GTTAAA	2	12	1602	1613	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	387504926
38	NC_017655	A	8	8	1632	1639	100 %	0 %	0 %	0 %	387504926
39	NC_017655	GAT	2	6	1688	1693	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504926
40	NC_017655	TAT	2	6	1718	1723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
41	NC_017655	TGG	2	6	1776	1781	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504926
42	NC_017655	TCT	2	6	1807	1812	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387504926
43	NC_017655	T	8	8	1812	1819	0 %	100 %	0 %	0 %	387504926
44	NC_017655	TTA	2	6	1831	1836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387504926
45	NC_017655	ATTT	2	8	1902	1909	25 %	75 %	0 %	0 %	387504926
46	NC_017655	AAAC	2	8	2004	2011	75 %	0 %	0 %	25 %	387504926
47	NC_017655	TAT	2	6	2103	2108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017655	GTGAT	2	10	2145	2154	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017655	GCT	2	6	2203	2208	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017655	A	6	6	2235	2240	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017655	CAC	2	6	2359	2364	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_017655	CT	3	6	2373	2378	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017655	TC	4	8	2384	2391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017655	GCT	2	6	2413	2418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017655	G	6	6	2499	2504	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017655	CA	3	6	2511	2516	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017655	G	6	6	2746	2751	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017655	GCG	2	6	2774	2779	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017655	T	6	6	2800	2805	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017655	TGAG	2	8	2865	2872	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017655	CGC	2	6	2884	2889	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017655	CT	3	6	2997	3002	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_017655	CAG	2	6	3305	3310	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504927
64	NC_017655	GC	3	6	3335	3340	0 %	0 %	50 %	50 %	387504927
65	NC_017655	T	6	6	3355	3360	0 %	100 %	0 %	0 %	387504927
66	NC_017655	TGA	3	9	3457	3465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504928
67	NC_017655	AAC	2	6	3498	3503	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387504928
68	NC_017655	GCG	2	6	3517	3522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504928
69	NC_017655	CCG	2	6	3575	3580	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504928
70	NC_017655	GCC	2	6	3596	3601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504928
71	NC_017655	GGT	2	6	3673	3678	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504928
72	NC_017655	GA	4	8	3698	3705	50 %	0 %	50 %	0 %	387504928
73	NC_017655	AG	3	6	3738	3743	50 %	0 %	50 %	0 %	387504928
74	NC_017655	GAT	2	6	3749	3754	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504928
75	NC_017655	GGT	2	6	3780	3785	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504929
76	NC_017655	CTG	2	6	3807	3812	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504929
77	NC_017655	GAA	2	6	3861	3866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504929
78	NC_017655	GAA	2	6	3899	3904	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504929
79	NC_017655	GCC	2	6	3944	3949	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504929
80	NC_017655	GGA	2	6	3951	3956	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387504929
81	NC_017655	A	7	7	4006	4012	100 %	0 %	0 %	0 %	387504929
82	NC_017655	TAC	2	6	4116	4121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387504929
83	NC_017655	CCG	2	6	4208	4213	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387504929
84	NC_017655	GAAAC	2	10	4242	4251	60 %	0 %	20 %	20 %	387504929
85	NC_017655	AG	3	6	4262	4267	50 %	0 %	50 %	0 %	387504929
86	NC_017655	CGG	2	6	4403	4408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387504929
87	NC_017655	GAA	2	6	4409	4414	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504929
88	NC_017655	AG	4	8	4485	4492	50 %	0 %	50 %	0 %	387504929
89	NC_017655	ACG	2	6	4517	4522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504929
90	NC_017655	A	6	6	4627	4632	100 %	0 %	0 %	0 %	387504929
91	NC_017655	GAT	2	6	4656	4661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504929
92	NC_017655	GCA	2	6	4662	4667	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504929
93	NC_017655	AGGA	2	8	4669	4676	50 %	0 %	50 %	0 %	387504929
94	NC_017655	ATG	2	6	4705	4710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387504929
95	NC_017655	GAA	2	6	4792	4797	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504929
96	NC_017655	GAA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387504929
97	NC_017655	CAG	2	6	5128	5133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504929
98	NC_017655	GCA	2	6	5136	5141	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387504929
99	NC_017655	GAGC	2	8	5145	5152	25 %	0 %	50 %	25 %	387504929
100	NC_017655	TGT	2	6	5321	5326	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017655	T	6	6	5345	5350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017655	TGGT	2	8	5358	5365	0 %	50 %	50 %	0 %	387504932
103	NC_017655	TCAG	2	8	5388	5395	25 %	25 %	25 %	25 %	387504932
104	NC_017655	A	6	6	5405	5410	100 %	0 %	0 %	0 %	387504932
105	NC_017655	TTG	2	6	5456	5461	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504932
106	NC_017655	TCT	2	6	5531	5536	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017655	A	7	7	5554	5560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017655	CAG	2	6	5568	5573	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017655	CTGG	2	8	5577	5584	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017655	GGT	2	6	5664	5669	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504933
111	NC_017655	TTG	2	6	5670	5675	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387504933
112	NC_017655	CTG	2	6	5690	5695	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387504933
113	NC_017655	GTG	2	6	5721	5726	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387504933
114	NC_017655	TGG	2	6	5829	5834	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017655	ATT	2	6	5835	5840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017655	TAAA	2	8	5857	5864	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017655	TAT	2	6	5876	5881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017655	A	7	7	5882	5888	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017655	AGG	2	6	5914	5919	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.