MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli SE11 plasmid pSE11-1

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011419	GCAGC	2	10	843	852	20 %	0 %	40 %	40 %	209921953
2	NC_011419	GCCGC	2	10	1423	1432	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
3	NC_011419	GGCCT	2	10	4423	4432	0 %	20 %	40 %	40 %	209921960
4	NC_011419	GAGCA	2	10	4612	4621	40 %	0 %	40 %	20 %	209921960
5	NC_011419	CAGCG	2	10	6310	6319	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_011419	GAAGC	2	10	6806	6815	40 %	0 %	40 %	20 %	209921962
7	NC_011419	TCGCT	2	10	7484	7493	0 %	40 %	20 %	40 %	209921963
8	NC_011419	CGCGA	2	10	8142	8151	20 %	0 %	40 %	40 %	209921963
9	NC_011419	GGCCT	2	10	9597	9606	0 %	20 %	40 %	40 %	209921968
10	NC_011419	GAGCA	2	10	9786	9795	40 %	0 %	40 %	20 %	209921968
11	NC_011419	TCTTT	2	10	10335	10344	0 %	80 %	0 %	20 %	209921969
12	NC_011419	TCAGT	2	10	13291	13300	20 %	40 %	20 %	20 %	209921971
13	NC_011419	AGAAA	2	10	13837	13846	80 %	0 %	20 %	0 %	209921971
14	NC_011419	TTCTG	2	10	15562	15571	0 %	60 %	20 %	20 %	209921974
15	NC_011419	CGGCC	2	10	15593	15602	0 %	0 %	40 %	60 %	209921974
16	NC_011419	TATCA	2	10	16256	16265	40 %	40 %	0 %	20 %	209921976
17	NC_011419	CGTTA	2	10	18278	18287	20 %	40 %	20 %	20 %	209921979
18	NC_011419	TAACT	2	10	19253	19262	40 %	40 %	0 %	20 %	209921979
19	NC_011419	TATAA	2	10	19272	19281	60 %	40 %	0 %	0 %	209921979
20	NC_011419	CATAA	2	10	20302	20311	60 %	20 %	0 %	20 %	209921980
21	NC_011419	AATGC	2	10	21126	21135	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011419	TTTCC	2	10	21174	21183	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_011419	TGGAG	2	10	23281	23290	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011419	TGTCA	2	10	24700	24709	20 %	40 %	20 %	20 %	209921985
25	NC_011419	CAGCA	2	10	26307	26316	40 %	0 %	20 %	40 %	209921987
26	NC_011419	TGGGA	2	10	27968	27977	20 %	20 %	60 %	0 %	209921989
27	NC_011419	CTTTC	2	10	28593	28602	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
28	NC_011419	CAGAG	2	10	30198	30207	40 %	0 %	40 %	20 %	209921992
29	NC_011419	AGACC	2	10	30229	30238	40 %	0 %	20 %	40 %	209921992
30	NC_011419	GTTCA	2	10	30405	30414	20 %	40 %	20 %	20 %	209921993
31	NC_011419	CGTAC	2	10	30868	30877	20 %	20 %	20 %	40 %	209921993
32	NC_011419	CTTTT	2	10	32245	32254	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011419	CGCGG	2	10	33638	33647	0 %	0 %	60 %	40 %	209921998
34	NC_011419	ACGGG	2	10	33689	33698	20 %	0 %	60 %	20 %	209921998
35	NC_011419	GCTGG	2	10	34335	34344	0 %	20 %	60 %	20 %	209921999
36	NC_011419	CCGCC	2	10	36008	36017	0 %	0 %	20 %	80 %	209922002
37	NC_011419	GGCAC	2	10	36477	36486	20 %	0 %	40 %	40 %	209922003
38	NC_011419	ACCGT	2	10	36767	36776	20 %	20 %	20 %	40 %	209922004
39	NC_011419	TGTAC	2	10	37002	37011	20 %	40 %	20 %	20 %	209922005
40	NC_011419	CCGCC	2	10	40932	40941	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
41	NC_011419	ACTGA	2	10	40980	40989	40 %	20 %	20 %	20 %	209922011
42	NC_011419	CTGGT	2	10	41908	41917	0 %	40 %	40 %	20 %	209922012
43	NC_011419	ATGGG	2	10	42518	42527	20 %	20 %	60 %	0 %	209922013
44	NC_011419	GGCAC	2	10	43129	43138	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_011419	TGACC	2	10	43257	43266	20 %	20 %	20 %	40 %	209922014
46	NC_011419	GTTAC	2	10	45564	45573	20 %	40 %	20 %	20 %	209922019
47	NC_011419	GAGCA	2	10	46229	46238	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_011419	TTTAT	2	10	46718	46727	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011419	ATGAC	2	10	49185	49194	40 %	20 %	20 %	20 %	209922026
50	NC_011419	ATCGT	2	10	49752	49761	20 %	40 %	20 %	20 %	209922026
51	NC_011419	AGGTG	2	10	52320	52329	20 %	20 %	60 %	0 %	209922027
52	NC_011419	CAGGG	2	10	55385	55394	20 %	0 %	60 %	20 %	209922029
53	NC_011419	TGTTT	2	10	58400	58409	0 %	80 %	20 %	0 %	209922034
54	NC_011419	CAGAA	2	10	59070	59079	60 %	0 %	20 %	20 %	209922035
55	NC_011419	CATAA	2	10	61012	61021	60 %	20 %	0 %	20 %	209922036
56	NC_011419	TGAGC	2	10	61022	61031	20 %	20 %	40 %	20 %	209922036
57	NC_011419	GTCTG	2	10	62065	62074	0 %	40 %	40 %	20 %	209922037
58	NC_011419	TCTTT	2	10	65286	65295	0 %	80 %	0 %	20 %	209922040
59	NC_011419	ACCGG	2	10	68914	68923	20 %	0 %	40 %	40 %	209922044
60	NC_011419	CCAGT	2	10	77536	77545	20 %	20 %	20 %	40 %	209922052
61	NC_011419	GACAG	2	10	78078	78087	40 %	0 %	40 %	20 %	209922053
62	NC_011419	AAAGG	2	10	80007	80016	60 %	0 %	40 %	0 %	209922055
63	NC_011419	ACGCA	2	10	86738	86747	40 %	0 %	20 %	40 %	209922062
64	NC_011419	GTTGT	2	10	89962	89971	0 %	60 %	40 %	0 %	209922065
65	NC_011419	ACTGA	2	10	90159	90168	40 %	20 %	20 %	20 %	209922066
66	NC_011419	TCCAG	2	10	91989	91998	20 %	20 %	20 %	40 %	209922067
67	NC_011419	GCTGT	2	10	94281	94290	0 %	40 %	40 %	20 %	209922069
68	NC_011419	ATATA	2	10	95005	95014	60 %	40 %	0 %	0 %	209922070
69	NC_011419	TTGAA	2	10	97609	97618	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011419	GCCCG	2	10	97623	97632	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_011419	CAGCA	2	10	98683	98692	40 %	0 %	20 %	40 %	209922076
72	NC_011419	GCTTC	2	10	98734	98743	0 %	40 %	20 %	40 %	209922076
73	NC_011419	TATGG	2	10	99082	99091	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011419	ATTTT	2	10	99647	99656	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011419	GAAGA	2	10	99708	99717	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.