MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfovibrio hydrothermalis str. sp nov AM13 chromosome

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022579	GAAAAA	2	12	64848	64859	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022579	TTTCTT	2	12	128322	128333	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_022579	TGAAAA	2	12	146698	146709	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022579	TTTTCT	2	12	151368	151379	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_022579	TAAAAA	2	12	166549	166560	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022579	CTTTTT	2	12	279569	279580	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_022579	CCCTTT	2	12	335921	335932	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
8	NC_022579	TCAATA	2	12	383448	383459	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_022579	AAAAAC	2	12	383965	383976	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_022579	TTTATT	2	12	404453	404464	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022579	CAACCG	2	12	420451	420462	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022579	TATTAA	2	12	473261	473272	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022579	CTTTTT	2	12	485313	485324	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_022579	TTTTAT	2	12	504740	504751	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022579	ATGTAA	2	12	639236	639247	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022579	ATTTTT	2	12	642511	642522	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022579	CCCTTA	2	12	682344	682355	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_022579	GATCAG	2	12	734176	734187	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_022579	CACAGG	2	12	735189	735200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_022579	GCATAA	2	12	736407	736418	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_022579	GCAAAC	2	12	771418	771429	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_022579	AAATCA	2	12	794787	794798	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_022579	TTTTAC	2	12	889399	889410	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_022579	TGAAAT	2	12	929356	929367	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022579	AATTGA	2	12	931562	931573	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022579	TTCAAT	2	12	932465	932476	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_022579	ACTATT	2	12	953036	953047	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_022579	TCAACT	2	12	995006	995017	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_022579	ATGTCA	2	12	1041853	1041864	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_022579	TTTATA	2	12	1067095	1067106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022579	AATTTA	2	12	1084983	1084994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022579	TATTGA	2	12	1089501	1089512	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022579	AGGGGG	2	12	1164247	1164258	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022579	AATGCA	2	12	1164438	1164449	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_022579	TTTTGG	2	12	1235133	1235144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022579	GAAGAG	2	12	1266210	1266221	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022579	TGTTTT	2	12	1315660	1315671	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022579	ATATTC	2	12	1316380	1316391	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_022579	GATGTT	2	12	1335142	1335153	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022579	ATATAA	2	12	1337833	1337844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022579	GAAAAT	2	12	1366595	1366606	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022579	ATTTTT	2	12	1367339	1367350	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022579	ATTTTA	2	12	1415251	1415262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022579	AGTTTG	2	12	1417066	1417077	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022579	TTTAAG	2	12	1519254	1519265	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022579	AAATAT	2	12	1529530	1529541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022579	AAGGAG	2	12	1530719	1530730	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022579	CAAAAT	2	12	1534256	1534267	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_022579	GTATTG	2	12	1539085	1539096	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022579	TTGCTT	2	12	1542328	1542339	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_022579	TACAGA	2	12	1594162	1594173	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_022579	TGAAAT	2	12	1602872	1602883	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022579	AACAGC	2	12	1630610	1630621	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_022579	ACTGAG	2	12	1631876	1631887	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_022579	GACCCT	2	12	1680698	1680709	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022579	TTTAAA	2	12	1713372	1713383	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022579	CTTTTT	2	12	1732616	1732627	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_022579	CTTTTT	2	12	1734566	1734577	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_022579	CTTTTT	2	12	1738619	1738630	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_022579	ATATTG	2	12	1751979	1751990	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022579	GTTTGG	2	12	1800200	1800211	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022579	TTAATT	2	12	1838853	1838864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022579	CTTCAT	2	12	1866940	1866951	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_022579	ATTTTT	2	12	1884239	1884250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022579	GAAAGT	2	12	1885555	1885566	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022579	ATTTTC	2	12	1942162	1942173	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_022579	TTATAT	2	12	2067833	2067844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022579	TTTATA	2	12	2095231	2095242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022579	TGGCAA	2	12	2133314	2133325	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_022579	TGTTTC	2	12	2190143	2190154	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_022579	AAATTT	2	12	2194002	2194013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022579	TGATTT	2	12	2196502	2196513	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022579	AATATG	2	12	2295032	2295043	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022579	AAATGA	2	12	2300455	2300466	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022579	AAACCT	2	12	2317213	2317224	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_022579	TCTATA	2	12	2345111	2345122	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_022579	GGAGGG	2	12	2356263	2356274	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022579	TTATCG	2	12	2359578	2359589	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_022579	TTACCA	2	12	2397043	2397054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_022579	AAAAGT	2	12	2427828	2427839	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022579	CTTTGT	2	12	2459726	2459737	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_022579	GGTGAA	2	12	2478641	2478652	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022579	ATGCTG	2	12	2492374	2492385	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_022579	ATATTT	2	12	2502162	2502173	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022579	CTTGTA	2	12	2533569	2533580	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_022579	AAATAT	2	12	2542581	2542592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022579	ACTTTA	2	12	2595224	2595235	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_022579	AAAAAT	2	12	2651506	2651517	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022579	AATTTT	2	12	2663475	2663486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022579	ATTTCA	2	12	2693252	2693263	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_022579	ATTAAT	2	12	2717297	2717308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022579	AAACAA	2	12	2769892	2769903	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_022579	ATTACG	2	12	2795866	2795877	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_022579	TCAAGA	2	12	2796744	2796755	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_022579	CTTTTT	2	12	2808855	2808866	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_022579	AAATGA	2	12	2825381	2825392	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022579	CTTAAA	2	12	2849860	2849871	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_022579	AATAAA	2	12	2925154	2925165	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022579	CTTTCC	2	12	2986757	2986768	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_022579	TCATAA	2	12	3036695	3036706	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_022579	GGAAAA	2	12	3040475	3040486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022579	TTAAGT	2	12	3071700	3071711	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022579	CAAAAA	2	12	3096339	3096350	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_022579	ATTGAA	2	12	3102025	3102036	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022579	ATTTTT	2	12	3125436	3125447	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022579	TTCACC	2	12	3147296	3147307	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022579	AACACA	2	12	3175530	3175541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_022579	CATAAA	2	12	3206649	3206660	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_022579	CATAAG	2	12	3284793	3284804	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_022579	TACAGA	2	12	3304929	3304940	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_022579	AATTTA	2	12	3310245	3310256	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022579	TCATTT	2	12	3390861	3390872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_022579	ATTTAT	2	12	3414814	3414825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022579	TAAAAT	2	12	3439601	3439612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022579	ATCTAT	2	12	3494885	3494896	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_022579	AATTTA	2	12	3548638	3548649	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022579	CTTTTT	2	12	3548914	3548925	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_022579	TTTTTA	2	12	3579319	3579330	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022579	TGAAAA	2	12	3597407	3597418	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.