MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalobacter sp. CF chromosome

Total Repeats: 465

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018867	TTTAT	2	10	1352	1361	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018867	GCGGA	2	10	11838	11847	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_018867	CGCAC	2	10	12637	12646	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_018867	GTTAA	2	10	18355	18364	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018867	ATGTT	2	10	18429	18438	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018867	ATTTG	2	10	18900	18909	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018867	ATAAA	2	10	19518	19527	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018867	TAATG	2	10	50352	50361	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018867	GCAAA	2	10	50391	50400	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_018867	CACAG	2	10	71142	71151	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_018867	CTAAA	2	10	72369	72378	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_018867	TTTTA	2	10	73778	73787	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018867	ATAAC	2	10	79039	79048	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_018867	AAAGC	2	10	81103	81112	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_018867	ATATT	2	10	81720	81729	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018867	TCTGC	2	10	87501	87510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_018867	GAAAA	2	10	124798	124807	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018867	GAGGG	2	10	136601	136610	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018867	TATAA	2	10	141339	141348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018867	GCTTT	2	10	144289	144298	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018867	CTTTT	2	10	150702	150711	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_018867	TTGGA	2	10	150908	150917	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018867	CAAAA	2	10	162042	162051	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_018867	CATTA	2	10	162965	162974	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_018867	AAATT	2	10	163041	163050	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018867	CTGGA	2	10	164719	164728	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_018867	ATTTT	2	10	165057	165066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018867	CTTTT	2	10	165175	165184	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_018867	GAGGG	2	10	185805	185814	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_018867	GAAGG	2	10	194173	194182	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018867	CTCAC	2	10	198850	198859	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
32	NC_018867	ATATA	2	10	201786	201795	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018867	AGAGA	2	10	205229	205238	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018867	ATCAT	2	10	205370	205379	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_018867	GATAA	2	10	215250	215259	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018867	AAATA	2	10	219192	219201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018867	ACATA	2	10	219223	219232	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_018867	ATTAT	2	10	219263	219272	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018867	CATTT	2	10	220320	220329	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_018867	TTATT	2	10	220498	220507	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018867	GCTAA	3	15	226261	226275	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_018867	ATATA	2	10	230552	230561	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018867	GAAAA	2	10	238927	238936	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018867	TGGAT	2	10	240579	240588	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018867	AAGGT	2	10	240590	240599	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018867	AATTA	2	10	248123	248132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018867	TAAAA	2	10	276855	276864	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018867	GTTAT	2	10	303279	303288	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018867	ATAAG	2	10	307925	307934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018867	ATATG	2	10	308136	308145	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018867	TTTTA	2	10	310928	310937	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018867	CTTAG	2	10	317140	317149	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_018867	AATAA	2	10	320489	320498	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018867	TTGGA	2	10	335488	335497	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018867	GTTTT	2	10	352808	352817	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018867	GATCG	2	10	356549	356558	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_018867	TATTT	2	10	365678	365687	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018867	TCGTG	2	10	369490	369499	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_018867	GAAGC	2	10	369676	369685	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_018867	GGGAG	2	10	371010	371019	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018867	AAGCA	2	10	371814	371823	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_018867	TTGAA	2	10	372530	372539	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018867	GACAG	2	10	372697	372706	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_018867	ATATA	2	10	377227	377236	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018867	GGCAA	2	10	378569	378578	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_018867	TAAAA	2	10	390118	390127	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018867	TTAAA	2	10	390128	390137	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018867	GATAA	2	10	390973	390982	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018867	ATTAC	2	10	406626	406635	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_018867	TTTAT	2	10	420398	420407	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018867	TTCTT	2	10	424877	424886	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_018867	TAGGT	2	10	426450	426459	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018867	CAGGA	2	10	428029	428038	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_018867	TTGGT	2	10	428190	428199	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018867	AATTA	2	10	435293	435302	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018867	TAAAC	2	10	439420	439429	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_018867	CTTGT	2	10	449735	449744	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_018867	CTTTG	2	10	453948	453957	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_018867	TGTCA	2	10	454002	454011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_018867	TTATA	2	10	454732	454741	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018867	TGTTT	2	10	455287	455296	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018867	TTTTC	2	10	469316	469325	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_018867	GCATG	2	10	470944	470953	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_018867	GTTAT	2	10	476535	476544	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018867	AAGGA	2	10	479316	479325	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018867	TGCGT	2	10	479699	479708	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_018867	GAAAA	2	10	487903	487912	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018867	CATCT	2	10	499198	499207	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_018867	TAAGT	2	10	499255	499264	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018867	GTAAA	2	10	500082	500091	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018867	ATTTA	2	10	501853	501862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018867	ATATA	2	10	514360	514369	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018867	TGAAA	2	10	534876	534885	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018867	AGGTA	2	10	534939	534948	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018867	TCTAT	2	10	535109	535118	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_018867	GTCTG	2	10	535820	535829	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_018867	CAGCG	2	10	540067	540076	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_018867	CTCAT	2	10	541974	541983	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_018867	AACAT	2	10	542632	542641	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_018867	ATATG	2	10	549712	549721	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018867	AAATA	2	10	549777	549786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018867	TCAAA	2	10	555490	555499	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_018867	TCTTT	2	10	556150	556159	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_018867	ATATA	2	10	558136	558145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018867	GAAAA	2	10	568103	568112	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018867	ATATT	2	10	569110	569119	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018867	CGTTC	2	10	594204	594213	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
108	NC_018867	CAAAG	2	10	594232	594241	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_018867	TAAAA	2	10	598952	598961	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018867	TGAAA	2	10	599733	599742	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018867	AATTG	2	10	605389	605398	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018867	CAGTT	2	10	610481	610490	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_018867	AAATC	2	10	614011	614020	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_018867	AAAAC	2	10	628678	628687	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_018867	AATAA	2	10	632747	632756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018867	AGGAA	2	10	650799	650808	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018867	AAGGA	2	10	652870	652879	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018867	CAAAA	2	10	658394	658403	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_018867	AATTT	2	10	675945	675954	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018867	GAACA	2	10	678154	678163	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_018867	AAATA	2	10	678169	678178	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018867	GGAAC	2	10	681491	681500	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_018867	TTTAT	2	10	686647	686656	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018867	AAAAT	2	10	686704	686713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018867	TTCAA	2	10	694217	694226	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_018867	ATGTT	2	10	697019	697028	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018867	GAAAA	2	10	697056	697065	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018867	TCCCC	2	10	698903	698912	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
129	NC_018867	TGACT	2	10	701049	701058	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_018867	TCCTT	2	10	708184	708193	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_018867	CAGAT	2	10	749796	749805	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_018867	TGTTA	2	10	761746	761755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018867	GTCCT	2	10	771537	771546	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_018867	TTAAG	2	10	773138	773147	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018867	ATATC	2	10	787371	787380	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_018867	ACCTG	2	10	833975	833984	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_018867	CTTTC	2	10	842431	842440	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_018867	TATGA	2	10	854266	854275	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018867	CTTTT	2	10	856224	856233	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_018867	GTATT	2	10	865230	865239	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018867	CTCTG	2	10	875077	875086	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_018867	CTCTT	2	10	887479	887488	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_018867	AACCA	2	10	887511	887520	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_018867	TCATT	2	10	888790	888799	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_018867	AGTAA	2	10	927349	927358	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018867	ATTGT	2	10	930261	930270	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018867	AATTA	2	10	938317	938326	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.