MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfurococcus fermentans DSM 16532 chromosome

Total Repeats: 487

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018001	CCGG	2	8	59	66	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2	NC_018001	AGTA	2	8	4195	4202	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018001	CCCG	2	8	4271	4278	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
4	NC_018001	GATA	2	8	6080	6087	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018001	AAAT	2	8	7538	7545	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018001	ATCT	2	8	12391	12398	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
7	NC_018001	AGGA	2	8	17758	17765	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018001	GCCC	2	8	19111	19118	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
9	NC_018001	ATGG	2	8	20867	20874	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018001	GATG	2	8	20999	21006	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018001	TTGG	2	8	25923	25930	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018001	CAAC	2	8	26038	26045	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_018001	TCCA	2	8	26388	26395	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_018001	TTAT	2	8	30608	30615	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018001	TAAT	2	8	33513	33520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018001	ATGA	2	8	33604	33611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018001	CAAT	2	8	37878	37885	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_018001	TATT	2	8	38307	38314	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018001	ATGT	2	8	41224	41231	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018001	TAAA	2	8	44441	44448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018001	TCCA	2	8	47121	47128	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_018001	ATAA	2	8	47202	47209	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018001	AGAT	2	8	47501	47508	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018001	GATA	2	8	47596	47603	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018001	CCGC	2	8	47724	47731	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
26	NC_018001	TAAA	2	8	53105	53112	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018001	AATG	2	8	53340	53347	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_018001	TGGG	2	8	53733	53740	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_018001	GTCG	2	8	61274	61281	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
30	NC_018001	TTTA	2	8	61482	61489	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018001	AATA	2	8	62315	62322	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018001	GGCG	2	8	68615	68622	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_018001	TAGG	2	8	70940	70947	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018001	TAGC	2	8	74038	74045	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_018001	ATAA	2	8	75305	75312	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018001	GTAG	2	8	79478	79485	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018001	AATT	2	8	80806	80813	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018001	TTGA	2	8	81075	81082	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018001	ATGG	2	8	81182	81189	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018001	AAGG	2	8	84432	84439	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018001	ATTT	2	8	94453	94460	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_018001	TAAT	2	8	100472	100479	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018001	AGCT	2	8	100641	100648	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_018001	AGGA	2	8	102771	102778	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018001	GATA	2	8	102809	102816	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018001	AATC	2	8	103596	103603	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_018001	ATTA	2	8	103679	103686	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018001	ACCT	2	8	120248	120255	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_018001	GGGT	2	8	129711	129718	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018001	TTTC	2	8	130745	130752	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_018001	CCTC	2	8	137361	137368	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
52	NC_018001	ACCC	2	8	137762	137769	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
53	NC_018001	TTAA	2	8	143881	143888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018001	CGGG	2	8	145254	145261	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
55	NC_018001	AATA	2	8	145347	145354	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018001	ATAA	2	8	160800	160807	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018001	TTGC	2	8	166007	166014	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_018001	AGAT	2	8	168554	168561	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018001	TATC	2	8	171640	171647	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_018001	TCTT	2	8	172834	172841	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_018001	ATCT	2	8	172871	172878	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_018001	AATA	2	8	175443	175450	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018001	TATT	2	8	179194	179201	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018001	TTTA	2	8	187678	187685	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018001	GGCC	2	8	195556	195563	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_018001	TAAA	3	12	195977	195988	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018001	TGCT	2	8	211128	211135	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_018001	AAAT	2	8	219160	219167	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018001	TGAA	2	8	221795	221802	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018001	ATTA	2	8	221864	221871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018001	TCGT	2	8	228189	228196	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_018001	TATT	2	8	232694	232701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018001	ATAG	2	8	237979	237986	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018001	TGAT	2	8	238388	238395	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018001	TAAA	2	8	239814	239821	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018001	TTAC	2	8	244183	244190	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_018001	ATAA	2	8	249872	249879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018001	TTAA	2	8	250973	250980	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018001	ATTT	2	8	260949	260956	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018001	ATTA	2	8	270254	270261	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018001	GGCC	2	8	271990	271997	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
82	NC_018001	CCTC	2	8	273354	273361	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
83	NC_018001	CGGG	2	8	273412	273419	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
84	NC_018001	GTTT	2	8	280085	280092	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018001	GCCT	2	8	285736	285743	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_018001	GGTT	2	8	285772	285779	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018001	TTAT	2	8	288672	288679	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_018001	TGGG	2	8	292456	292463	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018001	ACAA	2	8	293879	293886	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_018001	ATTG	2	8	294011	294018	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018001	TAAA	2	8	294125	294132	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018001	TAAA	2	8	298028	298035	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018001	GTTG	2	8	300070	300077	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018001	CTAA	2	8	304614	304621	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_018001	GCCA	2	8	304713	304720	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
96	NC_018001	AATT	2	8	308054	308061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018001	ATTT	2	8	313272	313279	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018001	ATTA	2	8	321597	321604	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018001	GCTG	2	8	321605	321612	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
100	NC_018001	TTTA	2	8	324150	324157	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018001	AAAT	2	8	331066	331073	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018001	TCTA	2	8	351942	351949	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_018001	TCTA	2	8	363361	363368	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_018001	TATG	2	8	366674	366681	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018001	ACCT	2	8	367996	368003	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_018001	CCGG	2	8	368345	368352	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_018001	CAGG	2	8	368373	368380	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_018001	TGGC	2	8	369575	369582	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_018001	AACC	2	8	371964	371971	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_018001	TATT	2	8	375524	375531	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018001	CTGC	2	8	390047	390054	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
112	NC_018001	TAAG	2	8	392294	392301	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018001	AATA	2	8	395443	395450	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018001	TTTG	2	8	404898	404905	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018001	GCTA	2	8	405230	405237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_018001	TGCG	2	8	405526	405533	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
117	NC_018001	AATA	2	8	413657	413664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018001	AGAA	2	8	414012	414019	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018001	GAAT	2	8	414290	414297	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018001	TCCT	2	8	414418	414425	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_018001	CACC	3	12	414824	414835	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
122	NC_018001	CTAT	2	8	415242	415249	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_018001	TTAA	2	8	416282	416289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018001	CTAG	2	8	416611	416618	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_018001	TATT	2	8	417968	417975	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018001	ATCC	2	8	418669	418676	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_018001	GCTC	2	8	418767	418774	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_018001	GCTT	2	8	418783	418790	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_018001	AAGC	2	8	419461	419468	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_018001	TCAT	2	8	423311	423318	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_018001	TAGG	2	8	423343	423350	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018001	ATGT	2	8	436741	436748	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018001	TACA	2	8	442000	442007	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_018001	AAAC	2	8	442371	442378	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_018001	AATA	2	8	442498	442505	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018001	TTAA	2	8	450158	450165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018001	ATTA	2	8	453325	453332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018001	TAAA	2	8	455890	455897	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018001	TGGG	2	8	471462	471469	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018001	CCGG	2	8	471528	471535	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_018001	ATAA	2	8	474348	474355	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018001	TTGA	2	8	479182	479189	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018001	ATTA	2	8	480987	480994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018001	CCAC	2	8	482511	482518	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
145	NC_018001	ATTA	2	8	489719	489726	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018001	ATCA	2	8	495649	495656	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_018001	TCAC	2	8	496014	496021	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_018001	AGTA	2	8	496027	496034	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018001	CTAT	2	8	498405	498412	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_018001	TACA	2	8	498414	498421	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_018001	ATGT	2	8	498432	498439	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018001	GGCT	2	8	498518	498525	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
153	NC_018001	CTAT	2	8	500093	500100	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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155	NC_018001	GCCT	2	8	501831	501838	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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159	NC_018001	GCAG	2	8	505376	505383	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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162	NC_018001	TTCA	2	8	505847	505854	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
163	NC_018001	GAGT	2	8	506432	506439	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_018001	TAAT	2	8	539227	539234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_018001	TTCA	2	8	539333	539340	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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175	NC_018001	TAAA	2	8	551398	551405	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_018001	TAAT	2	8	595024	595031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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188	NC_018001	AATA	3	12	600164	600175	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_018001	ACTA	2	8	604583	604590	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
190	NC_018001	TTAT	2	8	604635	604642	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_018001	TAAT	2	8	613361	613368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_018001	AAAT	2	8	616326	616333	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_018001	TATT	2	8	618993	619000	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_018001	CCTA	2	8	631696	631703	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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446	NC_018001	TCCC	2	8	1231296	1231303	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
447	NC_018001	CATG	2	8	1236613	1236620	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
448	NC_018001	TTAT	2	8	1253673	1253680	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_018001	TTCC	2	8	1255857	1255864	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
450	NC_018001	AAAT	2	8	1257075	1257082	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_018001	GATA	2	8	1257293	1257300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
452	NC_018001	ATCA	2	8	1261382	1261389	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
453	NC_018001	TGAT	2	8	1261624	1261631	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
454	NC_018001	TTAA	2	8	1261648	1261655	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
455	NC_018001	CCGG	2	8	1263405	1263412	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
456	NC_018001	CCCA	2	8	1263502	1263509	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
457	NC_018001	CGCC	2	8	1265310	1265317	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
458	NC_018001	TATT	2	8	1274605	1274612	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
459	NC_018001	TAAA	2	8	1277957	1277964	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
460	NC_018001	TGGG	2	8	1278090	1278097	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
461	NC_018001	AATA	2	8	1279044	1279051	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_018001	GTTG	2	8	1291143	1291150	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
463	NC_018001	GATG	2	8	1298457	1298464	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
464	NC_018001	AAAT	2	8	1302789	1302796	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
465	NC_018001	GAAG	2	8	1302896	1302903	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
466	NC_018001	CCAA	2	8	1304860	1304867	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
467	NC_018001	GTAT	2	8	1305017	1305024	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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470	NC_018001	TATT	2	8	1315033	1315040	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
471	NC_018001	TTTA	2	8	1316368	1316375	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
472	NC_018001	GACT	2	8	1321292	1321299	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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474	NC_018001	GGAG	2	8	1322619	1322626	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
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476	NC_018001	ATTT	2	8	1323948	1323955	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
477	NC_018001	ATTA	2	8	1325924	1325931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
478	NC_018001	AATA	2	8	1326171	1326178	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
479	NC_018001	AATG	2	8	1326195	1326202	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
480	NC_018001	TCAT	2	8	1328094	1328101	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
481	NC_018001	TACC	2	8	1330350	1330357	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
482	NC_018001	ACTC	2	8	1350457	1350464	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
483	NC_018001	TGGC	2	8	1350476	1350483	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
484	NC_018001	ATGC	2	8	1352929	1352936	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
485	NC_018001	GGTG	2	8	1360220	1360227	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
486	NC_018001	CCAG	2	8	1362472	1362479	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
487	NC_018001	ATGT	2	8	1384065	1384072	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.