MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Deinococcus proteolyticus MRP chromosome

Total Repeats: 315

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015161	TGAGA	2	10	1734	1743	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_015161	TGTCA	2	10	8033	8042	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_015161	AGAGG	2	10	23116	23125	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015161	TCGTG	2	10	26718	26727	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_015161	CTGCC	2	10	31828	31837	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
6	NC_015161	GCGGG	2	10	41328	41337	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
7	NC_015161	GAGCG	2	10	42586	42595	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_015161	TTACT	2	10	46268	46277	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_015161	GAAAG	2	10	48287	48296	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_015161	GGGCA	2	10	49064	49073	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_015161	AGGAA	2	10	53059	53068	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_015161	ATGAT	2	10	61827	61836	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015161	GCCGC	2	10	69139	69148	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_015161	TTCTT	2	10	75844	75853	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_015161	GCCCG	2	10	78561	78570	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_015161	GGCTT	2	10	87116	87125	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_015161	CGGGC	2	10	89294	89303	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_015161	CAAGC	2	10	89710	89719	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_015161	TTTGC	2	10	96997	97006	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_015161	CCGTA	2	10	97426	97435	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_015161	AATTG	2	10	97806	97815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_015161	CATGC	2	10	106209	106218	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_015161	CCTGC	2	10	109655	109664	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
24	NC_015161	GGCTG	2	10	123316	123325	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
25	NC_015161	GGGCT	2	10	123711	123720	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015161	CTCAT	2	10	149402	149411	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_015161	CAGTG	2	10	159793	159802	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
28	NC_015161	GCAGC	2	10	162045	162054	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_015161	GCAGA	2	10	170994	171003	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_015161	TTTGC	2	10	172343	172352	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_015161	CCGTA	2	10	172772	172781	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_015161	AATTG	2	10	173152	173161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_015161	TAGTG	2	10	177342	177351	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_015161	GGCTG	2	10	186019	186028	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_015161	CACGG	2	10	193052	193061	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_015161	CGGCC	2	10	195843	195852	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_015161	GGCCA	2	10	203213	203222	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_015161	CGGGC	2	10	214155	214164	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
39	NC_015161	GTGGC	2	10	229838	229847	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_015161	CGGCG	2	10	229858	229867	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
41	NC_015161	CACTG	2	10	230409	230418	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_015161	TGGCC	2	10	231756	231765	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_015161	CCCTG	2	10	234459	234468	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_015161	ACCCC	2	10	248073	248082	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
45	NC_015161	CGGGG	2	10	268937	268946	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
46	NC_015161	GGGCT	2	10	269108	269117	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_015161	GACTG	2	10	271213	271222	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_015161	GCCTG	2	10	279052	279061	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_015161	CTGGC	2	10	299631	299640	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_015161	CGGCC	2	10	309738	309747	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
51	NC_015161	CGGAG	2	10	309828	309837	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_015161	GCAAA	2	10	330415	330424	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_015161	CTGCG	2	10	337555	337564	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_015161	CGCTC	2	10	343309	343318	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_015161	AGTGG	2	10	349900	349909	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_015161	CAGGT	2	10	356166	356175	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_015161	CCCGC	2	10	387412	387421	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
58	NC_015161	TGCCC	2	10	393663	393672	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
59	NC_015161	TGGGC	2	10	401345	401354	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015161	CCGCC	2	10	433031	433040	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
61	NC_015161	AGGGC	2	10	438193	438202	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
62	NC_015161	CGGGC	2	10	446607	446616	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
63	NC_015161	GGGTG	2	10	457725	457734	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
64	NC_015161	TGACC	2	10	462275	462284	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015161	CCTGC	2	10	465670	465679	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
66	NC_015161	GCGGG	2	10	467705	467714	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
67	NC_015161	CTTTT	2	10	471540	471549	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_015161	TCGCT	2	10	474213	474222	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_015161	GCTTA	2	10	484018	484027	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_015161	GCAGC	2	10	485547	485556	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_015161	GCAGC	2	10	492677	492686	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_015161	GAGCA	2	10	493369	493378	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_015161	TCTCA	2	10	494791	494800	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_015161	GGGCA	2	10	507059	507068	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_015161	CAGGG	2	10	526799	526808	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_015161	TTAGC	2	10	534452	534461	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_015161	TCGTG	2	10	547619	547628	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_015161	TGACC	2	10	548327	548336	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_015161	CAGAA	2	10	548533	548542	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_015161	CCTGA	2	10	553352	553361	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_015161	GCGCC	2	10	554250	554259	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
82	NC_015161	CCCCG	2	10	564229	564238	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
83	NC_015161	CGGCC	2	10	567787	567796	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
84	NC_015161	GCTAC	2	10	584627	584636	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_015161	TTGGG	2	10	591503	591512	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_015161	GCTGG	2	10	593294	593303	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_015161	TAGCC	2	10	617507	617516	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_015161	CGTAG	2	10	617670	617679	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_015161	GCGGA	2	10	626042	626051	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_015161	AGGGG	2	10	627473	627482	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
91	NC_015161	TGGAG	2	10	629334	629343	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_015161	CTGAC	2	10	631680	631689	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_015161	CGCGC	2	10	637977	637986	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
94	NC_015161	CCTGC	2	10	655520	655529	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_015161	TCCCA	2	10	657775	657784	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_015161	GGAGG	2	10	658908	658917	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
97	NC_015161	CCGGC	2	10	660196	660205	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
98	NC_015161	GGCCG	2	10	663446	663455	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
99	NC_015161	GGAAG	2	10	665218	665227	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
100	NC_015161	TAGCC	2	10	678550	678559	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
101	NC_015161	TCGGC	2	10	678880	678889	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_015161	CCAGA	2	10	680375	680384	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_015161	GCTGA	2	10	689614	689623	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_015161	GCGCG	2	10	696969	696978	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_015161	GGCAG	2	10	717021	717030	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_015161	GTTGC	2	10	718544	718553	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_015161	AAGGA	2	10	720751	720760	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
108	NC_015161	CCCTT	2	10	721550	721559	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_015161	GAGCG	2	10	724439	724448	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_015161	GCAGA	2	10	731750	731759	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_015161	GCCTT	2	10	732740	732749	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_015161	AAGTA	2	10	732981	732990	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_015161	CCACG	2	10	741101	741110	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
114	NC_015161	TGCCC	2	10	792919	792928	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_015161	GACTG	2	10	801859	801868	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_015161	AAGAA	2	10	803027	803036	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_015161	GAAGT	2	10	803917	803926	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_015161	TTTCA	2	10	804040	804049	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_015161	TCCTG	2	10	817372	817381	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
120	NC_015161	CGGGC	2	10	820081	820090	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
121	NC_015161	CCGGC	2	10	820127	820136	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_015161	CTTGA	2	10	820173	820182	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_015161	AGCTG	2	10	820342	820351	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
124	NC_015161	AACCC	2	10	845531	845540	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_015161	GGCCA	2	10	854140	854149	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_015161	TGCCG	2	10	854904	854913	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_015161	GGCCA	2	10	862515	862524	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_015161	AGGGG	2	10	870138	870147	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_015161	GCCAG	2	10	890098	890107	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_015161	CGCCC	2	10	911852	911861	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
131	NC_015161	CCAGG	2	10	911970	911979	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_015161	GCTGC	2	10	919257	919266	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_015161	AGGGG	2	10	921127	921136	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_015161	CTCAC	2	10	933314	933323	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_015161	GAGTT	2	10	946556	946565	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_015161	AGAGA	2	10	961946	961955	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_015161	AGCGG	2	10	964182	964191	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
138	NC_015161	TGGGC	2	10	968268	968277	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_015161	GGGGC	2	10	968408	968417	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
140	NC_015161	CTGCC	2	10	977776	977785	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_015161	AGCAG	2	10	1000408	1000417	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_015161	CTTTT	2	10	1017129	1017138	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_015161	GGTGT	2	10	1026594	1026603	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_015161	TATTT	2	10	1028090	1028099	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_015161	GCGCC	2	10	1041446	1041455	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
146	NC_015161	CGGGA	2	10	1043483	1043492	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_015161	CCGGC	2	10	1066352	1066361	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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161	NC_015161	GCTGC	2	10	1158612	1158621	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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163	NC_015161	CTCTG	2	10	1162455	1162464	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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281	NC_015161	CGGGG	2	10	1939709	1939718	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
282	NC_015161	CGGCC	2	10	1943704	1943713	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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285	NC_015161	GGGCC	2	10	1963388	1963397	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
286	NC_015161	CCGGT	2	10	1972149	1972158	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
287	NC_015161	GCCTA	2	10	1972893	1972902	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
288	NC_015161	GGCCC	2	10	1973446	1973455	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
289	NC_015161	CAGGG	2	10	1997708	1997717	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
290	NC_015161	GACAG	2	10	1997721	1997730	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
291	NC_015161	GACCA	2	10	2002390	2002399	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_015161	AAAAG	2	10	2010893	2010902	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
293	NC_015161	CACGA	2	10	2011430	2011439	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
294	NC_015161	TTCCG	2	10	2014236	2014245	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_015161	GGAGG	2	10	2022500	2022509	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
296	NC_015161	CTCTG	2	10	2023392	2023401	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_015161	GCCGC	2	10	2026677	2026686	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
298	NC_015161	CAATT	2	10	2029087	2029096	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
299	NC_015161	GCAAA	2	10	2029896	2029905	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
300	NC_015161	GCCCC	2	10	2036060	2036069	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
301	NC_015161	GCAGC	2	10	2041462	2041471	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_015161	TGGCC	2	10	2044321	2044330	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
303	NC_015161	GCTCC	2	10	2064436	2064445	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
304	NC_015161	CTGGG	2	10	2075469	2075478	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
305	NC_015161	GCCGC	2	10	2085094	2085103	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
306	NC_015161	TGCCT	2	10	2087877	2087886	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
307	NC_015161	CGGCG	2	10	2089168	2089177	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
308	NC_015161	CGCCT	2	10	2100526	2100535	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
309	NC_015161	AAAAG	2	10	2101500	2101509	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
310	NC_015161	CCTGT	2	10	2106006	2106015	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
311	NC_015161	GCCAC	2	10	2119380	2119389	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
312	NC_015161	CTTCC	2	10	2126906	2126915	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
313	NC_015161	CGTAC	2	10	2132081	2132090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
314	NC_015161	TTTGC	2	10	2143740	2143749	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
315	NC_015161	CAGCG	2	10	2144667	2144676	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.