MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Desulfohalobium retbaense DSM 5692 plasmid pDRET01

Total Repeats: 158

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013224	ATT	2	6	31	36	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013224	ACC	2	6	70	75	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_013224	TCG	2	6	245	250	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013224	CAC	2	6	281	286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_013224	CAT	2	6	312	317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013224	TGG	2	6	329	334	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013224	GGT	2	6	381	386	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013224	TAA	2	6	440	445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013224	AAG	2	6	485	490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013224	AGC	2	6	598	603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_013224	CGC	2	6	627	632	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_013224	ATA	2	6	2384	2389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013224	CCT	2	6	2404	2409	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_013224	TAA	2	6	5190	5195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013224	TTC	2	6	5259	5264	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013224	GGA	2	6	5365	5370	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013224	TTA	2	6	5423	5428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013224	CGA	2	6	5455	5460	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013224	ACA	2	6	5649	5654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013224	CTG	2	6	5660	5665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013224	CCG	2	6	5918	5923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_013224	CGA	2	6	6062	6067	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013224	TGG	2	6	6169	6174	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013224	AGG	2	6	6265	6270	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013224	GCA	2	6	6500	6505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_013224	GGT	2	6	6539	6544	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013224	GGT	2	6	7851	7856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013224	CAA	2	6	7906	7911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013224	TTG	2	6	7943	7948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013224	GCC	2	6	7954	7959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_013224	TTG	2	6	7999	8004	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013224	GGT	2	6	8109	8114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013224	CAA	2	6	8137	8142	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013224	TAT	2	6	8511	8516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013224	ATA	2	6	8569	8574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013224	GAA	2	6	8601	8606	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013224	CTA	2	6	8680	8685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013224	ATT	2	6	8798	8803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013224	AAG	2	6	8888	8893	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013224	TAA	2	6	8898	8903	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013224	GGA	2	6	8915	8920	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013224	CTT	2	6	10228	10233	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_013224	GTT	2	6	10251	10256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013224	CTC	2	6	10292	10297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_013224	AGG	2	6	10426	10431	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013224	CCA	2	6	10625	10630	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_013224	CGG	2	6	10668	10673	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013224	AGT	2	6	12391	12396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013224	ACC	2	6	12436	12441	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_013224	GTT	2	6	12449	12454	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013224	CAC	2	6	12992	12997	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_013224	TGC	2	6	18194	18199	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_013224	TTG	2	6	18326	18331	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013224	GGA	2	6	18673	18678	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013224	ACC	2	6	18990	18995	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_013224	GGA	2	6	19018	19023	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013224	AGG	2	6	19182	19187	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013224	CCA	2	6	19279	19284	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_013224	ACA	2	6	19601	19606	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013224	TGG	2	6	19708	19713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013224	AGC	2	6	19810	19815	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013224	AGG	2	6	19828	19833	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013224	ATT	2	6	21689	21694	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013224	GGC	2	6	21751	21756	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_013224	GTT	2	6	21868	21873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013224	ACA	2	6	21880	21885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013224	GCC	2	6	21906	21911	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_013224	CCA	2	6	22158	22163	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_013224	TTG	2	6	22243	22248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013224	TAA	2	6	22257	22262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013224	TAT	2	6	22356	22361	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013224	ACA	2	6	22507	22512	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013224	ACA	2	6	22523	22528	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_013224	GAA	2	6	22563	22568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013224	GTG	2	6	22623	22628	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013224	TGT	2	6	22696	22701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013224	TAT	2	6	22705	22710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013224	TAA	2	6	22720	22725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013224	CAG	2	6	24681	24686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013224	ATC	2	6	24688	24693	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013224	GTG	2	6	24803	24808	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013224	GTG	2	6	24885	24890	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013224	CAA	2	6	24906	24911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013224	ACA	2	6	24939	24944	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_013224	GCT	2	6	25139	25144	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013224	TCT	2	6	25485	25490	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013224	CAA	2	6	25606	25611	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013224	ATT	2	6	25645	25650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013224	AAT	2	6	25656	25661	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013224	TTA	2	6	25741	25746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013224	ATG	2	6	25747	25752	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013224	TAG	2	6	25775	25780	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013224	GAT	3	9	25827	25835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013224	GTA	2	6	25852	25857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013224	TGC	2	6	26126	26131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_013224	GGT	2	6	26289	26294	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013224	TGG	2	6	26342	26347	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013224	TCC	2	6	26393	26398	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_013224	CAT	2	6	26478	26483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013224	CTG	2	6	26770	26775	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013224	ACA	2	6	26852	26857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_013224	TTG	2	6	27198	27203	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013224	AAG	2	6	27243	27248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013224	ATT	2	6	27371	27376	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013224	GAA	2	6	28272	28277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013224	AAG	2	6	29345	29350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013224	ATC	2	6	29554	29559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_013224	TCT	2	6	29793	29798	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_013224	ATT	2	6	30027	30032	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013224	GCG	2	6	30069	30074	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_013224	AGG	2	6	30154	30159	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013224	AGG	2	6	30191	30196	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013224	GTT	2	6	30763	30768	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013224	CCT	2	6	30772	30777	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_013224	TAT	2	6	30789	30794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013224	CTT	2	6	30866	30871	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_013224	TCC	2	6	30876	30881	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_013224	CCT	2	6	30899	30904	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
119	NC_013224	ACC	2	6	32189	32194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_013224	AAT	2	6	32327	32332	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013224	ATT	2	6	32337	32342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013224	ACT	2	6	32384	32389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013224	CAG	2	6	32541	32546	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_013224	GTG	2	6	32654	32659	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013224	TGT	2	6	32667	32672	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013224	TTG	2	6	32779	32784	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013224	AGA	2	6	33140	33145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013224	TCA	2	6	33213	33218	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_013224	CAA	2	6	33261	33266	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013224	GGC	2	6	33377	33382	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_013224	TCA	2	6	33452	33457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_013224	TGA	2	6	33585	33590	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013224	TGA	2	6	33679	33684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013224	TGA	2	6	33755	33760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013224	TAG	2	6	33773	33778	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013224	TGA	2	6	33843	33848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013224	ATT	2	6	33971	33976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013224	TGT	2	6	34652	34657	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013224	GAA	2	6	35392	35397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013224	ATT	2	6	35445	35450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013224	ATT	2	6	35516	35521	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013224	TAT	2	6	35530	35535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013224	TAT	2	6	35591	35596	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013224	CAG	2	6	39366	39371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_013224	CCA	2	6	39400	39405	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_013224	CCG	2	6	39486	39491	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_013224	CAG	2	6	39666	39671	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_013224	ATT	2	6	39831	39836	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013224	TCC	2	6	39975	39980	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
150	NC_013224	AGA	2	6	40028	40033	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013224	TGG	2	6	40121	40126	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
152	NC_013224	TAA	2	6	40171	40176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013224	AGT	2	6	42325	42330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013224	AAT	2	6	42364	42369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_013224	TTA	2	6	43031	43036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013224	TAA	2	6	43086	43091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013224	TAT	2	6	44860	44865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_013224	GGC	2	6	44870	44875	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.