MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalococcoides sp. CBDB1 chromosome

Total Repeats: 434

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007356	CTTG	2	8	118	125	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_007356	GGGA	2	8	248	255	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_007356	TGGC	2	8	5999	6006	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_007356	CTTT	2	8	12332	12339	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_007356	AGAT	2	8	12342	12349	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_007356	AGGG	2	8	12426	12433	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_007356	TAAA	2	8	12459	12466	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_007356	AATC	2	8	15571	15578	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
9	NC_007356	GCTT	2	8	20302	20309	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
10	NC_007356	GAAA	2	8	29847	29854	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_007356	AAAT	2	8	29855	29862	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_007356	CTTT	2	8	35065	35072	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
13	NC_007356	GCGA	2	8	47973	47980	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_007356	TTCT	2	8	48167	48174	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_007356	TGGA	2	8	50081	50088	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_007356	GGTC	2	8	50382	50389	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_007356	TTCA	2	8	50913	50920	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_007356	TTAA	2	8	50954	50961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_007356	CTTT	2	8	51024	51031	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_007356	AGGA	2	8	62960	62967	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_007356	GCCA	2	8	63405	63412	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_007356	GCAG	2	8	63462	63469	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_007356	TTAT	2	8	63642	63649	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_007356	ATAA	2	8	67505	67512	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_007356	GATA	2	8	69000	69007	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_007356	TTTA	2	8	69329	69336	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_007356	AGTT	2	8	69477	69484	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_007356	TCTG	2	8	69510	69517	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_007356	ATTT	2	8	69680	69687	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_007356	AAAG	2	8	71126	71133	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_007356	AAAG	2	8	71161	71168	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_007356	AGGG	2	8	71242	71249	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
33	NC_007356	TTTG	2	8	74080	74087	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_007356	GTAT	2	8	75331	75338	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_007356	TGTA	2	8	80348	80355	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_007356	ATAA	2	8	82240	82247	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_007356	ATGA	2	8	82940	82947	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_007356	TAAC	2	8	84960	84967	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_007356	CTGT	2	8	85152	85159	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_007356	TCGC	2	8	89129	89136	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_007356	AATG	2	8	107689	107696	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_007356	TGAA	2	8	107961	107968	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_007356	TTGG	2	8	108461	108468	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_007356	GATA	2	8	115818	115825	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_007356	ATAA	2	8	115948	115955	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_007356	TAAA	2	8	116192	116199	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_007356	CCCT	2	8	117697	117704	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
48	NC_007356	GGCT	2	8	118800	118807	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_007356	TGCG	2	8	125430	125437	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_007356	GCAG	2	8	126726	126733	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_007356	AATA	2	8	130666	130673	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_007356	AAAT	2	8	131298	131305	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_007356	ATTT	2	8	135131	135138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_007356	CTGT	2	8	145791	145798	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_007356	GGAA	2	8	145800	145807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_007356	GCCA	2	8	150888	150895	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_007356	CTTT	2	8	156262	156269	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_007356	GTAA	2	8	160463	160470	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_007356	TATG	2	8	161941	161948	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_007356	GGAT	2	8	163664	163671	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_007356	TTTA	2	8	166256	166263	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_007356	GTCA	2	8	167037	167044	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_007356	CTTT	2	8	175338	175345	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_007356	CCTG	2	8	175376	175383	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_007356	CCCT	2	8	177565	177572	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
66	NC_007356	TATC	2	8	180932	180939	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_007356	AATT	2	8	182045	182052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_007356	TAAA	2	8	182415	182422	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_007356	ATTT	2	8	183049	183056	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_007356	ATAA	2	8	193230	193237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_007356	TTTC	2	8	194600	194607	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_007356	TATT	2	8	195324	195331	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_007356	AGGA	2	8	195669	195676	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_007356	TTTG	2	8	197931	197938	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_007356	TTTC	2	8	199348	199355	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_007356	TTTC	2	8	202105	202112	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_007356	CAAG	2	8	203061	203068	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_007356	TTAT	2	8	213520	213527	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_007356	CTTA	2	8	229018	229025	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_007356	AGAT	2	8	230998	231005	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_007356	CAAG	2	8	236277	236284	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
82	NC_007356	GGAG	2	8	248985	248992	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
83	NC_007356	ATCT	2	8	251497	251504	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_007356	CAGC	2	8	252188	252195	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
85	NC_007356	GATA	2	8	252293	252300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_007356	TAGA	2	8	263197	263204	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_007356	ATTT	2	8	263267	263274	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_007356	AGGC	2	8	265787	265794	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_007356	GGAC	2	8	265801	265808	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_007356	TAGT	2	8	279357	279364	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_007356	CATT	2	8	284781	284788	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_007356	TTTG	2	8	286930	286937	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_007356	TGGG	2	8	287003	287010	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_007356	CGGG	2	8	291042	291049	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
95	NC_007356	CAAA	2	8	291080	291087	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_007356	TAAA	2	8	297861	297868	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_007356	TCTG	2	8	307670	307677	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_007356	ATTT	2	8	312113	312120	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_007356	AGCT	2	8	312179	312186	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_007356	TGGT	2	8	316202	316209	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_007356	ATAA	2	8	333960	333967	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_007356	CAAA	2	8	343835	343842	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_007356	TAAA	2	8	353458	353465	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_007356	ATTG	2	8	362836	362843	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_007356	AATT	2	8	382925	382932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_007356	GGGC	2	8	401365	401372	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
107	NC_007356	GGAT	2	8	420055	420062	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_007356	TAAA	2	8	447807	447814	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_007356	GTTT	2	8	448532	448539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_007356	GCAG	2	8	448567	448574	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_007356	AGGC	2	8	452803	452810	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_007356	AACT	2	8	489451	489458	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_007356	CAAA	2	8	495878	495885	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_007356	TCAA	2	8	506448	506455	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_007356	GGGA	2	8	509912	509919	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
116	NC_007356	TCCC	2	8	512606	512613	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
117	NC_007356	TGGA	2	8	512822	512829	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_007356	CTTG	2	8	514548	514555	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_007356	ATTG	2	8	519926	519933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_007356	AGGG	2	8	520943	520950	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
121	NC_007356	GTTC	2	8	521127	521134	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_007356	AATG	2	8	521229	521236	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_007356	ATTT	2	8	527369	527376	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_007356	CAGG	2	8	529895	529902	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
125	NC_007356	CAGA	2	8	543723	543730	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_007356	GGGC	2	8	544429	544436	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
127	NC_007356	AACA	2	8	544701	544708	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_007356	CTGC	2	8	566084	566091	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_007356	GCGG	2	8	568358	568365	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_007356	TTTA	2	8	568456	568463	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_007356	GCAA	2	8	570918	570925	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_007356	TTAA	3	12	570964	570975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_007356	TGTT	2	8	571006	571013	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_007356	ATTT	2	8	571212	571219	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_007356	TATT	2	8	572460	572467	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_007356	GCCG	2	8	574965	574972	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
137	NC_007356	CTTA	2	8	577538	577545	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_007356	GGCT	2	8	579531	579538	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_007356	CCTT	2	8	585922	585929	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_007356	GTAG	2	8	589018	589025	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_007356	CCCT	2	8	590986	590993	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
142	NC_007356	TAAA	2	8	593582	593589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_007356	CACC	2	8	593597	593604	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
144	NC_007356	CAAG	2	8	597868	597875	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_007356	TCAC	2	8	597886	597893	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_007356	TAAT	2	8	600935	600942	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_007356	CTTT	2	8	601786	601793	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_007356	TAAA	2	8	602945	602952	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_007356	TTTA	2	8	602968	602975	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_007356	TAAC	2	8	603331	603338	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_007356	GTAA	2	8	605563	605570	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_007356	AAAT	2	8	613053	613060	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.