MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Desulfohalobium retbaense DSM 5692 plasmid pDRET01

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013224	GTT	2	6	861	866	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406619
2	NC_013224	GGC	2	6	1003	1008	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258406620
3	NC_013224	GTT	2	6	1017	1022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406620
4	NC_013224	CCA	2	6	1041	1046	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406620
5	NC_013224	GCC	2	6	1168	1173	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406620
6	NC_013224	GCC	2	6	1223	1228	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406620
7	NC_013224	CCA	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406620
8	NC_013224	TTC	2	6	1876	1881	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406622
9	NC_013224	AAC	2	6	1897	1902	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406622
10	NC_013224	GCC	2	6	1918	1923	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406622
11	NC_013224	TTG	2	6	1943	1948	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406622
12	NC_013224	TCC	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	258406622
13	NC_013224	GCA	2	6	2010	2015	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406622
14	NC_013224	TCT	2	6	2591	2596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406623
15	NC_013224	GTT	2	6	2767	2772	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406623
16	NC_013224	ATA	2	6	2818	2823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406623
17	NC_013224	ATG	2	6	2835	2840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406624
18	NC_013224	ATA	2	6	2986	2991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406624
19	NC_013224	GAA	2	6	3000	3005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406624
20	NC_013224	ATG	2	6	3034	3039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406624
21	NC_013224	GAA	3	9	3096	3104	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406624
22	NC_013224	CCA	2	6	3219	3224	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406624
23	NC_013224	CAA	2	6	3348	3353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406624
24	NC_013224	CCA	2	6	3527	3532	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406624
25	NC_013224	AGA	2	6	3536	3541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406624
26	NC_013224	TGA	2	6	3638	3643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406624
27	NC_013224	ACC	2	6	3780	3785	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406625
28	NC_013224	CAA	2	6	3900	3905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406625
29	NC_013224	TAA	3	9	3908	3916	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406625
30	NC_013224	AAC	2	6	4005	4010	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406625
31	NC_013224	AAC	2	6	4071	4076	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406625
32	NC_013224	TCC	2	6	4225	4230	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	258406625
33	NC_013224	ACC	2	6	4308	4313	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406625
34	NC_013224	AAT	2	6	4364	4369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406625
35	NC_013224	ATA	2	6	4449	4454	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406625
36	NC_013224	CGA	2	6	4649	4654	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406625
37	NC_013224	AAG	2	6	4819	4824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406625
38	NC_013224	TAT	2	6	4881	4886	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406625
39	NC_013224	CGT	2	6	4887	4892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406625
40	NC_013224	GAA	2	6	4914	4919	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406625
41	NC_013224	GAA	2	6	4941	4946	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406625
42	NC_013224	CAA	2	6	4959	4964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406625
43	NC_013224	ACA	2	6	5112	5117	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406625
44	NC_013224	AGA	2	6	6662	6667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406626
45	NC_013224	ATT	2	6	6990	6995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406627
46	NC_013224	ACC	2	6	7029	7034	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406627
47	NC_013224	TGG	2	6	7159	7164	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406627
48	NC_013224	TCG	2	6	7204	7209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406627
49	NC_013224	CAT	2	6	7271	7276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258406627
50	NC_013224	TGG	2	6	7288	7293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406627
51	NC_013224	GGT	2	6	7340	7345	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406627
52	NC_013224	TAA	2	6	7399	7404	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406627
53	NC_013224	AGG	2	6	7444	7449	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258406627
54	NC_013224	GTG	2	6	7500	7505	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406627
55	NC_013224	GCC	2	6	7563	7568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406627
56	NC_013224	GGA	2	6	7700	7705	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258406628
57	NC_013224	AAG	2	6	7722	7727	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406628
58	NC_013224	TGA	2	6	7805	7810	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406628
59	NC_013224	GCT	2	6	9034	9039	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406629
60	NC_013224	AGA	2	6	9173	9178	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406629
61	NC_013224	TTA	2	6	9181	9186	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406629
62	NC_013224	ATG	2	6	9620	9625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406630
63	NC_013224	ATG	2	6	9720	9725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406630
64	NC_013224	ATG	2	6	9764	9769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406630
65	NC_013224	TCT	2	6	9782	9787	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406630
66	NC_013224	GAA	2	6	9800	9805	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406630
67	NC_013224	CAT	2	6	9819	9824	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258406630
68	NC_013224	ACA	2	6	9909	9914	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406630
69	NC_013224	TTC	2	6	9944	9949	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406630
70	NC_013224	AGA	2	6	9960	9965	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406630
71	NC_013224	AGT	2	6	10022	10027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406630
72	NC_013224	TGA	2	6	10138	10143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406630
73	NC_013224	AGA	2	6	10703	10708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406631
74	NC_013224	GAG	2	6	10773	10778	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258406631
75	NC_013224	ATT	2	6	10843	10848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406632
76	NC_013224	TTC	2	6	10850	10855	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406632
77	NC_013224	GGC	2	6	11276	11281	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258406632
78	NC_013224	TGG	2	6	11283	11288	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406632
79	NC_013224	TGG	2	6	11319	11324	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406632
80	NC_013224	TAT	2	6	11570	11575	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406633
81	NC_013224	GTA	2	6	11627	11632	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406633
82	NC_013224	ATA	2	6	11845	11850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406634
83	NC_013224	CTT	2	6	11955	11960	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406634
84	NC_013224	GAT	2	6	12088	12093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406634
85	NC_013224	GAA	2	6	12121	12126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406634
86	NC_013224	GAA	2	6	12205	12210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406634
87	NC_013224	ATT	2	6	12705	12710	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406635
88	NC_013224	GTA	2	6	12875	12880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406635
89	NC_013224	ATA	2	6	12890	12895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406635
90	NC_013224	ACT	2	6	12919	12924	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258406635
91	NC_013224	ATT	2	6	12936	12941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406635
92	NC_013224	TTG	2	6	12965	12970	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406635
93	NC_013224	GCA	3	9	13080	13088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406636
94	NC_013224	ACC	2	6	13321	13326	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	258406636
95	NC_013224	GGA	2	6	13388	13393	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258406636
96	NC_013224	GAA	2	6	13398	13403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406636
97	NC_013224	GCA	2	6	13502	13507	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406637
98	NC_013224	TCA	2	6	13521	13526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258406637
99	NC_013224	TCT	2	6	13586	13591	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406637
100	NC_013224	CTG	2	6	13704	13709	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406637
101	NC_013224	CAG	2	6	13864	13869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406637
102	NC_013224	AAC	2	6	13963	13968	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406637
103	NC_013224	ACA	2	6	14206	14211	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406637
104	NC_013224	CAA	2	6	14277	14282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406637
105	NC_013224	AGC	2	6	14288	14293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406637
106	NC_013224	TTA	2	6	14346	14351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406638
107	NC_013224	ACG	2	6	14426	14431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406638
108	NC_013224	TCG	2	6	14458	14463	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406638
109	NC_013224	GCC	2	6	14554	14559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406638
110	NC_013224	AGC	2	6	14589	14594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406638
111	NC_013224	GCA	2	6	14754	14759	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406638
112	NC_013224	GCA	2	6	14820	14825	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406638
113	NC_013224	CTG	2	6	14868	14873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406638
114	NC_013224	ATT	2	6	14945	14950	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406638
115	NC_013224	GCA	2	6	15106	15111	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406638
116	NC_013224	GGC	2	6	15184	15189	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258406638
117	NC_013224	TGG	2	6	15265	15270	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406638
118	NC_013224	ACA	2	6	15317	15322	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406638
119	NC_013224	CTT	2	6	15336	15341	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406638
120	NC_013224	GCC	2	6	15343	15348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	258406638
121	NC_013224	GCA	2	6	15582	15587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	258406639
122	NC_013224	ATC	2	6	15750	15755	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	258406639
123	NC_013224	TTA	2	6	15788	15793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406639
124	NC_013224	TGG	2	6	15873	15878	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	258406639
125	NC_013224	CTG	2	6	15896	15901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406639
126	NC_013224	ATT	2	6	16060	16065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406639
127	NC_013224	GGC	2	6	16066	16071	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258406639
128	NC_013224	ATT	2	6	16142	16147	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406639
129	NC_013224	AAT	2	6	16182	16187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406639
130	NC_013224	GAT	2	6	16683	16688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406639
131	NC_013224	TGT	2	6	16925	16930	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406640
132	NC_013224	TGC	2	6	16979	16984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406640
133	NC_013224	AAT	2	6	17065	17070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	258406640
134	NC_013224	TAT	2	6	17100	17105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406640
135	NC_013224	GTC	2	6	17158	17163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	258406640
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138	NC_013224	ATT	2	6	17386	17391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406640
139	NC_013224	CGG	2	6	17415	17420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	258406640
140	NC_013224	TTG	2	6	17469	17474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406640
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142	NC_013224	CTT	2	6	17640	17645	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	258406640
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145	NC_013224	TGT	2	6	17820	17825	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	258406640
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149	NC_013224	TAG	2	6	20068	20073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	258406642
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153	NC_013224	CTC	2	6	20401	20406	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	258406643
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169	NC_013224	ATT	2	6	23159	23164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	258406645
170	NC_013224	CAA	2	6	23180	23185	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	258406645
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252	NC_013224	AAG	2	6	36916	36921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406657
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259	NC_013224	GAA	2	6	37631	37636	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406657
260	NC_013224	GGA	2	6	37659	37664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	258406657
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271	NC_013224	GAA	2	6	38715	38720	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	258406657
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.