MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI05

Total Repeats: 64

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009959	CGCGG	2	10	342	351	0 %	0 %	60 %	40 %	159046677
2	NC_009959	GCCAT	2	10	2837	2846	20 %	20 %	20 %	40 %	159046679
3	NC_009959	GCCGG	2	10	2917	2926	0 %	0 %	60 %	40 %	159046679
4	NC_009959	CGGGG	2	10	3056	3065	0 %	0 %	80 %	20 %	159046679
5	NC_009959	CGCGG	2	10	3399	3408	0 %	0 %	60 %	40 %	159046679
6	NC_009959	CTCGA	2	10	3836	3845	20 %	20 %	20 %	40 %	159046680
7	NC_009959	GATCT	2	10	5018	5027	20 %	40 %	20 %	20 %	159046680
8	NC_009959	CCGGA	2	10	6417	6426	20 %	0 %	40 %	40 %	251833004
9	NC_009959	CGGGG	2	10	9039	9048	0 %	0 %	80 %	20 %	159046684
10	NC_009959	TCCAG	2	10	10168	10177	20 %	20 %	20 %	40 %	159046685
11	NC_009959	CCGGC	2	10	11049	11058	0 %	0 %	40 %	60 %	159046686
12	NC_009959	GCCCC	2	10	11298	11307	0 %	0 %	20 %	80 %	159046686
13	NC_009959	AGGGC	2	10	11796	11805	20 %	0 %	60 %	20 %	159046686
14	NC_009959	GCCCG	2	10	12303	12312	0 %	0 %	40 %	60 %	159046686
15	NC_009959	GCCGC	2	10	13296	13305	0 %	0 %	40 %	60 %	159046688
16	NC_009959	GTGCC	2	10	13869	13878	0 %	20 %	40 %	40 %	159046688
17	NC_009959	CGCGG	2	10	14258	14267	0 %	0 %	60 %	40 %	159046689
18	NC_009959	CGGCC	2	10	14701	14710	0 %	0 %	40 %	60 %	159046689
19	NC_009959	GCGCC	2	10	15884	15893	0 %	0 %	40 %	60 %	159046690
20	NC_009959	CCAGG	2	10	16844	16853	20 %	0 %	40 %	40 %	159046691
21	NC_009959	CGAGG	2	10	17138	17147	20 %	0 %	60 %	20 %	159046691
22	NC_009959	CGGCC	2	10	17396	17405	0 %	0 %	40 %	60 %	159046691
23	NC_009959	GCGCC	2	10	17416	17425	0 %	0 %	40 %	60 %	159046691
24	NC_009959	CCCGG	2	10	17675	17684	0 %	0 %	40 %	60 %	159046692
25	NC_009959	GGCCC	2	10	18336	18345	0 %	0 %	40 %	60 %	159046693
26	NC_009959	GGACC	2	10	18916	18925	20 %	0 %	40 %	40 %	159046693
27	NC_009959	CCGGG	2	10	19684	19693	0 %	0 %	60 %	40 %	159046693
28	NC_009959	CGGGC	2	10	20048	20057	0 %	0 %	60 %	40 %	159046694
29	NC_009959	CCGCG	2	10	20563	20572	0 %	0 %	40 %	60 %	159046694
30	NC_009959	CGCGG	2	10	20884	20893	0 %	0 %	60 %	40 %	159046694
31	NC_009959	TGCCC	2	10	21189	21198	0 %	20 %	20 %	60 %	159046694
32	NC_009959	GCACC	2	10	21574	21583	20 %	0 %	20 %	60 %	159046695
33	NC_009959	CGACC	2	10	22805	22814	20 %	0 %	20 %	60 %	159046696
34	NC_009959	GCGCC	2	10	23855	23864	0 %	0 %	40 %	60 %	159046697
35	NC_009959	GCGAC	2	10	25398	25407	20 %	0 %	40 %	40 %	159046699
36	NC_009959	TGTGC	2	10	25444	25453	0 %	40 %	40 %	20 %	159046699
37	NC_009959	CGGGC	2	10	25634	25643	0 %	0 %	60 %	40 %	159046699
38	NC_009959	CATAA	2	10	29493	29502	60 %	20 %	0 %	20 %	159046704
39	NC_009959	CCCGG	2	10	29558	29567	0 %	0 %	40 %	60 %	159046705
40	NC_009959	CCGGG	2	10	32983	32992	0 %	0 %	60 %	40 %	159046709
41	NC_009959	CCGGG	2	10	33501	33510	0 %	0 %	60 %	40 %	159046710
42	NC_009959	TGGTT	2	10	34244	34253	0 %	60 %	40 %	0 %	159046711
43	NC_009959	CCGCG	2	10	35617	35626	0 %	0 %	40 %	60 %	159046712
44	NC_009959	GTCGT	2	10	36922	36931	0 %	40 %	40 %	20 %	159046713
45	NC_009959	ACGCG	2	10	38061	38070	20 %	0 %	40 %	40 %	159046714
46	NC_009959	CTCGG	2	10	39839	39848	0 %	20 %	40 %	40 %	159046716
47	NC_009959	CCTGA	2	10	40238	40247	20 %	20 %	20 %	40 %	159046716
48	NC_009959	GCGCC	2	10	41199	41208	0 %	0 %	40 %	60 %	159046717
49	NC_009959	TCCGC	2	10	41232	41241	0 %	20 %	20 %	60 %	159046717
50	NC_009959	GACCC	2	10	45855	45864	20 %	0 %	20 %	60 %	159046721
51	NC_009959	GCGCC	2	10	46201	46210	0 %	0 %	40 %	60 %	159046722
52	NC_009959	ACCGC	2	10	46489	46498	20 %	0 %	20 %	60 %	159046722
53	NC_009959	TACCC	2	10	49923	49932	20 %	20 %	0 %	60 %	159046725
54	NC_009959	AACTG	2	10	54100	54109	40 %	20 %	20 %	20 %	159046729
55	NC_009959	CCCGC	2	10	59096	59105	0 %	0 %	20 %	80 %	159046735
56	NC_009959	CTGGC	2	10	65952	65961	0 %	20 %	40 %	40 %	159046740
57	NC_009959	CGCGG	2	10	67145	67154	0 %	0 %	60 %	40 %	159046741
58	NC_009959	CTGGG	2	10	68070	68079	0 %	20 %	60 %	20 %	159046743
59	NC_009959	GCCGC	2	10	68883	68892	0 %	0 %	40 %	60 %	159046743
60	NC_009959	CATGA	2	10	69229	69238	40 %	20 %	20 %	20 %	159046743
61	NC_009959	CCGCC	2	10	70236	70245	0 %	0 %	20 %	80 %	159046745
62	NC_009959	CGCGG	2	10	70450	70459	0 %	0 %	60 %	40 %	159046745
63	NC_009959	TCTGC	2	10	71740	71749	0 %	40 %	20 %	40 %	251833006
64	NC_009959	CGGTC	2	10	71755	71764	0 %	20 %	40 %	40 %	251833006

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.