MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI03

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009957	GGTCA	2	10	858	867	20 %	20 %	40 %	20 %	159046471
2	NC_009957	TTCGC	2	10	1155	1164	0 %	40 %	20 %	40 %	159046471
3	NC_009957	ACGAG	2	10	1817	1826	40 %	0 %	40 %	20 %	159046472
4	NC_009957	GTCCT	2	10	9565	9574	0 %	40 %	20 %	40 %	159046480
5	NC_009957	GATGC	2	10	12135	12144	20 %	20 %	40 %	20 %	159046482
6	NC_009957	CGGAT	2	10	13691	13700	20 %	20 %	40 %	20 %	159046483
7	NC_009957	TGGCG	2	10	14186	14195	0 %	20 %	60 %	20 %	159046484
8	NC_009957	CGTTT	2	10	14866	14875	0 %	60 %	20 %	20 %	159046485
9	NC_009957	GGCTC	2	10	16674	16683	0 %	20 %	40 %	40 %	159046486
10	NC_009957	GATCG	2	10	16739	16748	20 %	20 %	40 %	20 %	159046486
11	NC_009957	TCGGA	2	10	17094	17103	20 %	20 %	40 %	20 %	159046486
12	NC_009957	CGGGA	2	10	21237	21246	20 %	0 %	60 %	20 %	159046492
13	NC_009957	TCGGG	2	10	24886	24895	0 %	20 %	60 %	20 %	159046497
14	NC_009957	CCAGG	2	10	25354	25363	20 %	0 %	40 %	40 %	159046498
15	NC_009957	CGTGG	2	10	27634	27643	0 %	20 %	60 %	20 %	159046502
16	NC_009957	CTGCG	2	10	33776	33785	0 %	20 %	40 %	40 %	159046512
17	NC_009957	GCCGG	2	10	34036	34045	0 %	0 %	60 %	40 %	159046512
18	NC_009957	AGGCG	2	10	37003	37012	20 %	0 %	60 %	20 %	159046515
19	NC_009957	GTCTT	2	10	39285	39294	0 %	60 %	20 %	20 %	159046519
20	NC_009957	CGGAT	2	10	39650	39659	20 %	20 %	40 %	20 %	159046519
21	NC_009957	GCCTC	2	10	39899	39908	0 %	20 %	20 %	60 %	159046520
22	NC_009957	GCGCC	2	10	41195	41204	0 %	0 %	40 %	60 %	159046521
23	NC_009957	TCAGG	2	10	42084	42093	20 %	20 %	40 %	20 %	159046522
24	NC_009957	GAACT	2	10	43928	43937	40 %	20 %	20 %	20 %	159046524
25	NC_009957	GCAAG	2	10	44492	44501	40 %	0 %	40 %	20 %	159046524
26	NC_009957	TCCCG	2	10	50259	50268	0 %	20 %	20 %	60 %	159046527
27	NC_009957	CGGCG	2	10	51601	51610	0 %	0 %	60 %	40 %	159046528
28	NC_009957	CTTCG	2	10	52658	52667	0 %	40 %	20 %	40 %	159046528
29	NC_009957	TCGCG	2	10	52976	52985	0 %	20 %	40 %	40 %	159046529
30	NC_009957	GCAAC	2	10	55351	55360	40 %	0 %	20 %	40 %	159046531
31	NC_009957	GACTC	2	10	58705	58714	20 %	20 %	20 %	40 %	159046534
32	NC_009957	ATGTC	2	10	59529	59538	20 %	40 %	20 %	20 %	159046535
33	NC_009957	CCCGG	2	10	60819	60828	0 %	0 %	40 %	60 %	159046536
34	NC_009957	GCCGG	2	10	62924	62933	0 %	0 %	60 %	40 %	159046536
35	NC_009957	GGCGG	2	10	63073	63082	0 %	0 %	80 %	20 %	159046536
36	NC_009957	GCCGA	2	10	63898	63907	20 %	0 %	40 %	40 %	159046537
37	NC_009957	GGCGT	2	10	68991	69000	0 %	20 %	60 %	20 %	159046542
38	NC_009957	GGCCC	2	10	70052	70061	0 %	0 %	40 %	60 %	159046543
39	NC_009957	AGATC	2	10	71758	71767	40 %	20 %	20 %	20 %	159046545
40	NC_009957	GGGCA	2	10	72521	72530	20 %	0 %	60 %	20 %	159046545
41	NC_009957	CCCCG	2	10	73327	73336	0 %	0 %	20 %	80 %	159046545
42	NC_009957	CCCTG	2	10	74701	74710	0 %	20 %	20 %	60 %	159046546
43	NC_009957	GCATG	2	10	74731	74740	20 %	20 %	40 %	20 %	159046546
44	NC_009957	GATCA	2	10	77324	77333	40 %	20 %	20 %	20 %	159046547
45	NC_009957	CTCGG	2	10	80078	80087	0 %	20 %	40 %	40 %	159046550
46	NC_009957	TCGCC	2	10	80335	80344	0 %	20 %	20 %	60 %	159046551
47	NC_009957	CATCG	2	10	82886	82895	20 %	20 %	20 %	40 %	159046553
48	NC_009957	CCTAC	2	10	83882	83891	20 %	20 %	0 %	60 %	159046554
49	NC_009957	CTGCG	2	10	84218	84227	0 %	20 %	40 %	40 %	159046554
50	NC_009957	GCCCT	2	10	84618	84627	0 %	20 %	20 %	60 %	159046556
51	NC_009957	GCCCC	2	10	86673	86682	0 %	0 %	20 %	80 %	159046558
52	NC_009957	CGGTT	2	10	87464	87473	0 %	40 %	40 %	20 %	159046558
53	NC_009957	TCATG	2	10	89132	89141	20 %	40 %	20 %	20 %	159046560
54	NC_009957	ATCGC	2	10	89863	89872	20 %	20 %	20 %	40 %	159046560
55	NC_009957	AGGGG	2	10	90036	90045	20 %	0 %	80 %	0 %	159046560
56	NC_009957	ACATC	2	10	90451	90460	40 %	20 %	0 %	40 %	159046561
57	NC_009957	CACGG	2	10	92459	92468	20 %	0 %	40 %	40 %	159046564
58	NC_009957	GCTCG	2	10	93341	93350	0 %	20 %	40 %	40 %	159046565
59	NC_009957	CCAGG	2	10	93879	93888	20 %	0 %	40 %	40 %	159046565
60	NC_009957	CGCGC	2	10	95190	95199	0 %	0 %	40 %	60 %	159046566
61	NC_009957	CGGTG	2	10	95228	95237	0 %	20 %	60 %	20 %	159046566
62	NC_009957	GCTGT	2	10	95378	95387	0 %	40 %	40 %	20 %	159046567
63	NC_009957	GACCG	2	10	95737	95746	20 %	0 %	40 %	40 %	159046567
64	NC_009957	CATGG	2	10	96284	96293	20 %	20 %	40 %	20 %	159046569
65	NC_009957	CCAGC	2	10	96971	96980	20 %	0 %	20 %	60 %	159046569
66	NC_009957	GGTCA	2	10	98667	98676	20 %	20 %	40 %	20 %	159046572
67	NC_009957	CGTGC	2	10	101020	101029	0 %	20 %	40 %	40 %	159046575
68	NC_009957	GGGCT	2	10	103650	103659	0 %	20 %	60 %	20 %	159046580
69	NC_009957	ACATG	2	10	104024	104033	40 %	20 %	20 %	20 %	159046580
70	NC_009957	TCGCG	2	10	105373	105382	0 %	20 %	40 %	40 %	159046582
71	NC_009957	GCCGA	2	10	106196	106205	20 %	0 %	40 %	40 %	159046583
72	NC_009957	CGGAT	2	10	108070	108079	20 %	20 %	40 %	20 %	159046586
73	NC_009957	TGACC	2	10	108365	108374	20 %	20 %	20 %	40 %	159046586
74	NC_009957	ATCAG	2	10	108415	108424	40 %	20 %	20 %	20 %	159046586
75	NC_009957	CATCG	2	10	109402	109411	20 %	20 %	20 %	40 %	159046587
76	NC_009957	CTGGG	2	10	110999	111008	0 %	20 %	60 %	20 %	159046589
77	NC_009957	GCGCC	2	10	112253	112262	0 %	0 %	40 %	60 %	159046589
78	NC_009957	ATCCG	2	10	113782	113791	20 %	20 %	20 %	40 %	159046592
79	NC_009957	AGGGC	2	10	115226	115235	20 %	0 %	60 %	20 %	159046593
80	NC_009957	CCACG	2	10	115274	115283	20 %	0 %	20 %	60 %	159046593
81	NC_009957	CAAAG	2	10	115290	115299	60 %	0 %	20 %	20 %	159046593
82	NC_009957	AACCG	2	10	115619	115628	40 %	0 %	20 %	40 %	159046593
83	NC_009957	CAGCC	2	10	116133	116142	20 %	0 %	20 %	60 %	159046593
84	NC_009957	CGATC	2	10	118122	118131	20 %	20 %	20 %	40 %	159046596
85	NC_009957	GCAGT	2	10	119491	119500	20 %	20 %	40 %	20 %	159046598
86	NC_009957	CATGG	2	10	119676	119685	20 %	20 %	40 %	20 %	159046598
87	NC_009957	ACCGA	2	10	119937	119946	40 %	0 %	20 %	40 %	159046598
88	NC_009957	TGACC	2	10	120978	120987	20 %	20 %	20 %	40 %	159046599
89	NC_009957	CGGGA	2	10	124794	124803	20 %	0 %	60 %	20 %	159046603

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.