MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI01

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009955	CCAG	2	8	595	602	25 %	0 %	25 %	50 %	159046136
2	NC_009955	GAAC	2	8	787	794	50 %	0 %	25 %	25 %	159046136
3	NC_009955	AACG	2	8	1323	1330	50 %	0 %	25 %	25 %	159046137
4	NC_009955	GAAC	2	8	1466	1473	50 %	0 %	25 %	25 %	159046137
5	NC_009955	GCTG	2	8	1742	1749	0 %	25 %	50 %	25 %	159046138
6	NC_009955	CCGC	2	8	1891	1898	0 %	0 %	25 %	75 %	159046138
7	NC_009955	GGAT	2	8	1966	1973	25 %	25 %	50 %	0 %	159046138
8	NC_009955	CTCA	2	8	1986	1993	25 %	25 %	0 %	50 %	159046138
9	NC_009955	GCCC	2	8	2603	2610	0 %	0 %	25 %	75 %	159046138
10	NC_009955	GCCT	2	8	2710	2717	0 %	25 %	25 %	50 %	159046138
11	NC_009955	CTTG	2	8	3545	3552	0 %	50 %	25 %	25 %	159046139
12	NC_009955	TGGT	2	8	3557	3564	0 %	50 %	50 %	0 %	159046139
13	NC_009955	CGCC	2	8	3786	3793	0 %	0 %	25 %	75 %	159046140
14	NC_009955	TGCG	2	8	4220	4227	0 %	25 %	50 %	25 %	159046140
15	NC_009955	TGGC	2	8	5615	5622	0 %	25 %	50 %	25 %	159046142
16	NC_009955	CTGA	2	8	6204	6211	25 %	25 %	25 %	25 %	159046143
17	NC_009955	TGGC	2	8	6719	6726	0 %	25 %	50 %	25 %	159046144
18	NC_009955	GCTG	2	8	7255	7262	0 %	25 %	50 %	25 %	159046144
19	NC_009955	TGGC	2	8	7279	7286	0 %	25 %	50 %	25 %	159046144
20	NC_009955	GCCG	2	8	7781	7788	0 %	0 %	50 %	50 %	159046145
21	NC_009955	GGAT	2	8	8139	8146	25 %	25 %	50 %	0 %	159046145
22	NC_009955	CAGG	2	8	8937	8944	25 %	0 %	50 %	25 %	159046145
23	NC_009955	GGCG	2	8	9287	9294	0 %	0 %	75 %	25 %	159046145
24	NC_009955	AACG	2	8	9471	9478	50 %	0 %	25 %	25 %	159046145
25	NC_009955	CGTG	2	8	9725	9732	0 %	25 %	50 %	25 %	159046145
26	NC_009955	CGGG	2	8	10264	10271	0 %	0 %	75 %	25 %	159046146
27	NC_009955	TCGG	2	8	10440	10447	0 %	25 %	50 %	25 %	159046146
28	NC_009955	GCCC	2	8	10805	10812	0 %	0 %	25 %	75 %	159046146
29	NC_009955	CTTT	2	8	11053	11060	0 %	75 %	0 %	25 %	159046146
30	NC_009955	CGAC	2	8	11388	11395	25 %	0 %	25 %	50 %	159046147
31	NC_009955	GGAC	2	8	13318	13325	25 %	0 %	50 %	25 %	159046149
32	NC_009955	CAGC	2	8	14048	14055	25 %	0 %	25 %	50 %	159046150
33	NC_009955	GGGC	2	8	15007	15014	0 %	0 %	75 %	25 %	159046151
34	NC_009955	GTGG	2	8	15381	15388	0 %	25 %	75 %	0 %	159046151
35	NC_009955	CGGG	2	8	15583	15590	0 %	0 %	75 %	25 %	159046151
36	NC_009955	AACG	2	8	16120	16127	50 %	0 %	25 %	25 %	159046151
37	NC_009955	AAGA	2	8	16782	16789	75 %	0 %	25 %	0 %	159046152
38	NC_009955	GCCA	2	8	17789	17796	25 %	0 %	25 %	50 %	159046155
39	NC_009955	CAGC	2	8	18241	18248	25 %	0 %	25 %	50 %	159046155
40	NC_009955	AGGC	2	8	19391	19398	25 %	0 %	50 %	25 %	159046156
41	NC_009955	GCCA	2	8	19543	19550	25 %	0 %	25 %	50 %	159046156
42	NC_009955	CCAG	2	8	19785	19792	25 %	0 %	25 %	50 %	159046157
43	NC_009955	CCCG	2	8	20119	20126	0 %	0 %	25 %	75 %	159046157
44	NC_009955	CGTT	2	8	20273	20280	0 %	50 %	25 %	25 %	159046157
45	NC_009955	TCAG	2	8	20585	20592	25 %	25 %	25 %	25 %	159046158
46	NC_009955	CCCG	2	8	21262	21269	0 %	0 %	25 %	75 %	159046159
47	NC_009955	CGGG	2	8	21795	21802	0 %	0 %	75 %	25 %	159046159
48	NC_009955	GCGG	2	8	21893	21900	0 %	0 %	75 %	25 %	159046159
49	NC_009955	AGCC	2	8	22766	22773	25 %	0 %	25 %	50 %	159046160
50	NC_009955	GGTC	2	8	22884	22891	0 %	25 %	50 %	25 %	159046160
51	NC_009955	CCCG	2	8	23184	23191	0 %	0 %	25 %	75 %	159046161
52	NC_009955	GCAC	2	8	25555	25562	25 %	0 %	25 %	50 %	159046165
53	NC_009955	CGGA	2	8	25706	25713	25 %	0 %	50 %	25 %	159046165
54	NC_009955	GACC	2	8	25801	25808	25 %	0 %	25 %	50 %	159046165
55	NC_009955	TCGC	2	8	27356	27363	0 %	25 %	25 %	50 %	159046168
56	NC_009955	CTCG	2	8	28785	28792	0 %	25 %	25 %	50 %	159046170
57	NC_009955	CTTC	2	8	29326	29333	0 %	50 %	0 %	50 %	159046170
58	NC_009955	CGAG	3	12	30105	30116	25 %	0 %	50 %	25 %	159046171
59	NC_009955	GAGG	2	8	30411	30418	25 %	0 %	75 %	0 %	159046171
60	NC_009955	CTGC	2	8	30727	30734	0 %	25 %	25 %	50 %	159046172
61	NC_009955	ACCC	2	8	32801	32808	25 %	0 %	0 %	75 %	159046173
62	NC_009955	GCAG	2	8	33080	33087	25 %	0 %	50 %	25 %	159046173
63	NC_009955	TGGA	2	8	33133	33140	25 %	25 %	50 %	0 %	159046173
64	NC_009955	GCAC	2	8	33652	33659	25 %	0 %	25 %	50 %	159046174
65	NC_009955	TGGC	2	8	34306	34313	0 %	25 %	50 %	25 %	159046174
66	NC_009955	TGGC	2	8	34399	34406	0 %	25 %	50 %	25 %	159046174
67	NC_009955	GACC	2	8	34574	34581	25 %	0 %	25 %	50 %	159046174
68	NC_009955	GACG	2	8	35149	35156	25 %	0 %	50 %	25 %	159046174
69	NC_009955	CTCC	2	8	35421	35428	0 %	25 %	0 %	75 %	159046174
70	NC_009955	CTGG	2	8	36222	36229	0 %	25 %	50 %	25 %	159046175
71	NC_009955	CCGG	2	8	37613	37620	0 %	0 %	50 %	50 %	159046176
72	NC_009955	CAAC	2	8	37693	37700	50 %	0 %	0 %	50 %	159046176
73	NC_009955	ACTG	2	8	38357	38364	25 %	25 %	25 %	25 %	159046178
74	NC_009955	TCCT	2	8	39029	39036	0 %	50 %	0 %	50 %	159046179
75	NC_009955	GCTG	2	8	39100	39107	0 %	25 %	50 %	25 %	159046179
76	NC_009955	GCCA	2	8	39414	39421	25 %	0 %	25 %	50 %	159046180
77	NC_009955	CGCT	2	8	39617	39624	0 %	25 %	25 %	50 %	159046180
78	NC_009955	GCCC	2	8	39853	39860	0 %	0 %	25 %	75 %	159046181
79	NC_009955	CCAC	2	8	40308	40315	25 %	0 %	0 %	75 %	159046182
80	NC_009955	GAAC	2	8	40485	40492	50 %	0 %	25 %	25 %	159046183
81	NC_009955	CCGC	2	8	40758	40765	0 %	0 %	25 %	75 %	159046183
82	NC_009955	GAAG	2	8	40815	40822	50 %	0 %	50 %	0 %	159046183
83	NC_009955	GCCA	2	8	41239	41246	25 %	0 %	25 %	50 %	159046183
84	NC_009955	CAGC	2	8	41460	41467	25 %	0 %	25 %	50 %	159046183
85	NC_009955	GGCG	2	8	41818	41825	0 %	0 %	75 %	25 %	159046183
86	NC_009955	CTGG	2	8	42351	42358	0 %	25 %	50 %	25 %	159046183
87	NC_009955	GATC	2	8	43206	43213	25 %	25 %	25 %	25 %	159046185
88	NC_009955	CGAT	2	8	43706	43713	25 %	25 %	25 %	25 %	159046185
89	NC_009955	CAGG	2	8	43794	43801	25 %	0 %	50 %	25 %	159046185
90	NC_009955	GACC	2	8	45130	45137	25 %	0 %	25 %	50 %	159046187
91	NC_009955	CGGA	2	8	45195	45202	25 %	0 %	50 %	25 %	159046187
92	NC_009955	AACC	2	8	45319	45326	50 %	0 %	0 %	50 %	159046187
93	NC_009955	CCCG	2	8	46184	46191	0 %	0 %	25 %	75 %	159046188
94	NC_009955	CGAC	2	8	47478	47485	25 %	0 %	25 %	50 %	159046189
95	NC_009955	CTCG	2	8	47612	47619	0 %	25 %	25 %	50 %	159046190
96	NC_009955	CGCC	2	8	47869	47876	0 %	0 %	25 %	75 %	159046190
97	NC_009955	AGGC	2	8	48766	48773	25 %	0 %	50 %	25 %	159046191
98	NC_009955	ATGG	2	8	49351	49358	25 %	25 %	50 %	0 %	159046193
99	NC_009955	TCGG	2	8	49489	49496	0 %	25 %	50 %	25 %	159046193
100	NC_009955	TCGC	2	8	50033	50040	0 %	25 %	25 %	50 %	159046193
101	NC_009955	CAGC	2	8	50052	50059	25 %	0 %	25 %	50 %	159046193
102	NC_009955	CCTT	2	8	51494	51501	0 %	50 %	0 %	50 %	159046194
103	NC_009955	TCGA	2	8	52718	52725	25 %	25 %	25 %	25 %	159046195
104	NC_009955	CGCA	2	8	52750	52757	25 %	0 %	25 %	50 %	159046195
105	NC_009955	CAAC	2	8	53731	53738	50 %	0 %	0 %	50 %	159046196
106	NC_009955	AGCG	2	8	53916	53923	25 %	0 %	50 %	25 %	159046196
107	NC_009955	GAAA	2	8	54381	54388	75 %	0 %	25 %	0 %	159046196
108	NC_009955	ATCG	2	8	54646	54653	25 %	25 %	25 %	25 %	159046196
109	NC_009955	AAGG	2	8	54749	54756	50 %	0 %	50 %	0 %	159046196
110	NC_009955	GCAG	2	8	54943	54950	25 %	0 %	50 %	25 %	159046196
111	NC_009955	ACGA	2	8	55098	55105	50 %	0 %	25 %	25 %	159046196
112	NC_009955	GCGG	2	8	56717	56724	0 %	0 %	75 %	25 %	159046197
113	NC_009955	TGCG	2	8	56766	56773	0 %	25 %	50 %	25 %	159046197
114	NC_009955	CCCG	2	8	57674	57681	0 %	0 %	25 %	75 %	159046198
115	NC_009955	TGAT	2	8	57824	57831	25 %	50 %	25 %	0 %	159046198
116	NC_009955	TCGC	2	8	58555	58562	0 %	25 %	25 %	50 %	159046198
117	NC_009955	GCTG	2	8	58563	58570	0 %	25 %	50 %	25 %	159046198
118	NC_009955	AGAA	2	8	59159	59166	75 %	0 %	25 %	0 %	159046198
119	NC_009955	GAAC	2	8	59974	59981	50 %	0 %	25 %	25 %	159046199
120	NC_009955	TGGT	2	8	61034	61041	0 %	50 %	50 %	0 %	159046200
121	NC_009955	GCCC	2	8	61305	61312	0 %	0 %	25 %	75 %	159046201
122	NC_009955	CACG	2	8	61515	61522	25 %	0 %	25 %	50 %	159046201
123	NC_009955	GGTC	2	8	62410	62417	0 %	25 %	50 %	25 %	159046202
124	NC_009955	CGAG	3	12	63712	63723	25 %	0 %	50 %	25 %	159046203
125	NC_009955	GAGG	2	8	64018	64025	25 %	0 %	75 %	0 %	159046203
126	NC_009955	CTGC	2	8	64334	64341	0 %	25 %	25 %	50 %	159046204
127	NC_009955	AGAA	2	8	66198	66205	75 %	0 %	25 %	0 %	159046205
128	NC_009955	GCAA	2	8	66684	66691	50 %	0 %	25 %	25 %	159046205
129	NC_009955	TTGA	2	8	67339	67346	25 %	50 %	25 %	0 %	159046206
130	NC_009955	TTTC	2	8	68341	68348	0 %	75 %	0 %	25 %	159046208
131	NC_009955	TCCT	2	8	69104	69111	0 %	50 %	0 %	50 %	159046210
132	NC_009955	GCGA	2	8	69522	69529	25 %	0 %	50 %	25 %	159046210
133	NC_009955	ACCA	2	8	70095	70102	50 %	0 %	0 %	50 %	159046211
134	NC_009955	GTAT	2	8	70310	70317	25 %	50 %	25 %	0 %	159046211
135	NC_009955	CTGC	2	8	70561	70568	0 %	25 %	25 %	50 %	159046211
136	NC_009955	CATC	2	8	70943	70950	25 %	25 %	0 %	50 %	159046212
137	NC_009955	CCAG	2	8	71300	71307	25 %	0 %	25 %	50 %	159046212
138	NC_009955	ACAA	2	8	71689	71696	75 %	0 %	0 %	25 %	159046212
139	NC_009955	TCCA	2	8	72689	72696	25 %	25 %	0 %	50 %	159046214
140	NC_009955	GCAG	2	8	72747	72754	25 %	0 %	50 %	25 %	159046214
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.