MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Desulfohalobium retbaense DSM 5692 plasmid pDRET01

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013224	TCAA	2	8	44	51	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_013224	CGGT	2	8	304	311	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_013224	CGGT	2	8	527	534	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013224	AAGG	2	8	696	703	50 %	0 %	50 %	0 %	258406619
5	NC_013224	GATT	2	8	1283	1290	25 %	50 %	25 %	0 %	258406620
6	NC_013224	AAAG	2	8	2477	2484	75 %	0 %	25 %	0 %	258406623
7	NC_013224	CTGC	2	8	2637	2644	0 %	25 %	25 %	50 %	258406623
8	NC_013224	CAGG	2	8	2775	2782	25 %	0 %	50 %	25 %	258406623
9	NC_013224	TCAT	2	8	3847	3854	25 %	50 %	0 %	25 %	258406625
10	NC_013224	CAAA	2	8	3861	3868	75 %	0 %	0 %	25 %	258406625
11	NC_013224	CAAA	2	8	4054	4061	75 %	0 %	0 %	25 %	258406625
12	NC_013224	TTAT	2	8	4393	4400	25 %	75 %	0 %	0 %	258406625
13	NC_013224	AGAT	2	8	4540	4547	50 %	25 %	25 %	0 %	258406625
14	NC_013224	ATCT	3	12	4553	4564	25 %	50 %	0 %	25 %	258406625
15	NC_013224	CTTT	2	8	4663	4670	0 %	75 %	0 %	25 %	258406625
16	NC_013224	TGAC	2	8	4810	4817	25 %	25 %	25 %	25 %	258406625
17	NC_013224	TATT	2	8	5102	5109	25 %	75 %	0 %	0 %	258406625
18	NC_013224	ACCT	2	8	5629	5636	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013224	CCTT	2	8	5691	5698	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_013224	AGGG	2	8	6794	6801	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013224	TCAA	2	8	7003	7010	50 %	25 %	0 %	25 %	258406627
22	NC_013224	GGCC	2	8	7049	7056	0 %	0 %	50 %	50 %	258406627
23	NC_013224	CGGT	2	8	7263	7270	0 %	25 %	50 %	25 %	258406627
24	NC_013224	ATTT	2	8	8446	8453	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013224	TGAA	2	8	8472	8479	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013224	TAAA	2	8	8503	8510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013224	AATA	2	8	8607	8614	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013224	GTGG	2	8	8659	8666	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013224	TTAT	2	8	9131	9138	25 %	75 %	0 %	0 %	258406629
30	NC_013224	AAAG	2	8	9270	9277	75 %	0 %	25 %	0 %	258406629
31	NC_013224	GTCA	2	8	9392	9399	25 %	25 %	25 %	25 %	258406629
32	NC_013224	GATA	2	8	9707	9714	50 %	25 %	25 %	0 %	258406630
33	NC_013224	AGAA	2	8	9898	9905	75 %	0 %	25 %	0 %	258406630
34	NC_013224	TTAT	2	8	12568	12575	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013224	AAGC	2	8	13508	13515	50 %	0 %	25 %	25 %	258406637
36	NC_013224	TGGG	2	8	13826	13833	0 %	25 %	75 %	0 %	258406637
37	NC_013224	TGCA	2	8	13882	13889	25 %	25 %	25 %	25 %	258406637
38	NC_013224	GGCA	2	8	14226	14233	25 %	0 %	50 %	25 %	258406637
39	NC_013224	CCAT	2	8	14597	14604	25 %	25 %	0 %	50 %	258406638
40	NC_013224	CTTG	2	8	14742	14749	0 %	50 %	25 %	25 %	258406638
41	NC_013224	CAAC	2	8	15510	15517	50 %	0 %	0 %	50 %	258406639
42	NC_013224	CAAG	2	8	15550	15557	50 %	0 %	25 %	25 %	258406639
43	NC_013224	GCTG	2	8	15558	15565	0 %	25 %	50 %	25 %	258406639
44	NC_013224	ATTG	2	8	16038	16045	25 %	50 %	25 %	0 %	258406639
45	NC_013224	GGAA	2	8	16563	16570	50 %	0 %	50 %	0 %	258406639
46	NC_013224	TTGG	2	8	17441	17448	0 %	50 %	50 %	0 %	258406640
47	NC_013224	CCAA	2	8	17684	17691	50 %	0 %	0 %	50 %	258406640
48	NC_013224	TCTG	2	8	18213	18220	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_013224	CTGG	2	8	18799	18806	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_013224	GACT	2	8	19338	19345	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_013224	TCGA	2	8	19435	19442	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_013224	AATA	2	8	19455	19462	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013224	CGAG	2	8	19521	19528	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013224	CGAG	2	8	20161	20168	25 %	0 %	50 %	25 %	258406642
55	NC_013224	GCTG	2	8	20231	20238	0 %	25 %	50 %	25 %	258406642
56	NC_013224	TCCT	2	8	20359	20366	0 %	50 %	0 %	50 %	258406643
57	NC_013224	CAAC	2	8	20636	20643	50 %	0 %	0 %	50 %	258406643
58	NC_013224	CATT	2	8	20722	20729	25 %	50 %	0 %	25 %	258406643
59	NC_013224	CATT	2	8	20835	20842	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_013224	CCTG	2	8	21139	21146	0 %	25 %	25 %	50 %	258406644
61	NC_013224	CAAT	2	8	22177	22184	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_013224	TAAA	2	8	22755	22762	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013224	AAAT	2	8	22763	22770	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013224	ACTA	2	8	22792	22799	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_013224	AATG	2	8	23044	23051	50 %	25 %	25 %	0 %	258406645
66	NC_013224	ATCA	2	8	23361	23368	50 %	25 %	0 %	25 %	258406646
67	NC_013224	AATA	2	8	23441	23448	75 %	25 %	0 %	0 %	258406646
68	NC_013224	ATAA	2	8	23595	23602	75 %	25 %	0 %	0 %	258406646
69	NC_013224	TAAT	2	8	23841	23848	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013224	TAAT	2	8	24255	24262	50 %	50 %	0 %	0 %	258406647
71	NC_013224	AAAT	2	8	24334	24341	75 %	25 %	0 %	0 %	258406647
72	NC_013224	TATT	2	8	24484	24491	25 %	75 %	0 %	0 %	258406647
73	NC_013224	AGAA	2	8	24574	24581	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013224	TGAA	2	8	24706	24713	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013224	TTTC	2	8	24926	24933	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013224	AAGA	2	8	25360	25367	75 %	0 %	25 %	0 %	258406648
77	NC_013224	TTTG	2	8	27108	27115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013224	GGAG	2	8	27710	27717	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013224	AGAA	2	8	27939	27946	75 %	0 %	25 %	0 %	258406649
80	NC_013224	TCAG	2	8	28354	28361	25 %	25 %	25 %	25 %	258406650
81	NC_013224	TAAA	2	8	29258	29265	75 %	25 %	0 %	0 %	258406650
82	NC_013224	AAAT	2	8	29354	29361	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013224	ATTG	2	8	29623	29630	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013224	AAGC	2	8	30218	30225	50 %	0 %	25 %	25 %	258406651
85	NC_013224	TAAA	2	8	30890	30897	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013224	AATA	2	8	32024	32031	75 %	25 %	0 %	0 %	258406652
87	NC_013224	AAAT	2	8	32586	32593	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013224	CTAG	2	8	32606	32613	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013224	GTGA	2	8	32932	32939	25 %	25 %	50 %	0 %	258406653
90	NC_013224	CAAG	2	8	33874	33881	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013224	TCGG	2	8	34246	34253	0 %	25 %	50 %	25 %	258406654
92	NC_013224	TTGA	2	8	34993	35000	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013224	AAAT	2	8	35574	35581	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013224	TAAA	2	8	35622	35629	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013224	TTCT	2	8	35647	35654	0 %	75 %	0 %	25 %	258406656
96	NC_013224	CAAA	2	8	35724	35731	75 %	0 %	0 %	25 %	258406656
97	NC_013224	ATCT	2	8	35969	35976	25 %	50 %	0 %	25 %	258406657
98	NC_013224	TGGA	2	8	36157	36164	25 %	25 %	50 %	0 %	258406657
99	NC_013224	CTGT	2	8	36183	36190	0 %	50 %	25 %	25 %	258406657
100	NC_013224	GCAA	2	8	36361	36368	50 %	0 %	25 %	25 %	258406657
101	NC_013224	CCTT	2	8	36652	36659	0 %	50 %	0 %	50 %	258406657
102	NC_013224	GCCG	2	8	36771	36778	0 %	0 %	50 %	50 %	258406657
103	NC_013224	GACG	2	8	36935	36942	25 %	0 %	50 %	25 %	258406657
104	NC_013224	TCCC	2	8	37347	37354	0 %	25 %	0 %	75 %	258406657
105	NC_013224	TGGA	2	8	38679	38686	25 %	25 %	50 %	0 %	258406657
106	NC_013224	CTGA	2	8	38874	38881	25 %	25 %	25 %	25 %	258406657
107	NC_013224	GGAT	2	8	39492	39499	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013224	ATTT	2	8	39634	39641	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013224	TTCA	2	8	40157	40164	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_013224	GTAG	2	8	40750	40757	25 %	25 %	50 %	0 %	258406659
111	NC_013224	GCAG	2	8	40837	40844	25 %	0 %	50 %	25 %	258406659
112	NC_013224	GAAA	2	8	41028	41035	75 %	0 %	25 %	0 %	258406659
113	NC_013224	ACAA	2	8	41150	41157	75 %	0 %	0 %	25 %	258406659
114	NC_013224	AAAG	2	8	41569	41576	75 %	0 %	25 %	0 %	258406659
115	NC_013224	ATCA	2	8	41864	41871	50 %	25 %	0 %	25 %	258406660
116	NC_013224	TAAA	2	8	42633	42640	75 %	25 %	0 %	0 %	258406661
117	NC_013224	ACTA	2	8	43373	43380	50 %	25 %	0 %	25 %	258406662
118	NC_013224	TTGG	2	8	44112	44119	0 %	50 %	50 %	0 %	258406663
119	NC_013224	TTAT	2	8	44139	44146	25 %	75 %	0 %	0 %	258406663
120	NC_013224	GTTT	2	8	44202	44209	0 %	75 %	25 %	0 %	258406663
121	NC_013224	CGGG	2	8	44340	44347	0 %	0 %	75 %	25 %	258406664
122	NC_013224	GAGG	2	8	44400	44407	25 %	0 %	75 %	0 %	258406664
123	NC_013224	AGTT	2	8	44508	44515	25 %	50 %	25 %	0 %	258406664

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.