MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Dinoroseobacter shibae DFL 12 plasmid pDSHI04

Total Repeats: 74

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009958	GCGGT	2	10	914	923	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
2	NC_009958	TGGAA	2	10	1085	1094	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009958	GGCAT	2	10	1426	1435	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_009958	CGCAG	2	10	2945	2954	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_009958	TATTT	2	10	3040	3049	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009958	TCCTG	2	10	5564	5573	0 %	40 %	20 %	40 %	159046607
7	NC_009958	CGGGT	2	10	6753	6762	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_009958	TCGGC	2	10	9878	9887	0 %	20 %	40 %	40 %	159046610
9	NC_009958	CGACC	2	10	11026	11035	20 %	0 %	20 %	60 %	159046611
10	NC_009958	AGGGC	2	10	11543	11552	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_009958	GCATC	2	10	11817	11826	20 %	20 %	20 %	40 %	159046612
12	NC_009958	GTCTG	2	10	12034	12043	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_009958	ATTCA	2	10	12092	12101	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_009958	GACCG	2	10	12896	12905	20 %	0 %	40 %	40 %	159046613
15	NC_009958	TGCGC	2	10	13842	13851	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
16	NC_009958	TCGGC	2	10	15125	15134	0 %	20 %	40 %	40 %	159046614
17	NC_009958	GCAGC	2	10	16221	16230	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_009958	GATCA	2	10	16465	16474	40 %	20 %	20 %	20 %	159046615
19	NC_009958	ATCGG	2	10	16523	16532	20 %	20 %	40 %	20 %	159046615
20	NC_009958	CGCAA	2	10	18552	18561	40 %	0 %	20 %	40 %	159046617
21	NC_009958	GTTCC	2	10	21693	21702	0 %	40 %	20 %	40 %	159046623
22	NC_009958	GCCCC	2	10	22799	22808	0 %	0 %	20 %	80 %	159046625
23	NC_009958	GATGC	2	10	23653	23662	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009958	GGCGC	2	10	24386	24395	0 %	0 %	60 %	40 %	159046626
25	NC_009958	TCCCC	2	10	28385	28394	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_009958	CCGTG	2	10	29020	29029	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_009958	GCAGG	2	10	29800	29809	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
28	NC_009958	GGTCG	2	10	37547	37556	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_009958	GCACG	2	10	38416	38425	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_009958	TTGGA	2	10	39164	39173	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009958	TCCTC	2	10	39491	39500	0 %	40 %	0 %	60 %	159046638
32	NC_009958	CAAGC	2	10	40985	40994	40 %	0 %	20 %	40 %	159046639
33	NC_009958	CGTCC	2	10	42621	42630	0 %	20 %	20 %	60 %	159046640
34	NC_009958	CTGCC	2	10	43409	43418	0 %	20 %	20 %	60 %	159046640
35	NC_009958	GTTGC	2	10	45324	45333	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_009958	TATAA	2	10	46394	46403	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009958	GGCAT	2	10	46528	46537	20 %	20 %	40 %	20 %	159046643
38	NC_009958	GAGTT	2	10	46722	46731	20 %	40 %	40 %	0 %	159046643
39	NC_009958	CCGCG	2	10	47157	47166	0 %	0 %	40 %	60 %	159046644
40	NC_009958	CGGGC	2	10	47247	47256	0 %	0 %	60 %	40 %	159046644
41	NC_009958	CAGCC	2	10	49990	49999	20 %	0 %	20 %	60 %	159046647
42	NC_009958	GGGGC	2	10	50397	50406	0 %	0 %	80 %	20 %	159046647
43	NC_009958	GCCCG	2	10	51404	51413	0 %	0 %	40 %	60 %	159046648
44	NC_009958	CCCGG	2	10	52017	52026	0 %	0 %	40 %	60 %	159046649
45	NC_009958	GGGTC	2	10	52349	52358	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_009958	CGGAT	2	10	52548	52557	20 %	20 %	40 %	20 %	159046650
47	NC_009958	CGGGC	2	10	52898	52907	0 %	0 %	60 %	40 %	159046650
48	NC_009958	GGGGT	2	10	53477	53486	0 %	20 %	80 %	0 %	159046650
49	NC_009958	GGATC	2	10	53905	53914	20 %	20 %	40 %	20 %	159046650
50	NC_009958	GCTGG	2	10	55401	55410	0 %	20 %	60 %	20 %	159046651
51	NC_009958	CGCAG	2	10	56726	56735	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_009958	CCGAT	2	10	60332	60341	20 %	20 %	20 %	40 %	159046653
53	NC_009958	CGCAG	2	10	65620	65629	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_009958	CGGCG	2	10	66478	66487	0 %	0 %	60 %	40 %	159046657
55	NC_009958	CGGGA	2	10	68504	68513	20 %	0 %	60 %	20 %	159046659
56	NC_009958	CCCAG	2	10	69861	69870	20 %	0 %	20 %	60 %	159046660
57	NC_009958	GGTAC	2	10	70432	70441	20 %	20 %	40 %	20 %	159046660
58	NC_009958	TGGGG	2	10	70666	70675	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009958	CGCGC	2	10	71931	71940	0 %	0 %	40 %	60 %	159046662
60	NC_009958	GCCGA	2	10	73986	73995	20 %	0 %	40 %	40 %	159046664
61	NC_009958	TCATG	2	10	74342	74351	20 %	40 %	20 %	20 %	159046664
62	NC_009958	GGCGC	2	10	74415	74424	0 %	0 %	60 %	40 %	159046664
63	NC_009958	CCGCA	2	10	77074	77083	20 %	0 %	20 %	60 %	159046667
64	NC_009958	GTCGT	2	10	78389	78398	0 %	40 %	40 %	20 %	159046669
65	NC_009958	GCGCC	2	10	78471	78480	0 %	0 %	40 %	60 %	159046669
66	NC_009958	CCGGT	2	10	78762	78771	0 %	20 %	40 %	40 %	159046669
67	NC_009958	TCCCC	2	10	81600	81609	0 %	20 %	0 %	80 %	159046671
68	NC_009958	GCGCC	2	10	81883	81892	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_009958	CTGGA	2	10	82867	82876	20 %	20 %	40 %	20 %	159046673
70	NC_009958	GGCTC	2	10	83433	83442	0 %	20 %	40 %	40 %	159046673
71	NC_009958	TGCGG	2	10	84256	84265	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_009958	TCCGG	2	10	84276	84285	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_009958	TTCCC	2	10	84867	84876	0 %	40 %	0 %	60 %	159046675
74	NC_009958	CAGAT	2	10	85515	85524	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.