MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Candidatus Caldiarchaeum subterraneum DNA

Total Repeats: 348

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022786	ATCA	2	8	10683	10690	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_022786	GATT	2	8	10820	10827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022786	AATA	2	8	16925	16932	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022786	ATTG	2	8	18181	18188	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022786	GGCA	2	8	18254	18261	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_022786	GTCT	2	8	19507	19514	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_022786	TGGG	2	8	20318	20325	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022786	CTCC	2	8	20372	20379	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
9	NC_022786	CGCC	2	8	20516	20523	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
10	NC_022786	GGAT	2	8	20589	20596	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022786	GCTA	2	8	20753	20760	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
12	NC_022786	ACCG	2	8	27387	27394	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_022786	ATAA	2	8	28615	28622	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022786	TTAT	2	8	30341	30348	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022786	GATA	2	8	30740	30747	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022786	TTGT	2	8	30962	30969	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022786	TCTA	2	8	31073	31080	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_022786	AGGT	2	8	31304	31311	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022786	AGTT	2	8	31790	31797	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022786	GAAT	2	8	33875	33882	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022786	CCGT	2	8	34044	34051	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_022786	TATC	2	8	34477	34484	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022786	TTCG	2	8	34787	34794	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_022786	CAAC	2	8	35129	35136	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_022786	ATGG	2	8	39262	39269	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022786	GTCG	2	8	42333	42340	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022786	AAAT	2	8	50867	50874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022786	TCTA	2	8	51044	51051	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_022786	GATG	2	8	51146	51153	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022786	TTCT	2	8	51170	51177	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_022786	AAAT	2	8	54750	54757	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022786	TTTG	2	8	54958	54965	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022786	TCTA	2	8	56462	56469	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_022786	CATA	2	8	59509	59516	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_022786	TACA	2	8	60182	60189	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_022786	GGAA	2	8	60225	60232	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022786	TAGT	2	8	60363	60370	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022786	TCTA	2	8	66402	66409	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022786	TGGG	2	8	83310	83317	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022786	AAGG	2	8	91260	91267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022786	ATGT	2	8	93741	93748	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022786	CAAT	2	8	103729	103736	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_022786	TGGT	2	8	103932	103939	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022786	TCAG	2	8	104048	104055	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_022786	TGGT	2	8	104210	104217	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022786	CTTT	2	8	104699	104706	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_022786	GCTT	2	8	104735	104742	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022786	GTAG	2	8	105090	105097	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022786	ATGC	2	8	105238	105245	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_022786	TGAC	2	8	105358	105365	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_022786	GCCA	2	8	105648	105655	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_022786	TAAA	2	8	106230	106237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022786	TGAG	2	8	109586	109593	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022786	TCTT	2	8	119931	119938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022786	ATGC	2	8	130238	130245	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_022786	GGCT	2	8	130409	130416	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
57	NC_022786	AGCC	2	8	130421	130428	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
58	NC_022786	TGGC	2	8	130524	130531	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022786	TGTA	2	8	138326	138333	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022786	ATAG	2	8	139301	139308	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022786	TTTG	2	8	143655	143662	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022786	GATA	2	8	144052	144059	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022786	GTGG	2	8	144159	144166	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022786	GCTC	2	8	146316	146323	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022786	GGAT	2	8	147727	147734	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022786	TGCC	2	8	152705	152712	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022786	GATG	2	8	152815	152822	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022786	GTTT	2	8	152839	152846	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022786	CCAA	2	8	152925	152932	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_022786	GGGC	2	8	166290	166297	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022786	AGCG	2	8	176214	176221	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_022786	CTTC	2	8	176308	176315	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022786	CCAT	2	8	176617	176624	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_022786	AGTA	2	8	189227	189234	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022786	CCAT	2	8	198158	198165	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_022786	GGTC	2	8	198209	198216	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022786	TTAG	2	8	200979	200986	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022786	AAAC	2	8	201241	201248	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022786	CGCT	2	8	201272	201279	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
80	NC_022786	TTTA	2	8	202652	202659	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022786	CTTC	2	8	202733	202740	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_022786	ACAG	2	8	203111	203118	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022786	GCAT	2	8	218910	218917	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022786	TGGT	2	8	218968	218975	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022786	CTAT	2	8	222355	222362	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_022786	ATAA	2	8	226274	226281	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022786	TACA	2	8	226300	226307	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_022786	GCAT	2	8	230519	230526	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022786	GATA	2	8	262951	262958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022786	ATCT	2	8	279296	279303	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_022786	ACAA	2	8	281929	281936	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_022786	GAGC	2	8	291072	291079	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_022786	GTTT	2	8	291105	291112	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022786	AACA	2	8	294229	294236	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_022786	TCCT	2	8	295662	295669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_022786	TATG	2	8	300430	300437	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022786	CATA	2	8	303245	303252	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022786	GAAA	2	8	304621	304628	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022786	ACAG	2	8	306493	306500	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022786	TGTT	2	8	306541	306548	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022786	AAAC	2	8	316513	316520	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_022786	CAAA	2	8	333345	333352	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022786	AGCC	2	8	347823	347830	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_022786	TTAA	2	8	361499	361506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022786	GAAA	2	8	383450	383457	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022786	TTTG	2	8	386152	386159	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022786	GCTT	2	8	388160	388167	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022786	GTCT	2	8	392273	392280	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022786	TTGT	2	8	393315	393322	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022786	GGCA	2	8	395714	395721	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_022786	CGCC	2	8	395857	395864	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
112	NC_022786	TGGA	2	8	396837	396844	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022786	AATA	2	8	396925	396932	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022786	TGGG	2	8	398025	398032	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022786	ATAC	2	8	406651	406658	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022786	ATGC	2	8	417043	417050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022786	AAGA	2	8	424417	424424	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022786	ATTA	2	8	434250	434257	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022786	TGCC	2	8	468957	468964	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_022786	ATCC	2	8	469267	469274	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_022786	TTAA	2	8	474978	474985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022786	TAAA	2	8	486704	486711	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022786	TAAT	2	8	486776	486783	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022786	ATAC	2	8	503014	503021	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_022786	TGGC	2	8	503602	503609	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022786	ATGG	2	8	504965	504972	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022786	CAAA	2	8	506443	506450	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022786	TGGT	2	8	506962	506969	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022786	GTGG	2	8	511219	511226	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022786	CATC	2	8	516194	516201	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_022786	CCGA	2	8	516224	516231	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
132	NC_022786	GCCC	2	8	516821	516828	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
133	NC_022786	GGTG	2	8	520147	520154	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022786	ACAA	2	8	528025	528032	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022786	ACAA	2	8	528159	528166	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022786	CAAA	3	12	528501	528512	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_022786	TGGC	2	8	528695	528702	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022786	TGCA	2	8	530126	530133	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022786	CCAG	2	8	533472	533479	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
140	NC_022786	GCCA	3	12	534392	534403	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
141	NC_022786	CTGT	2	8	552374	552381	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022786	GAAG	2	8	552455	552462	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022786	AATG	2	8	552519	552526	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022786	ATGG	2	8	552679	552686	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022786	ATTT	2	8	553724	553731	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022786	GCTT	2	8	558111	558118	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_022786	CTTC	2	8	565408	565415	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_022786	CAGG	2	8	566041	566048	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_022786	TCCA	2	8	566071	566078	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_022786	TTGC	2	8	574350	574357	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022786	TGAG	2	8	577938	577945	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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333	NC_022786	TTTA	2	8	1520853	1520860	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
334	NC_022786	CCGA	2	8	1533385	1533392	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
335	NC_022786	GTTG	2	8	1545123	1545130	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
336	NC_022786	CTAT	2	8	1552844	1552851	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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341	NC_022786	ATGA	2	8	1645146	1645153	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
342	NC_022786	TTTA	2	8	1652896	1652903	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
343	NC_022786	CAGG	2	8	1662136	1662143	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
344	NC_022786	TCCT	2	8	1662500	1662507	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
345	NC_022786	GCAC	2	8	1662613	1662620	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
346	NC_022786	AGCC	2	8	1666166	1666173	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
347	NC_022786	GAGC	2	8	1666695	1666702	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.