MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia pecorum PV3056/3

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022439	AATTC	2	10	38208	38217	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_022439	CTTGA	2	10	56468	56477	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_022439	CTTTT	2	10	58160	58169	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022439	ATTTT	2	10	104401	104410	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022439	CTTTT	2	10	104597	104606	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022439	GCTTC	2	10	124359	124368	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_022439	TAGGT	2	10	126090	126099	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022439	CTTTT	2	10	129023	129032	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022439	ACGAG	2	10	137248	137257	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_022439	TTTTC	2	10	142236	142245	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022439	TCTTT	2	10	153798	153807	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022439	AAAAT	2	10	172448	172457	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022439	TTTAT	2	10	188890	188899	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022439	TTTAG	2	10	191675	191684	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022439	CCTAA	2	10	197233	197242	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022439	TAAAA	2	10	197294	197303	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022439	CCCTT	2	10	204533	204542	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_022439	TTTTG	2	10	204598	204607	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022439	GCTTA	2	10	228433	228442	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022439	TAAGA	2	10	244936	244945	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022439	TGAGA	2	10	254755	254764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022439	TTCAA	2	10	279394	279403	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022439	TTTGT	2	10	281186	281195	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022439	CCCTT	2	10	329020	329029	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
25	NC_022439	TAAGC	2	10	332024	332033	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022439	TAGCA	2	10	334244	334253	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022439	ATCTG	2	10	338895	338904	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022439	GGGAA	2	10	344864	344873	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022439	TCTTT	2	10	352697	352706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022439	TGTTT	2	10	354555	354564	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022439	TTTTG	2	10	357421	357430	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022439	TAACA	2	10	376645	376654	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022439	AAGCA	2	10	386655	386664	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022439	AATTA	2	10	391643	391652	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022439	TTAGA	2	10	413863	413872	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022439	CTCTA	2	10	415758	415767	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_022439	ATTTA	2	10	417777	417786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022439	TTTTG	2	10	417858	417867	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022439	CTTCT	2	10	419218	419227	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_022439	AAATA	2	10	419546	419555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022439	TAAAA	2	10	438042	438051	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022439	TAAAA	2	10	453424	453433	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022439	ATAAA	2	10	464567	464576	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022439	GTTAT	2	10	505640	505649	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022439	AAGAA	2	10	518885	518894	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022439	TGATT	2	10	528789	528798	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022439	ATTTT	2	10	531262	531271	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022439	ATAAA	2	10	535036	535045	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022439	TAATT	2	10	539223	539232	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022439	TATTT	2	10	554939	554948	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022439	TAGAA	2	10	556083	556092	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022439	TGAAA	2	10	556227	556236	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022439	AGGTT	2	10	558859	558868	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022439	AAAAT	2	10	561538	561547	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022439	TTTAT	2	10	570636	570645	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022439	ACCAA	2	10	575849	575858	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_022439	TGTTT	2	10	578869	578878	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022439	AGTTT	2	10	579621	579630	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022439	CTTAG	2	10	580783	580792	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_022439	GGGGA	2	10	595911	595920	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022439	AAAAT	2	10	598441	598450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022439	AGGGG	2	10	600553	600562	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022439	TCTAA	2	10	602310	602319	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_022439	CCAGT	2	10	612848	612857	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_022439	AATAC	2	10	613379	613388	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_022439	GAAAA	2	10	613939	613948	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022439	TAAAA	2	10	627056	627065	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022439	ATACA	2	10	629748	629757	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_022439	TTTTA	2	10	633299	633308	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022439	CTCTA	2	10	661767	661776	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_022439	AAAGA	2	10	672724	672733	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022439	CCTAT	2	10	679110	679119	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
73	NC_022439	CCCAA	2	10	688745	688754	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
74	NC_022439	TCTTT	2	10	693697	693706	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_022439	ATTAC	2	10	693767	693776	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022439	AACTA	2	10	708717	708726	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022439	TATAA	2	10	717572	717581	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022439	CCCCT	2	10	749631	749640	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
79	NC_022439	ACTAA	2	10	800274	800283	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022439	ATTTT	2	10	803392	803401	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022439	AACTT	2	10	819400	819409	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022439	TAAAA	2	10	823155	823164	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022439	TAAAA	2	10	826237	826246	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022439	TTTTA	2	10	826398	826407	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022439	TAAAA	2	10	828830	828839	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022439	ATTTT	2	10	837145	837154	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022439	AAGAA	2	10	837263	837272	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022439	TCTAA	2	10	839644	839653	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_022439	AAAAG	2	10	839695	839704	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022439	TAATT	2	10	868789	868798	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022439	TACTA	2	10	874285	874294	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_022439	TACCT	2	10	875459	875468	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_022439	GTTAG	2	10	875959	875968	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022439	AGTAG	2	10	885401	885410	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022439	AAGTT	2	10	893652	893661	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022439	GAAAA	2	10	921331	921340	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022439	AATTT	2	10	925063	925072	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022439	CTACA	2	10	953386	953395	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_022439	TAACT	2	10	959960	959969	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_022439	CCTTT	2	10	960092	960101	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_022439	TCAGT	2	10	960405	960414	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_022439	ACATA	2	10	960699	960708	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_022439	CTTTC	2	10	961779	961788	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_022439	GTTCT	2	10	981233	981242	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_022439	GCTTA	2	10	1002500	1002509	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_022439	TATAA	2	10	1021035	1021044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022439	TAAAA	2	10	1028827	1028836	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022439	ATAAA	2	10	1028889	1028898	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022439	CCTTA	2	10	1058337	1058346	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_022439	TTTTA	2	10	1086731	1086740	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.