MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	TATTT	2	10	7030	7039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022120	GAAGA	2	10	48000	48009	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022120	CTATT	2	10	49579	49588	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022120	AATTT	2	10	54045	54054	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022120	AAAAG	2	10	69042	69051	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022120	CTTGC	2	10	71985	71994	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_022120	AAAAG	2	10	76734	76743	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022120	ATCAA	2	10	78432	78441	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_022120	TTTGT	2	10	85169	85178	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022120	AATAA	2	10	88168	88177	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022120	CTTTT	2	10	94240	94249	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_022120	ACAAA	2	10	97785	97794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_022120	GCTCT	2	10	114057	114066	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_022120	TTGCA	2	10	137034	137043	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022120	AAAAG	2	10	141506	141515	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022120	TTCTA	2	10	157289	157298	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022120	CAAAA	2	10	161747	161756	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_022120	CGATA	2	10	187836	187845	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_022120	CTAAG	2	10	202978	202987	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022120	ATTTC	2	10	221503	221512	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022120	CAATA	2	10	224626	224635	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022120	AATCT	2	10	240767	240776	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_022120	TACAA	2	10	248336	248345	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_022120	TTTCA	2	10	264446	264455	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022120	TGTTT	2	10	302147	302156	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022120	GCAAC	2	10	334159	334168	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_022120	CTTGT	2	10	334219	334228	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022120	CCTTT	2	10	334675	334684	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
29	NC_022120	AAGGC	2	10	362430	362439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_022120	GCTTC	2	10	364540	364549	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022120	AGTAG	2	10	364617	364626	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022120	AGGGA	2	10	366979	366988	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022120	TCTCT	2	10	368195	368204	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_022120	AACAA	2	10	368578	368587	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_022120	AAAAC	2	10	368900	368909	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022120	AAGCG	2	10	404416	404425	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022120	TATCT	2	10	409944	409953	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022120	GTATA	2	10	416664	416673	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022120	AGCAA	2	10	416700	416709	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_022120	AAAAT	2	10	418549	418558	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022120	CTCTT	2	10	428613	428622	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_022120	TAAAA	2	10	431156	431165	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022120	AGAAA	2	10	436830	436839	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022120	CTCTT	2	10	436869	436878	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022120	GAAGA	2	10	436879	436888	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022120	AAATT	2	10	437158	437167	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022120	AATTT	2	10	437179	437188	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022120	ATAGA	2	10	450454	450463	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022120	TAAAA	2	10	465391	465400	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022120	CAAAA	2	10	485791	485800	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022120	AATCT	2	10	503129	503138	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022120	TAAAA	2	10	514754	514763	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022120	ATGAA	2	10	516762	516771	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022120	TTGGA	2	10	524203	524212	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022120	AAAAG	2	10	558257	558266	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022120	GAAAA	2	10	565440	565449	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022120	ATTTT	2	10	566878	566887	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022120	ATACT	2	10	572949	572958	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_022120	AAAGG	2	10	581904	581913	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022120	CTTCT	2	10	623341	623350	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_022120	TTTCC	2	10	629521	629530	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_022120	TAAAA	2	10	685996	686005	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022120	TTTAT	2	10	697945	697954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022120	TCATG	2	10	698140	698149	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022120	GAAAA	2	10	707607	707616	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022120	GCGTA	2	10	721948	721957	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022120	GAAGA	2	10	737557	737566	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022120	AGGGG	2	10	760594	760603	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022120	ATTTT	2	10	779337	779346	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022120	AAAAG	2	10	781170	781179	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022120	GAAAA	2	10	781296	781305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022120	AAAAC	2	10	796947	796956	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_022120	TTTCT	2	10	805168	805177	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022120	AGAAA	2	10	813700	813709	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022120	TGGCA	2	10	835457	835466	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022120	CTCAC	2	10	849697	849706	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_022120	CTTTT	2	10	859789	859798	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_022120	AGAAA	2	10	864141	864150	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022120	CTTTT	2	10	881835	881844	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_022120	ATGGA	2	10	899563	899572	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022120	CTTTT	2	10	906343	906352	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_022120	AGAGC	2	10	909373	909382	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022120	TAAAA	2	10	985146	985155	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022120	TATTT	2	10	1008743	1008752	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022120	TAGAA	2	10	1020170	1020179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022120	TTAGA	2	10	1024809	1024818	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022120	AAAAG	2	10	1039173	1039182	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022120	TTTTA	2	10	1042492	1042501	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.