MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain Ia20-97 genome

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022120	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022120	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022120	AAGG	2	8	1305	1312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022120	GGAG	2	8	6302	6309	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022120	TATG	2	8	6951	6958	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022120	TATT	2	8	9306	9313	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022120	AGAA	2	8	11198	11205	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022120	AAGG	2	8	13433	13440	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022120	CAAA	2	8	16067	16074	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022120	CGCT	2	8	21262	21269	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022120	TTAA	2	8	21283	21290	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022120	GTTA	2	8	21320	21327	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022120	GATC	2	8	21375	21382	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_022120	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022120	TGTT	2	8	43806	43813	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022120	AATA	2	8	44044	44051	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022120	AAGT	2	8	47966	47973	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022120	TATT	2	8	52169	52176	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022120	GTTT	2	8	54029	54036	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022120	TGTT	2	8	54037	54044	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022120	TAAT	2	8	54082	54089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022120	ACAA	2	8	67430	67437	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022120	AAGG	2	8	67528	67535	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022120	GATA	2	8	72009	72016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022120	TCTA	2	8	76667	76674	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_022120	GTTT	2	8	79442	79449	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022120	ATTC	2	8	79645	79652	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_022120	GGTT	2	8	79795	79802	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022120	GTTT	2	8	88101	88108	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022120	TTTA	2	8	88124	88131	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022120	GTTT	2	8	88136	88143	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022120	GTTT	2	8	88187	88194	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022120	AACA	2	8	88200	88207	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_022120	GAAT	2	8	90454	90461	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022120	AAGT	2	8	90486	90493	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022120	AAAT	2	8	93732	93739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022120	CATT	2	8	94379	94386	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_022120	TATT	2	8	97762	97769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022120	ATTG	2	8	117984	117991	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022120	CTGG	2	8	120447	120454	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_022120	TGGA	2	8	123816	123823	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022120	GCAA	2	8	123851	123858	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_022120	ATCG	2	8	124116	124123	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_022120	CTTC	2	8	124533	124540	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
45	NC_022120	ATAA	2	8	124736	124743	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022120	GTTT	2	8	134946	134953	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022120	ATCT	2	8	151664	151671	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_022120	GCTG	2	8	151703	151710	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022120	TGTT	2	8	157276	157283	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022120	AAAG	2	8	158119	158126	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022120	TTTA	2	8	158128	158135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022120	TAAT	2	8	158245	158252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022120	TAAT	2	8	159081	159088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022120	GCTT	2	8	161717	161724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022120	CTTC	2	8	165787	165794	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022120	TTAG	2	8	170195	170202	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022120	AAAC	2	8	171942	171949	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022120	GTAT	2	8	173124	173131	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022120	TTCA	2	8	173291	173298	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022120	GGAA	2	8	178312	178319	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022120	TTCC	2	8	181142	181149	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_022120	AAAC	2	8	181245	181252	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022120	AAAG	2	8	182520	182527	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022120	AAGA	2	8	182538	182545	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022120	AAAG	2	8	182718	182725	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022120	AAAC	2	8	187918	187925	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_022120	GGAC	2	8	188277	188284	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022120	ATGC	2	8	193112	193119	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_022120	ATTT	2	8	196694	196701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022120	AACT	2	8	196705	196712	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022120	GAAA	2	8	203098	203105	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022120	CCTT	2	8	216230	216237	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022120	CTAT	2	8	219957	219964	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022120	GCAA	2	8	220201	220208	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_022120	AATT	2	8	221536	221543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022120	AAAC	2	8	225615	225622	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022120	TCCT	2	8	228240	228247	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
78	NC_022120	AAAT	2	8	243855	243862	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022120	AAGA	2	8	243874	243881	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022120	TAAA	2	8	247308	247315	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022120	AATA	2	8	250966	250973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022120	GAAA	2	8	252586	252593	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022120	GCAG	2	8	252635	252642	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022120	CCCA	2	8	253491	253498	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
85	NC_022120	CCAA	2	8	254551	254558	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_022120	AAAC	2	8	255148	255155	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_022120	TAAA	2	8	264556	264563	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022120	CAAA	2	8	267491	267498	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022120	ATTT	2	8	274004	274011	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022120	GTTT	2	8	279846	279853	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022120	AAAG	2	8	279881	279888	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022120	TGCC	2	8	280369	280376	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022120	GGGA	2	8	284217	284224	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_022120	TAAA	2	8	285359	285366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022120	GATA	2	8	287018	287025	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022120	AATC	2	8	292143	292150	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_022120	ACAA	2	8	297905	297912	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022120	CCCT	2	8	299802	299809	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
99	NC_022120	ACTA	2	8	302051	302058	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022120	TAAA	2	8	302274	302281	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022120	TCCA	2	8	305433	305440	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_022120	TCCC	2	8	305635	305642	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_022120	ATTG	2	8	306820	306827	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022120	TAAA	2	8	318217	318224	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022120	CAGA	2	8	318225	318232	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022120	AATA	2	8	318292	318299	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022120	CAAT	2	8	327902	327909	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022120	GCTA	2	8	328592	328599	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022120	TTAG	2	8	330602	330609	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022120	CAGT	2	8	334281	334288	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_022120	TTGT	2	8	334419	334426	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022120	CAAG	2	8	340467	340474	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022120	TTTA	2	8	363974	363981	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022120	CAAA	2	8	364268	364275	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_022120	TAGT	2	8	364578	364585	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022120	GCAT	2	8	367189	367196	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022120	TGAG	2	8	367222	367229	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022120	GCTT	2	8	368637	368644	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022120	TAAA	2	8	368915	368922	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022120	AAAT	2	8	369834	369841	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022120	CCTT	2	8	369856	369863	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_022120	ATCT	2	8	369889	369896	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_022120	TTTA	2	8	391633	391640	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022120	AATT	2	8	392441	392448	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022120	ATAA	2	8	392501	392508	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022120	TTAT	2	8	395834	395841	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022120	GCAA	2	8	395887	395894	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022120	TCAT	2	8	405181	405188	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_022120	ATAA	2	8	411051	411058	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_022120	ATTT	2	8	416735	416742	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022120	AGAA	2	8	416745	416752	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022120	ATTA	2	8	418534	418541	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022120	TTCT	2	8	428592	428599	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022120	AACT	2	8	430824	430831	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022120	CAAA	2	8	431172	431179	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022120	ATAG	2	8	434718	434725	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022120	TTCC	2	8	435000	435007	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_022120	AAAC	2	8	440895	440902	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022120	AAAT	2	8	441037	441044	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022120	TAAC	2	8	443603	443610	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_022120	AATT	2	8	448467	448474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022120	AAAC	2	8	448480	448487	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022120	CTTC	2	8	448622	448629	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_022120	TCTT	2	8	454287	454294	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022120	TAAT	2	8	454300	454307	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022120	CATG	2	8	456834	456841	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_022120	GCAA	2	8	457954	457961	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022120	AGGA	2	8	460464	460471	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022120	CTTT	2	8	465503	465510	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_022120	CAAA	2	8	466969	466976	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022120	AGAA	2	8	485992	485999	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022120	TAAA	2	8	489652	489659	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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164	NC_022120	AATA	2	8	514897	514904	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_022120	AAAT	2	8	517579	517586	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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233	NC_022120	ATGA	2	8	713038	713045	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_022120	CAAA	2	8	974449	974456	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
300	NC_022120	TCTT	2	8	974522	974529	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
301	NC_022120	TGTT	2	8	975032	975039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_022120	GATA	2	8	980266	980273	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022120	GGAA	2	8	982431	982438	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022120	TTTA	2	8	985131	985138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022120	CTAA	2	8	993421	993428	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
306	NC_022120	TAAG	2	8	993436	993443	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
307	NC_022120	ATTT	2	8	996187	996194	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_022120	CCTT	2	8	997659	997666	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
309	NC_022120	CTTT	2	8	999376	999383	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
310	NC_022120	GGAA	2	8	999478	999485	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
311	NC_022120	GCGA	2	8	999608	999615	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
312	NC_022120	CTGT	2	8	1008958	1008965	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
313	NC_022120	TGTT	2	8	1009101	1009108	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
314	NC_022120	ATGC	2	8	1012357	1012364	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
315	NC_022120	TGAA	2	8	1018898	1018905	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_022120	GAAA	2	8	1020294	1020301	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
317	NC_022120	AAAC	2	8	1024677	1024684	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
318	NC_022120	TAAT	2	8	1032382	1032389	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_022120	TTCT	2	8	1032433	1032440	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
320	NC_022120	TTGT	2	8	1035525	1035532	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
321	NC_022120	CAAA	2	8	1038697	1038704	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
322	NC_022120	GGTT	2	8	1042508	1042515	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
323	NC_022120	GGAT	2	8	1042576	1042583	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
324	NC_022120	AGTG	2	8	1043063	1043070	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
325	NC_022120	TGGC	2	8	1043097	1043104	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.