MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/13-96

Total Repeats: 298

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022119	TC	3	6	224	229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022119	AG	3	6	246	251	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022119	TC	3	6	1669	1674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_022119	GA	3	6	6995	7000	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022119	AG	3	6	9350	9355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022119	TA	3	6	11248	11253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022119	TA	3	6	13339	13344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022119	TA	4	8	13563	13570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022119	AG	3	6	17515	17520	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022119	GA	3	6	17528	17533	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022119	CT	3	6	18387	18392	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022119	CT	3	6	18435	18440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_022119	AG	3	6	20501	20506	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022119	GA	3	6	20659	20664	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022119	AG	3	6	21176	21181	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022119	CT	3	6	21245	21250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_022119	GA	3	6	26497	26502	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022119	CT	3	6	26504	26509	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_022119	TC	3	6	27872	27877	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_022119	AG	3	6	27955	27960	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022119	GA	3	6	36369	36374	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022119	AT	3	6	36471	36476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022119	CT	3	6	38738	38743	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022119	CT	3	6	40109	40114	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_022119	CT	3	6	42301	42306	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_022119	GA	5	10	42576	42585	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022119	AG	3	6	42700	42705	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022119	TC	3	6	43792	43797	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_022119	AG	3	6	48028	48033	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022119	TG	4	8	51375	51382	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022119	GA	3	6	55591	55596	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022119	AG	4	8	64762	64769	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022119	TA	3	6	85191	85196	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022119	TC	3	6	90412	90417	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_022119	GA	3	6	90544	90549	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022119	CT	3	6	92894	92899	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_022119	GA	3	6	93422	93427	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022119	TA	3	6	94038	94043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022119	TC	3	6	99919	99924	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022119	AT	3	6	99970	99975	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022119	TA	3	6	106646	106651	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022119	TG	3	6	115888	115893	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022119	AG	4	8	118474	118481	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022119	GA	3	6	120296	120301	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022119	TA	3	6	122531	122536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022119	GT	3	6	123520	123525	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022119	CT	3	6	128056	128061	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_022119	TG	3	6	133287	133292	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022119	AG	3	6	138142	138147	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022119	AT	3	6	142437	142442	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022119	AG	3	6	157242	157247	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022119	TC	3	6	171705	171710	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022119	AG	3	6	171837	171842	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022119	CT	3	6	171855	171860	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_022119	TG	3	6	178346	178351	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022119	GA	3	6	183782	183787	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022119	AT	3	6	192240	192245	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022119	AG	3	6	196741	196746	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022119	CT	3	6	203490	203495	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_022119	GA	4	8	206549	206556	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022119	CT	4	8	206597	206604	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_022119	AG	4	8	217833	217840	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022119	CA	3	6	217892	217897	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_022119	TA	3	6	219387	219392	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_022119	CT	3	6	221029	221034	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022119	TC	3	6	224030	224035	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022119	AG	3	6	224061	224066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022119	TC	3	6	238257	238262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_022119	AG	3	6	238283	238288	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022119	CA	3	6	243207	243212	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_022119	GT	3	6	243424	243429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022119	GA	3	6	250291	250296	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022119	TG	3	6	250401	250406	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022119	AG	3	6	251203	251208	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022119	AG	3	6	251228	251233	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022119	AG	3	6	252211	252216	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022119	TA	3	6	254017	254022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022119	TC	3	6	256333	256338	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
79	NC_022119	AG	3	6	257811	257816	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022119	TA	3	6	264171	264176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022119	TA	3	6	273431	273436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022119	AT	4	8	283991	283998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022119	CT	3	6	284843	284848	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_022119	TC	4	8	284934	284941	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_022119	TC	3	6	286625	286630	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_022119	TC	3	6	286682	286687	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_022119	CT	3	6	287155	287160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022119	CA	3	6	301500	301505	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_022119	AC	3	6	301541	301546	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_022119	GA	3	6	306231	306236	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022119	AG	3	6	315451	315456	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022119	CT	3	6	347429	347434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022119	CT	3	6	350500	350505	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_022119	TC	3	6	354726	354731	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_022119	CT	3	6	358642	358647	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_022119	AC	3	6	361975	361980	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_022119	TA	3	6	364165	364170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022119	CT	4	8	381282	381289	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_022119	CG	3	6	391121	391126	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_022119	CA	3	6	392171	392176	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_022119	TC	3	6	394718	394723	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_022119	CT	3	6	395208	395213	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_022119	GA	3	6	395338	395343	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022119	GA	3	6	395469	395474	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022119	CT	3	6	410557	410562	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_022119	CT	3	6	430308	430313	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022119	AG	3	6	430655	430660	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022119	GA	3	6	432350	432355	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022119	AC	3	6	436348	436353	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_022119	CT	3	6	440619	440624	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_022119	AC	3	6	440657	440662	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022119	CA	3	6	443126	443131	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_022119	CT	3	6	444526	444531	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_022119	CT	3	6	453808	453813	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_022119	CT	3	6	456261	456266	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_022119	AG	3	6	459949	459954	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022119	TC	3	6	466487	466492	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_022119	AT	3	6	466556	466561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022119	TA	3	6	467973	467978	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022119	GA	3	6	468071	468076	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022119	AC	3	6	485380	485385	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_022119	GA	4	8	485425	485432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022119	CA	3	6	485462	485467	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_022119	TC	3	6	485503	485508	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_022119	AC	3	6	489938	489943	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_022119	AG	3	6	490099	490104	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022119	CT	3	6	490118	490123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_022119	CT	3	6	493397	493402	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
129	NC_022119	CT	3	6	493915	493920	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022119	TG	3	6	493948	493953	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022119	TA	3	6	494061	494066	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022119	CT	4	8	499718	499725	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_022119	CT	4	8	502683	502690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_022119	CA	3	6	507786	507791	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_022119	CT	3	6	508724	508729	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_022119	TA	3	6	514531	514536	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022119	AG	3	6	516429	516434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022119	GA	3	6	517442	517447	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022119	AG	3	6	517478	517483	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022119	AT	3	6	523710	523715	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022119	AC	3	6	534972	534977	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_022119	CT	3	6	536889	536894	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_022119	AT	3	6	540466	540471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022119	TC	3	6	541182	541187	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_022119	CT	3	6	557986	557991	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_022119	TC	3	6	558220	558225	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_022119	AG	3	6	560280	560285	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022119	GA	3	6	561778	561783	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022119	CT	3	6	565058	565063	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_022119	AG	3	6	575112	575117	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022119	CA	3	6	596554	596559	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_022119	CA	3	6	596720	596725	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_022119	AG	3	6	597910	597915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_022119	GA	3	6	602910	602915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.