MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/13-96

Total Repeats: 325

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022119	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022119	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022119	AAGG	2	8	1308	1315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022119	GGAG	2	8	6303	6310	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022119	TATG	2	8	6952	6959	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022119	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022119	AGAA	2	8	11202	11209	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022119	AAGG	2	8	13438	13445	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022119	CAAA	2	8	16072	16079	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022119	GCCA	2	8	21005	21012	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022119	CGCT	2	8	21253	21260	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022119	TTAA	2	8	21274	21281	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022119	GTTA	2	8	21311	21318	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022119	GATC	2	8	21366	21373	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022119	ATTG	2	8	27923	27930	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022119	TGTT	2	8	43801	43808	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022119	AATA	2	8	44040	44047	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022119	TATT	2	8	52164	52171	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022119	GTTT	2	8	54024	54031	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022119	TGTT	2	8	54032	54039	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022119	TAAT	2	8	54076	54083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022119	ACAA	2	8	67345	67352	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022119	AAGG	2	8	67443	67450	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022119	TCTA	2	8	76583	76590	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022119	GTTT	2	8	79357	79364	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022119	ATTC	2	8	79560	79567	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022119	GGTT	2	8	79710	79717	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022119	GTTT	2	8	88017	88024	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022119	TTTA	2	8	88040	88047	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022119	GTTT	2	8	88052	88059	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022119	GTTT	2	8	88103	88110	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022119	GAAT	2	8	90370	90377	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022119	AAGT	2	8	90402	90409	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022119	AAAT	2	8	93647	93654	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022119	TATT	2	8	97678	97685	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022119	CTGG	2	8	120364	120371	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022119	GTTT	2	8	134865	134872	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022119	ATCT	2	8	151584	151591	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022119	GCTG	2	8	151623	151630	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_022119	TGTT	2	8	157199	157206	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022119	AAAG	2	8	158041	158048	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022119	TTTA	2	8	158050	158057	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022119	TAAT	2	8	158167	158174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022119	TAAT	2	8	159002	159009	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022119	GCTT	2	8	161638	161645	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022119	CTTC	2	8	165709	165716	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022119	TTAG	2	8	170118	170125	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022119	AAAC	2	8	171865	171872	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022119	GTAT	2	8	173047	173054	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022119	TTCA	2	8	173216	173223	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_022119	GGAA	2	8	178235	178242	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022119	TTGA	2	8	179428	179435	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022119	TTCC	2	8	180646	180653	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_022119	AAAC	2	8	180749	180756	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022119	AAAG	2	8	182024	182031	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022119	AAGA	2	8	182042	182049	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022119	AAAG	2	8	182222	182229	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022119	AAAC	2	8	187439	187446	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022119	GGAC	2	8	187798	187805	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_022119	ATTT	2	8	196202	196209	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022119	ACGA	2	8	202351	202358	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_022119	GAAA	2	8	202637	202644	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022119	CCTT	2	8	215771	215778	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_022119	CTAT	2	8	219461	219468	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022119	GCAA	2	8	219705	219712	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_022119	AATT	2	8	221041	221048	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022119	AAAC	2	8	225120	225127	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022119	AAAT	2	8	243356	243363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022119	AAGA	2	8	243375	243382	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022119	TAAA	2	8	246810	246817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022119	AATA	2	8	250468	250475	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022119	GAAA	2	8	252087	252094	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022119	GCAG	2	8	252136	252143	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022119	AGAA	2	8	252169	252176	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022119	CCAA	2	8	254052	254059	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_022119	AAAC	2	8	254659	254666	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022119	TAAA	2	8	264064	264071	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022119	CAAA	2	8	266999	267006	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022119	TCTA	2	8	273366	273373	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_022119	ATTT	2	8	273512	273519	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022119	GTTT	2	8	279354	279361	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022119	AAAG	2	8	279389	279396	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022119	TGCC	2	8	279877	279884	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_022119	GGGA	2	8	283725	283732	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022119	CAAA	2	8	283770	283777	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_022119	TAAA	2	8	284867	284874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022119	GATA	2	8	286528	286535	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022119	AATC	2	8	291653	291660	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022119	ACAA	2	8	297422	297429	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022119	CCCT	2	8	299319	299326	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_022119	TAAA	2	8	301791	301798	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022119	TCCA	2	8	304950	304957	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022119	TCCC	2	8	305152	305159	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_022119	ATTG	2	8	306337	306344	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022119	AATA	2	8	317726	317733	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022119	TAAA	2	8	317747	317754	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022119	CAGA	2	8	317755	317762	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022119	AATA	2	8	317822	317829	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022119	CAAT	2	8	327451	327458	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022119	GCTA	2	8	328141	328148	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022119	TTAA	2	8	333484	333491	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022119	CAGT	2	8	333830	333837	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022119	CAAG	2	8	340018	340025	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_022119	GCAA	2	8	358827	358834	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022119	TTTA	2	8	363528	363535	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022119	TAGT	2	8	364133	364140	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022119	GCTT	2	8	368167	368174	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022119	TAAA	2	8	368445	368452	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022119	AAAT	2	8	369363	369370	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022119	CCTT	2	8	369385	369392	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_022119	ATCT	2	8	369418	369425	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022119	ACAA	2	8	369427	369434	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022119	TAAA	2	8	381201	381208	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022119	TTTA	2	8	391169	391176	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022119	GATT	2	8	391928	391935	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022119	AATT	2	8	391977	391984	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022119	TTAT	2	8	395370	395377	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022119	GCAA	2	8	395423	395430	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022119	TCAT	2	8	404717	404724	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022119	CTTT	2	8	406809	406816	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022119	CAAA	2	8	406853	406860	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022119	ATTT	2	8	416266	416273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022119	AGAA	2	8	416276	416283	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022119	ATTA	2	8	418065	418072	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022119	TTCT	2	8	428123	428130	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022119	AACT	2	8	430355	430362	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022119	CAAA	2	8	430703	430710	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022119	ATAG	2	8	434249	434256	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022119	TTCC	2	8	434531	434538	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022119	AAAC	2	8	440426	440433	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_022119	AAAT	2	8	440568	440575	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022119	TAAC	2	8	443134	443141	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_022119	AATT	2	8	447994	448001	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_022119	AAAC	2	8	448007	448014	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022119	CTTC	2	8	448149	448156	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_022119	TCTT	2	8	453814	453821	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_022119	TAAT	2	8	453827	453834	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022119	CATG	2	8	456361	456368	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022119	GCAA	2	8	457481	457488	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022119	CTTT	2	8	465030	465037	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_022119	CAAA	2	8	466496	466503	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022119	AGAA	2	8	485566	485573	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022119	AACA	2	8	489163	489170	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022119	TAAA	2	8	489226	489233	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022119	ATTT	2	8	502751	502758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022119	TATT	2	8	503667	503674	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022119	TTTG	2	8	508761	508768	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022119	TAAT	2	8	508875	508882	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022119	TAGT	2	8	513891	513898	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022119	ACTA	2	8	513917	513924	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022119	CAAA	2	8	514402	514409	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_022119	ACAA	2	8	514453	514460	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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161	NC_022119	AAAG	2	8	523723	523730	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_022119	TTTA	2	8	984752	984759	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_022119	ATTT	2	8	984790	984797	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022119	GAAA	2	8	990111	990118	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022119	CTAA	2	8	993046	993053	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
305	NC_022119	TAAG	2	8	993061	993068	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
306	NC_022119	CCTT	2	8	997284	997291	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
307	NC_022119	CTTT	2	8	999001	999008	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
308	NC_022119	GGAA	2	8	999103	999110	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
309	NC_022119	GAAG	2	8	1004746	1004753	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
310	NC_022119	CGCC	2	8	1006185	1006192	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
311	NC_022119	CTGT	2	8	1008581	1008588	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
312	NC_022119	ATGC	2	8	1011981	1011988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
313	NC_022119	TATT	2	8	1018457	1018464	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_022119	TGAA	2	8	1018521	1018528	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
315	NC_022119	GAAA	2	8	1019917	1019924	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_022119	AAAC	2	8	1024301	1024308	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NC_022119	AAAG	2	8	1025711	1025718	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
318	NC_022119	TAAT	2	8	1031998	1032005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
319	NC_022119	CAAA	2	8	1038315	1038322	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
320	NC_022119	CTTT	2	8	1038331	1038338	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
321	NC_022119	TATT	2	8	1042062	1042069	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_022119	GGTT	2	8	1042126	1042133	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
323	NC_022119	GGAT	2	8	1042194	1042201	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
324	NC_022119	AGTG	2	8	1042681	1042688	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
325	NC_022119	TGGC	2	8	1042713	1042720	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.