MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/1-93

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022117	TATTT	2	10	7033	7042	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022117	AAAGA	2	10	33095	33104	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022117	TGCAA	2	10	42329	42338	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_022117	CAAAA	2	10	42647	42656	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_022117	CTATT	2	10	49591	49600	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_022117	ATTAA	2	10	51382	51391	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022117	AATTT	2	10	54165	54174	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022117	AAAAG	2	10	69078	69087	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022117	AAAAG	2	10	76771	76780	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022117	ATCAA	2	10	78469	78478	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_022117	TTTGT	2	10	85207	85216	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022117	AATAA	2	10	88206	88215	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022117	TTTAA	2	10	93742	93751	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022117	CTTTT	2	10	94277	94286	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_022117	CAATC	2	10	96618	96627	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_022117	ACAAA	2	10	97823	97832	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_022117	GCTCT	2	10	114102	114111	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_022117	GCTTC	2	10	122560	122569	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_022117	TTGCA	2	10	137040	137049	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_022117	TTCTA	2	10	157298	157307	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_022117	CAAAA	2	10	161754	161763	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_022117	AGAGT	2	10	180396	180405	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022117	TTGAA	2	10	180929	180938	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022117	CGATA	2	10	187425	187434	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_022117	CTAAG	2	10	202565	202574	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_022117	ATTTC	2	10	221052	221061	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_022117	CAATA	2	10	224175	224184	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_022117	TACAA	2	10	247880	247889	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_022117	TGTTT	2	10	301702	301711	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022117	ATTCC	2	10	301850	301859	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_022117	GCAAC	2	10	333747	333756	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_022117	CTTGT	2	10	333807	333816	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_022117	AAGGC	2	10	362008	362017	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_022117	TCTCT	2	10	367747	367756	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_022117	AACAA	2	10	368129	368138	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_022117	AAAAC	2	10	368451	368460	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_022117	AAGCG	2	10	403969	403978	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_022117	TATCT	2	10	409497	409506	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_022117	GTATA	2	10	416216	416225	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022117	AGCAA	2	10	416252	416261	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_022117	CTCTT	2	10	428161	428170	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_022117	TAAAA	2	10	430704	430713	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022117	AGAAA	2	10	436378	436387	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022117	CTCTT	2	10	436417	436426	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_022117	GAAGA	3	15	436427	436441	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022117	AAATT	2	10	436711	436720	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022117	AATTT	2	10	436732	436741	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022117	ATAGA	2	10	450003	450012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022117	TAAAA	2	10	464940	464949	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022117	CAAAA	2	10	485386	485395	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_022117	AATCT	2	10	502727	502736	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_022117	TAAAA	2	10	514349	514358	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022117	CAAAA	2	10	524521	524530	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_022117	AAAAG	2	10	557654	557663	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022117	GAAAA	2	10	564838	564847	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022117	ATTTT	2	10	566275	566284	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022117	ATACT	2	10	572348	572357	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_022117	TCCCC	2	10	575141	575150	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
59	NC_022117	AGCTC	2	10	651322	651331	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_022117	GCAAA	2	10	671311	671320	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_022117	TATCG	2	10	672532	672541	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_022117	TAAAA	2	10	685366	685375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022117	TTTAT	2	10	697321	697330	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022117	TCATG	2	10	697516	697525	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_022117	GAAAA	2	10	706977	706986	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022117	ATTCT	2	10	725634	725643	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_022117	GAAGA	2	10	736931	736940	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_022117	AGGGG	2	10	759972	759981	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022117	CAGAG	2	10	766451	766460	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_022117	GGATA	2	10	774863	774872	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022117	TTTGT	2	10	775547	775556	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022117	GAAAA	2	10	780651	780660	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022117	TTTCT	2	10	804523	804532	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_022117	TGTCT	2	10	830226	830235	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_022117	TGGCA	2	10	834849	834858	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_022117	CTTTT	2	10	859182	859191	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_022117	TGGGA	2	10	862578	862587	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022117	AGAAA	2	10	863538	863547	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022117	GAAGA	2	10	875712	875721	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022117	CTTTT	2	10	881232	881241	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_022117	ATGGA	2	10	898955	898964	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022117	AGAGC	2	10	908769	908778	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_022117	AAGAG	2	10	928416	928425	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022117	GCTAG	2	10	928442	928451	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_022117	TAAAA	2	10	984526	984535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022117	ATAAA	2	10	984557	984566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022117	TATTT	2	10	1008125	1008134	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022117	TTAGA	2	10	1024189	1024198	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022117	ACCAA	2	10	1025783	1025792	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_022117	TTTTA	2	10	1041869	1041878	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.