MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	TC	3	6	225	230	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_022109	AG	3	6	247	252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022109	TC	3	6	1669	1674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_022109	GA	3	6	6997	7002	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022109	TA	3	6	11246	11251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022109	TA	4	8	13561	13568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022109	AG	3	6	17513	17518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022109	GA	3	6	17526	17531	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022109	AG	3	6	20514	20519	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_022109	GA	3	6	20672	20677	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_022109	AG	3	6	21189	21194	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022109	CT	3	6	21258	21263	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_022109	GA	3	6	26510	26515	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022109	CT	3	6	26517	26522	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_022109	AT	3	6	26803	26808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022109	GA	3	6	27013	27018	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022109	TC	3	6	27881	27886	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_022109	AG	3	6	27964	27969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022109	GA	3	6	36378	36383	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022109	AT	3	6	36480	36485	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022109	CT	3	6	38747	38752	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_022109	CT	3	6	40118	40123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_022109	TC	3	6	43800	43805	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_022109	AG	3	6	48035	48040	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022109	TG	4	8	51383	51390	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022109	GA	3	6	53368	53373	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_022109	CT	3	6	53685	53690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_022109	GA	3	6	55609	55614	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022109	CT	3	6	56507	56512	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_022109	GT	3	6	56557	56562	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022109	TG	3	6	57264	57269	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022109	CT	3	6	58145	58150	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_022109	AG	4	8	64849	64856	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022109	TA	3	6	69178	69183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022109	CT	3	6	71914	71919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_022109	TA	3	6	85275	85280	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022109	TC	3	6	90496	90501	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_022109	GA	3	6	90628	90633	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022109	CT	3	6	92978	92983	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_022109	GA	3	6	93506	93511	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022109	TA	3	6	94123	94128	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022109	TC	3	6	100003	100008	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_022109	AT	3	6	100054	100059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022109	TA	3	6	106729	106734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022109	TG	3	6	115971	115976	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022109	AG	4	8	118555	118562	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022109	GA	3	6	120377	120382	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022109	TA	3	6	122612	122617	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_022109	GT	3	6	123601	123606	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022109	CT	3	6	128134	128139	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_022109	GA	3	6	138282	138287	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022109	AT	3	6	142514	142519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_022109	GA	3	6	151752	151757	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022109	AG	3	6	157319	157324	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022109	TC	3	6	171783	171788	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_022109	AG	3	6	171915	171920	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022109	CT	3	6	171933	171938	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_022109	TG	3	6	178424	178429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022109	GA	3	6	183907	183912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022109	TC	3	6	192022	192027	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
61	NC_022109	AG	3	6	196836	196841	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022109	CT	3	6	203585	203590	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_022109	GA	4	8	206644	206651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022109	CT	4	8	206692	206699	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_022109	TA	3	6	216783	216788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022109	AG	4	8	217962	217969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022109	CT	3	6	221155	221160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_022109	TC	3	6	224155	224160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_022109	AG	3	6	224186	224191	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022109	TC	3	6	238386	238391	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_022109	AG	3	6	238412	238417	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022109	CA	3	6	243336	243341	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022109	GT	3	6	243553	243558	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022109	GA	3	6	250421	250426	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022109	TG	3	6	250531	250536	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022109	AG	3	6	251333	251338	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022109	AG	3	6	252342	252347	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022109	TA	3	6	254148	254153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022109	AG	3	6	256429	256434	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022109	TC	3	6	256455	256460	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_022109	AG	3	6	257933	257938	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022109	TA	3	6	264296	264301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022109	TA	3	6	273556	273561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_022109	AT	4	8	284116	284123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022109	TC	4	8	285059	285066	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_022109	TC	3	6	286749	286754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_022109	TC	3	6	286806	286811	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_022109	CT	3	6	287279	287284	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_022109	GA	3	6	306355	306360	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022109	AG	3	6	315561	315566	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022109	CA	3	6	330818	330823	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_022109	CT	3	6	347508	347513	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022109	CT	3	6	348400	348405	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_022109	CT	3	6	350579	350584	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_022109	TC	3	6	358635	358640	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_022109	CT	3	6	358721	358726	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_022109	AC	3	6	362054	362059	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_022109	TC	3	6	362467	362472	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_022109	GA	3	6	363964	363969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022109	TC	3	6	364042	364047	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_022109	TA	3	6	364243	364248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022109	CT	4	8	381270	381277	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_022109	CG	3	6	391108	391113	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
104	NC_022109	CA	3	6	392158	392163	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_022109	TC	3	6	394705	394710	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_022109	CT	3	6	395195	395200	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_022109	GA	3	6	395325	395330	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022109	GA	3	6	395456	395461	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022109	CT	3	6	410538	410543	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_022109	AG	3	6	430637	430642	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022109	AC	3	6	436330	436335	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_022109	CT	3	6	440601	440606	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
113	NC_022109	AC	3	6	440639	440644	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_022109	CT	3	6	453794	453799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_022109	AG	3	6	459935	459940	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022109	AT	3	6	466542	466547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022109	TA	3	6	467959	467964	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022109	GA	3	6	468057	468062	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022109	TC	3	6	479789	479794	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_022109	AC	3	6	485319	485324	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_022109	GA	4	8	485364	485371	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_022109	CA	3	6	485401	485406	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_022109	TC	3	6	485442	485447	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_022109	AC	3	6	489877	489882	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_022109	AG	3	6	490039	490044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022109	CT	3	6	490058	490063	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_022109	AG	3	6	490351	490356	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022109	TA	3	6	492193	492198	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022109	CT	3	6	493336	493341	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022109	TG	3	6	493887	493892	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022109	TA	3	6	494000	494005	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022109	CT	4	8	499657	499664	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_022109	TC	3	6	509539	509544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_022109	TC	4	8	509552	509559	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_022109	TG	3	6	510151	510156	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022109	GA	3	6	510586	510591	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022109	CA	3	6	510938	510943	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_022109	GA	3	6	511145	511150	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022109	TG	3	6	512095	512100	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_022109	TA	3	6	514467	514472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022109	AG	3	6	516365	516370	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022109	TC	3	6	517211	517216	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_022109	GA	3	6	517366	517371	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022109	AG	3	6	517402	517407	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_022109	AT	3	6	523634	523639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022109	AC	3	6	534874	534879	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_022109	CT	3	6	534997	535002	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_022109	CT	3	6	536791	536796	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_022109	AT	3	6	540368	540373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022109	TC	3	6	541084	541089	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_022109	CT	3	6	557884	557889	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_022109	TC	3	6	558118	558123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_022109	GA	3	6	561676	561681	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
154	NC_022109	CT	3	6	564956	564961	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.