MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022109	AATG	2	8	465	472	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022109	CTAT	2	8	799	806	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022109	AAGG	2	8	1308	1315	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022109	GGAG	2	8	6305	6312	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022109	TATG	2	8	6954	6961	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022109	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022109	AGAA	2	8	11200	11207	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022109	AAGG	2	8	13436	13443	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022109	CAAA	2	8	16070	16077	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022109	CGCT	2	8	21266	21273	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022109	TTAA	2	8	21287	21294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_022109	GTTA	2	8	21324	21331	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022109	GATC	2	8	21379	21386	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_022109	GGAA	2	8	26869	26876	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022109	TTAA	2	8	26938	26945	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022109	AAAG	2	8	26988	26995	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022109	GGGC	2	8	27268	27275	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_022109	ATTG	2	8	27932	27939	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022109	TGTT	2	8	43809	43816	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022109	AATA	2	8	44048	44055	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022109	TATT	2	8	52172	52179	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022109	CCTT	2	8	53351	53358	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_022109	TTTA	2	8	53518	53525	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022109	AAAG	2	8	53742	53749	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_022109	GATT	2	8	53879	53886	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022109	AATC	2	8	53934	53941	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022109	TAAT	2	8	54085	54092	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022109	CTGG	3	12	55865	55876	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
29	NC_022109	TTGC	2	8	56002	56009	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_022109	AGCG	2	8	56042	56049	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
31	NC_022109	AGCT	2	8	56501	56508	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_022109	TTTG	2	8	56813	56820	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022109	GGTT	2	8	57273	57280	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022109	AGAA	2	8	58134	58141	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022109	AGGT	2	8	58174	58181	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022109	TAGA	2	8	58853	58860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_022109	TGAA	2	8	58958	58965	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022109	AAGG	2	8	67528	67535	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
39	NC_022109	GATA	2	8	72009	72016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_022109	TCTA	2	8	76668	76675	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_022109	GTTT	2	8	79443	79450	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022109	ATTC	2	8	79646	79653	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_022109	GGTT	2	8	79796	79803	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022109	GTTT	2	8	88101	88108	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022109	TTTA	2	8	88124	88131	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_022109	GTTT	2	8	88136	88143	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_022109	GTTT	2	8	88187	88194	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022109	AACA	2	8	88200	88207	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022109	GAAT	2	8	90454	90461	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022109	AAGT	2	8	90486	90493	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022109	AAAT	2	8	93732	93739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022109	CATT	2	8	94379	94386	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_022109	TATT	2	8	97762	97769	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_022109	CTGG	2	8	120445	120452	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
55	NC_022109	GTTT	2	8	134943	134950	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022109	TACA	2	8	144397	144404	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_022109	ATCT	2	8	151662	151669	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022109	GCTG	2	8	151701	151708	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022109	TGTT	2	8	157276	157283	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022109	AAAG	2	8	158119	158126	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022109	TTTA	2	8	158128	158135	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022109	TAAT	2	8	158245	158252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_022109	TAAT	2	8	159081	159088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022109	GCTT	2	8	161717	161724	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022109	CTTC	2	8	165788	165795	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_022109	TTAG	2	8	170196	170203	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_022109	AAAC	2	8	171943	171950	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022109	GTAT	2	8	173125	173132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022109	TTCA	2	8	173292	173299	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_022109	GGAA	2	8	178313	178320	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022109	TTGA	2	8	179500	179507	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022109	TTCC	2	8	180718	180725	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022109	AAAC	2	8	180821	180828	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022109	AAGA	2	8	182129	182136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022109	AAAC	2	8	187564	187571	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_022109	GGAC	2	8	187923	187930	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022109	ATGC	2	8	192738	192745	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
78	NC_022109	ATTT	2	8	196328	196335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_022109	AACT	2	8	196339	196346	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_022109	GAAA	2	8	202732	202739	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022109	CCTT	2	8	215863	215870	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_022109	CTAT	2	8	219589	219596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_022109	GCAA	2	8	219832	219839	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022109	AATT	2	8	221167	221174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022109	AAAC	2	8	225245	225252	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_022109	TCCT	2	8	227870	227877	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_022109	AAAT	2	8	243485	243492	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022109	AAGA	2	8	243504	243511	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022109	AATA	2	8	250598	250605	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_022109	GAAA	2	8	252218	252225	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022109	GCAG	2	8	252267	252274	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_022109	AGAA	2	8	252300	252307	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022109	CCCA	2	8	253123	253130	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_022109	CCAA	2	8	254183	254190	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_022109	AAAC	2	8	254781	254788	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_022109	TAAA	2	8	264189	264196	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022109	CAAA	2	8	267124	267131	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022109	ATTT	2	8	273637	273644	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022109	AAAG	2	8	279514	279521	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022109	TGCC	2	8	280002	280009	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_022109	GGGA	2	8	283850	283857	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022109	TAAA	2	8	284992	284999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022109	GATA	2	8	286652	286659	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022109	AATC	2	8	291777	291784	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022109	ACAA	2	8	297548	297555	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_022109	CCCT	2	8	299445	299452	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
107	NC_022109	ACTA	2	8	301694	301701	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022109	TAAA	2	8	301917	301924	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022109	TCCA	2	8	305074	305081	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_022109	TCCC	2	8	305276	305283	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
111	NC_022109	ATTG	2	8	306461	306468	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_022109	TAAA	2	8	317858	317865	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022109	CAGA	2	8	317866	317873	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022109	AATA	2	8	317933	317940	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022109	CAAT	2	8	327537	327544	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_022109	GCTA	2	8	328227	328234	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_022109	TTAG	2	8	330236	330243	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022109	CAGT	2	8	333914	333921	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022109	TTGT	2	8	334052	334059	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022109	CAAG	2	8	340100	340107	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022109	GCAA	2	8	362401	362408	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022109	GACC	2	8	362545	362552	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_022109	TATG	2	8	362729	362736	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022109	CAAC	2	8	362815	362822	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_022109	ACGC	2	8	363181	363188	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
126	NC_022109	TTTA	2	8	363607	363614	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022109	CAAA	2	8	363901	363908	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022109	TAGT	2	8	364211	364218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022109	GCTT	2	8	368159	368166	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_022109	TAAA	2	8	368437	368444	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022109	AAAT	2	8	369356	369363	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022109	CCTT	2	8	369378	369385	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_022109	ATCT	2	8	369411	369418	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022109	TTTA	2	8	391156	391163	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022109	AATT	2	8	391964	391971	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_022109	ATAA	2	8	392024	392031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022109	TTAT	2	8	395357	395364	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_022109	GCAA	2	8	395410	395417	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
139	NC_022109	TCAT	2	8	404695	404702	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022109	ATAA	2	8	410564	410571	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022109	ATTT	2	8	416248	416255	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_022109	AGAA	2	8	416258	416265	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022109	TTCT	2	8	428105	428112	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022109	AACT	2	8	430337	430344	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022109	CAAA	2	8	430685	430692	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022109	ATAG	2	8	434231	434238	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022109	TTCC	2	8	434513	434520	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_022109	AAAC	2	8	440408	440415	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_022109	AAAT	2	8	440550	440557	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022109	AATT	2	8	447980	447987	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022109	AAAC	2	8	447993	448000	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_022109	CTTC	2	8	448135	448142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
153	NC_022109	TCTT	2	8	453800	453807	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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162	NC_022109	AGAA	2	8	493500	493507	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_022109	GATC	2	8	511248	511255	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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181	NC_022109	ATTC	2	8	516371	516378	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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302	NC_022109	TTTG	2	8	918411	918418	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022109	AAAG	2	8	920297	920304	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022109	AGTT	2	8	920658	920665	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022109	CATC	2	8	920666	920673	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
306	NC_022109	TTTA	2	8	935924	935931	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
307	NC_022109	GCTT	2	8	936264	936271	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
308	NC_022109	TGTC	2	8	948024	948031	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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310	NC_022109	AAAG	2	8	948208	948215	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
311	NC_022109	TTTG	2	8	956014	956021	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
312	NC_022109	AGTT	2	8	956138	956145	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
313	NC_022109	CTTG	2	8	959513	959520	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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320	NC_022109	TAAG	2	8	991831	991838	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_022109	CTGT	2	8	1007353	1007360	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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327	NC_022109	ATGC	2	8	1010753	1010760	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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330	NC_022109	TAAT	2	8	1030778	1030785	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_022109	TTCT	2	8	1030829	1030836	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
332	NC_022109	CAAA	2	8	1037093	1037100	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
333	NC_022109	GGTT	2	8	1040902	1040909	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
334	NC_022109	GGAT	2	8	1040970	1040977	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
335	NC_022109	AGTG	2	8	1041458	1041465	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
336	NC_022109	TGGC	2	8	1041492	1041499	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.