MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/11-96

Total Repeats: 336

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022107	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022107	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022107	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022107	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022107	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022107	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022107	AGAA	2	8	11203	11210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022107	AAGG	2	8	13439	13446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022107	CAAA	2	8	16073	16080	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022107	CAAT	2	8	17545	17552	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_022107	GCCA	2	8	21021	21028	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022107	CGCT	2	8	21269	21276	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_022107	TTAA	2	8	21290	21297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022107	GTTA	2	8	21327	21334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_022107	GATC	2	8	21382	21389	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
16	NC_022107	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022107	TGTT	2	8	43818	43825	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022107	AATA	2	8	44057	44064	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022107	TATT	2	8	52290	52297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022107	GTTT	2	8	54150	54157	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022107	TGTT	2	8	54158	54165	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022107	TAAT	2	8	54202	54209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_022107	AAGG	2	8	67565	67572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022107	TCTA	2	8	76705	76712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022107	GTTT	2	8	79480	79487	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022107	ATTC	2	8	79683	79690	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022107	GGTT	2	8	79833	79840	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022107	GTTT	2	8	88140	88147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022107	TTTA	2	8	88163	88170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022107	GTTT	2	8	88175	88182	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022107	GTTT	2	8	88226	88233	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022107	GAAT	2	8	90493	90500	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022107	AAGT	2	8	90525	90532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022107	AAAT	2	8	93770	93777	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022107	TATT	2	8	97801	97808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022107	CTGG	2	8	120488	120495	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022107	GTTT	2	8	134989	134996	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022107	ATCT	2	8	151708	151715	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022107	GCTG	2	8	151747	151754	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_022107	TGTT	2	8	157323	157330	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022107	AAAG	2	8	158165	158172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022107	TTTA	2	8	158174	158181	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022107	TAAT	2	8	158291	158298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022107	TAAT	2	8	159126	159133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022107	GCTT	2	8	161762	161769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022107	CTTC	2	8	165833	165840	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022107	TTAG	2	8	170242	170249	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022107	AAAC	2	8	171989	171996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022107	GTAT	2	8	173171	173178	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022107	GGAA	2	8	178359	178366	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022107	TTGA	2	8	179552	179559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022107	TTCC	2	8	180770	180777	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022107	AAAC	2	8	180873	180880	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_022107	TTTG	2	8	180983	180990	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022107	TGCA	2	8	181101	181108	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_022107	AAAG	2	8	181470	181477	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022107	GTTT	2	8	181773	181780	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_022107	AAAG	2	8	182147	182154	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_022107	AAGA	2	8	182165	182172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022107	AAAG	2	8	182345	182352	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_022107	AAAC	2	8	187562	187569	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_022107	GGAC	2	8	187921	187928	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_022107	ATTT	2	8	196325	196332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_022107	ACGA	2	8	202443	202450	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022107	GAAA	2	8	202729	202736	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022107	CCTT	2	8	215864	215871	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_022107	CTAT	2	8	219554	219561	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022107	GCAA	2	8	219798	219805	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
69	NC_022107	AATT	2	8	221133	221140	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022107	CTTG	2	8	221482	221489	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_022107	AAAC	2	8	225212	225219	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_022107	TCCT	2	8	227837	227844	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_022107	AAAT	2	8	243452	243459	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_022107	AAGA	2	8	243471	243478	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022107	TAAA	2	8	246906	246913	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_022107	AATA	2	8	250564	250571	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_022107	GAAA	2	8	252183	252190	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022107	GCAG	2	8	252232	252239	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022107	AGAA	2	8	252265	252272	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_022107	CCAA	2	8	254148	254155	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_022107	AAAC	2	8	254755	254762	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_022107	TAAA	2	8	264160	264167	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022107	CAAA	2	8	267095	267102	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_022107	ATCT	2	8	272517	272524	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_022107	TGTT	2	8	272672	272679	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_022107	TTTC	2	8	272772	272779	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_022107	AAAG	2	8	273301	273308	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022107	ATAA	2	8	273328	273335	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_022107	TCTA	2	8	273462	273469	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022107	ATTT	2	8	273608	273615	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_022107	GTTT	2	8	279450	279457	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022107	AAAG	2	8	279485	279492	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022107	TGCC	2	8	279973	279980	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
94	NC_022107	GGGA	2	8	283821	283828	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022107	CAAA	2	8	283866	283873	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_022107	TAAA	2	8	284963	284970	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022107	GATA	2	8	286624	286631	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_022107	ACAA	2	8	297517	297524	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_022107	CCCT	2	8	299414	299421	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_022107	TAAA	2	8	301886	301893	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_022107	TCCA	2	8	305045	305052	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_022107	TCCC	2	8	305247	305254	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
103	NC_022107	ATTG	2	8	306432	306439	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
104	NC_022107	AATA	2	8	317821	317828	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_022107	TAAA	2	8	317842	317849	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022107	CAGA	2	8	317850	317857	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_022107	AATA	2	8	317917	317924	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_022107	CAAT	2	8	327546	327553	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_022107	GCTA	2	8	328236	328243	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_022107	TTAA	2	8	333579	333586	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_022107	CAGT	2	8	333925	333932	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022107	TTGT	2	8	334065	334072	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_022107	CAAG	2	8	340113	340120	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_022107	GCAA	2	8	358922	358929	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_022107	TTTA	2	8	363623	363630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022107	TAGT	2	8	364228	364235	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022107	GCTT	2	8	368263	368270	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_022107	TAAA	2	8	368541	368548	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_022107	AAAT	2	8	369459	369466	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_022107	CCTT	2	8	369481	369488	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_022107	ATCT	2	8	369514	369521	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022107	ACAA	2	8	369523	369530	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_022107	TAAA	2	8	381297	381304	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022107	TTTA	2	8	391265	391272	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022107	GATT	2	8	392024	392031	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_022107	AATT	2	8	392073	392080	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022107	TTAT	2	8	395466	395473	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_022107	GCAA	2	8	395519	395526	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_022107	TCAT	2	8	404813	404820	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
130	NC_022107	ATTT	2	8	416366	416373	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_022107	AGAA	2	8	416376	416383	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_022107	ATTA	2	8	418165	418172	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022107	TTCT	2	8	428223	428230	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022107	AACT	2	8	430455	430462	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_022107	CAAA	2	8	430803	430810	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022107	ATAG	2	8	434349	434356	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_022107	TTCC	2	8	434631	434638	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_022107	ACTC	2	8	435494	435501	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_022107	AAAC	2	8	440526	440533	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022107	AAAT	2	8	440668	440675	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_022107	TAAC	2	8	443234	443241	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022107	AATT	2	8	448094	448101	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_022107	AAAC	2	8	448107	448114	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
144	NC_022107	CTTC	2	8	448249	448256	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_022107	TCTT	2	8	453914	453921	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_022107	TAAT	2	8	453927	453934	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022107	GCAA	2	8	457581	457588	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_022107	CTTT	2	8	465130	465137	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_022107	TTCT	2	8	466571	466578	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_022107	CAAA	2	8	466596	466603	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_022107	AGAA	2	8	485666	485673	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_022107	AACA	2	8	489263	489270	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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334	NC_022107	GGAT	2	8	1042310	1042317	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
335	NC_022107	AGTG	2	8	1042800	1042807	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.