MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain F/2-93 genome

Total Repeats: 333

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_022106	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_022106	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_022106	AAGG	2	8	1309	1316	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_022106	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_022106	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_022106	TATT	2	8	9309	9316	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_022106	AGAA	2	8	11203	11210	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_022106	AAGG	2	8	13439	13446	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_022106	CAAA	2	8	16073	16080	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_022106	GCCA	2	8	21021	21028	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_022106	CGCT	2	8	21269	21276	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_022106	TTAA	2	8	21290	21297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_022106	GTTA	2	8	21327	21334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_022106	GATC	2	8	21382	21389	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_022106	ATTG	2	8	27940	27947	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_022106	TGTT	2	8	43818	43825	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022106	AATA	2	8	44057	44064	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_022106	TATT	2	8	52290	52297	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022106	GTTT	2	8	54150	54157	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_022106	TGTT	2	8	54158	54165	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_022106	TAAT	2	8	54202	54209	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_022106	ACAA	2	8	67467	67474	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_022106	AAGG	2	8	67565	67572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_022106	TCTA	2	8	76705	76712	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_022106	GTTT	2	8	79480	79487	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_022106	ATTC	2	8	79683	79690	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_022106	GGTT	2	8	79833	79840	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_022106	GTTT	2	8	88140	88147	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_022106	TTTA	2	8	88163	88170	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022106	GTTT	2	8	88175	88182	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_022106	GTTT	2	8	88226	88233	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_022106	GAAT	2	8	90493	90500	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_022106	AAGT	2	8	90525	90532	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_022106	AAAT	2	8	93770	93777	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_022106	TATT	2	8	97801	97808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_022106	CTGG	2	8	120488	120495	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_022106	GTTT	2	8	134989	134996	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_022106	ATCT	2	8	151708	151715	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_022106	GCTG	2	8	151747	151754	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_022106	TGTT	2	8	157323	157330	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_022106	AAAG	2	8	158165	158172	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_022106	TTTA	2	8	158174	158181	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_022106	TAAT	2	8	158291	158298	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_022106	TAAT	2	8	159126	159133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_022106	GCTT	2	8	161762	161769	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_022106	CTTC	2	8	165833	165840	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
47	NC_022106	TTAG	2	8	170242	170249	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_022106	AAAC	2	8	171989	171996	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_022106	GTAT	2	8	173171	173178	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_022106	GGAA	2	8	178359	178366	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_022106	TTGA	2	8	179552	179559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_022106	TTCC	2	8	180770	180777	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_022106	AAAC	2	8	180873	180880	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_022106	AAAG	2	8	182148	182155	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_022106	AAGA	2	8	182166	182173	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_022106	AAAG	2	8	182346	182353	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_022106	AAAC	2	8	187563	187570	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_022106	GGAC	2	8	187922	187929	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_022106	ATTT	2	8	196325	196332	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_022106	ACGA	2	8	202443	202450	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_022106	GAAA	2	8	202729	202736	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_022106	CCTT	2	8	215863	215870	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_022106	CTAT	2	8	219553	219560	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_022106	GCAA	2	8	219797	219804	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_022106	AATT	2	8	221133	221140	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_022106	CTTG	2	8	221482	221489	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_022106	AAAC	2	8	225212	225219	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_022106	AAAT	2	8	243448	243455	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_022106	AAGA	2	8	243467	243474	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_022106	TAAA	2	8	246902	246909	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_022106	AATA	2	8	250560	250567	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022106	GAAA	2	8	252179	252186	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_022106	GCAG	2	8	252228	252235	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_022106	AGAA	2	8	252261	252268	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_022106	CCAA	2	8	254144	254151	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_022106	AAAC	2	8	254751	254758	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_022106	TAAA	2	8	264156	264163	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_022106	CAAA	2	8	267091	267098	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_022106	TCTA	2	8	273458	273465	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_022106	ATTT	2	8	273604	273611	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_022106	GTTT	2	8	279446	279453	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_022106	AAAG	2	8	279481	279488	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_022106	TGCC	2	8	279969	279976	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_022106	GGGA	2	8	283817	283824	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
85	NC_022106	CAAA	2	8	283862	283869	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_022106	TAAA	2	8	284959	284966	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_022106	GATA	2	8	286620	286627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_022106	AATC	2	8	291745	291752	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_022106	ACAA	2	8	297512	297519	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_022106	CCCT	2	8	299409	299416	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
91	NC_022106	TAAA	2	8	301881	301888	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_022106	TCCA	2	8	305040	305047	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_022106	TCCC	2	8	305242	305249	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_022106	ATTG	2	8	306427	306434	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_022106	AATA	2	8	317816	317823	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_022106	TAAA	2	8	317837	317844	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_022106	CAGA	2	8	317845	317852	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
98	NC_022106	AATA	2	8	317912	317919	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_022106	CAAT	2	8	327541	327548	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_022106	GCTA	2	8	328231	328238	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_022106	TTAA	2	8	333574	333581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_022106	CAGT	2	8	333920	333927	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
103	NC_022106	CAAG	2	8	340108	340115	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_022106	GCAA	2	8	358917	358924	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_022106	TTTA	2	8	363618	363625	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_022106	TAGT	2	8	364223	364230	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_022106	GCTT	2	8	368258	368265	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_022106	TAAA	2	8	368536	368543	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_022106	AAAT	2	8	369454	369461	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_022106	CCTT	2	8	369476	369483	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_022106	ATCT	2	8	369509	369516	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_022106	ACAA	2	8	369518	369525	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_022106	TAAA	2	8	381292	381299	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022106	TTTA	2	8	391260	391267	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_022106	GATT	2	8	392019	392026	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_022106	AATT	2	8	392068	392075	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_022106	TTAT	2	8	395461	395468	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_022106	GCAA	2	8	395514	395521	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
119	NC_022106	TCAT	2	8	404808	404815	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_022106	CTTT	2	8	406900	406907	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_022106	CAAA	2	8	406944	406951	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_022106	ATTT	2	8	416361	416368	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_022106	AGAA	2	8	416371	416378	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_022106	ATTA	2	8	418160	418167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_022106	TTCT	2	8	428218	428225	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_022106	AACT	2	8	430450	430457	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_022106	CAAA	2	8	430798	430805	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_022106	ATAG	2	8	434344	434351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_022106	TTCC	2	8	434626	434633	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_022106	ACTC	2	8	435489	435496	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_022106	AAAC	2	8	440521	440528	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_022106	AAAT	2	8	440663	440670	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_022106	TAAC	2	8	443229	443236	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_022106	AATT	2	8	448089	448096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_022106	AAAC	2	8	448102	448109	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_022106	CTTC	2	8	448244	448251	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_022106	TCTT	2	8	453909	453916	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_022106	TAAT	2	8	453922	453929	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022106	GCAA	2	8	457576	457583	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_022106	CTTT	2	8	465125	465132	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_022106	TTCT	2	8	466566	466573	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_022106	CAAA	2	8	466591	466598	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_022106	AGAA	2	8	485661	485668	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_022106	AACA	2	8	489258	489265	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_022106	TAAA	2	8	489321	489328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_022106	ATTT	2	8	502848	502855	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_022106	TATT	2	8	503764	503771	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_022106	TTTG	2	8	508858	508865	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_022106	TAAT	2	8	508972	508979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_022106	TAGT	2	8	513988	513995	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_022106	ACTA	2	8	514014	514021	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_022106	CAAA	2	8	514499	514506	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_022106	ACAA	2	8	514550	514557	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
154	NC_022106	AATA	2	8	514573	514580	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_022106	ATCT	2	8	514594	514601	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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157	NC_022106	ACTA	2	8	514622	514629	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
158	NC_022106	ATTC	2	8	516532	516539	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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301	NC_022106	TTTG	2	8	957191	957198	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
302	NC_022106	AGTT	2	8	957315	957322	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_022106	TTGA	2	8	964961	964968	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_022106	TTAT	2	8	965011	965018	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_022106	AGAA	2	8	968778	968785	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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329	NC_022106	TATT	2	8	1041937	1041944	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
330	NC_022106	GGTT	2	8	1042001	1042008	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
331	NC_022106	GGAT	2	8	1042069	1042076	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
332	NC_022106	AGTG	2	8	1042559	1042566	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
333	NC_022106	TGGC	2	8	1042593	1042600	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.