MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/971

Total Repeats: 43

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021899	GAAGGA	2	12	760	771	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021899	CAAAAA	2	12	6252	6263	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021899	GAAAAG	2	12	56366	56377	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021899	AGTTGT	2	12	57562	57573	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021899	CTTGTT	2	12	58619	58630	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021899	AAAAAT	2	12	60925	60936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021899	ATCTAG	2	12	76636	76647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021899	TTTTAG	2	12	115917	115928	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021899	TAAAAA	2	12	120589	120600	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021899	AGAAAA	2	12	182796	182807	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021899	ATTTGC	2	12	188708	188719	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021899	TATGAA	3	18	191730	191747	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021899	TTTTAC	2	12	217052	217063	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021899	AACCCT	2	12	250779	250790	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021899	ATTTTT	2	12	251574	251585	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021899	AGGAGA	2	12	266676	266687	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021899	ATATTA	2	12	275574	275585	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021899	AAAAAG	2	12	319727	319738	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021899	AGAATA	2	12	357208	357219	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021899	TTTTAA	2	12	405371	405382	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021899	ACATCA	2	12	422675	422686	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021899	TAACTA	2	12	498903	498914	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021899	AAGAAA	2	12	498916	498927	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021899	AGAATA	2	12	504891	504902	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021899	AACTAA	2	12	510624	510635	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021899	TCCCTC	2	12	544278	544289	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_021899	AAAAAT	2	12	562250	562261	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021899	TAGGGG	2	12	601416	601427	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021899	TCTTTT	2	12	613411	613422	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021899	TATTTT	2	12	750531	750542	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021899	GAGAAA	2	12	798004	798015	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021899	TTTTCT	2	12	800462	800473	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021899	ATTTTT	2	12	804241	804252	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021899	TTTTTA	2	12	830721	830732	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021899	TAAGGA	2	12	851717	851728	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021899	CCGGAG	2	12	852635	852646	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021899	CCTCTA	2	12	865780	865791	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021899	TAAGGA	2	12	873761	873772	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021899	CCGGAG	2	12	874679	874690	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021899	GACGGC	2	12	917098	917109	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021899	AAACAA	2	12	918786	918797	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021899	AATTTT	2	12	1037790	1037801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021899	TAAAAT	2	12	1037802	1037813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.