MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2(s)/3

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021897	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021897	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021897	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021897	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021897	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021897	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021897	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021897	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021897	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021897	TTTGT	2	10	85120	85129	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021897	AATAA	2	10	88119	88128	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021897	CTTTT	2	10	94191	94200	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021897	ACAAA	2	10	97736	97745	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021897	GCTCT	2	10	114022	114031	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021897	GCTTC	2	10	122480	122489	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021897	TTGCA	2	10	136963	136972	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021897	ATTCT	2	10	152438	152447	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021897	CTGTG	2	10	152641	152650	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021897	CAAAA	2	10	161685	161694	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021897	AGAGT	2	10	180757	180766	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021897	AGAAA	2	10	182481	182490	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021897	CGATA	2	10	185852	185861	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021897	AAAGT	2	10	188816	188825	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021897	AGCTT	2	10	191562	191571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021897	CCATG	2	10	192503	192512	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021897	ACGAT	2	10	193854	193863	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021897	TATGC	2	10	195239	195248	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021897	AAAGA	2	10	195279	195288	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021897	AAGAA	2	10	195410	195419	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021897	CTAAG	2	10	205984	205993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021897	ATTTC	2	10	224514	224523	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021897	CAATA	2	10	227637	227646	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021897	TACAA	2	10	251348	251357	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021897	TTTCA	2	10	267477	267486	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021897	AAAGC	2	10	302303	302312	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021897	TGTTT	2	10	305182	305191	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021897	GCAAC	2	10	337210	337219	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021897	CTTGT	2	10	337270	337279	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021897	CCTTT	2	10	337728	337737	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021897	AAGGC	2	10	365473	365482	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021897	AGTAG	2	10	367663	367672	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021897	AGGGA	2	10	370000	370009	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021897	TCTCT	2	10	371215	371224	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021897	AACAA	2	10	371597	371606	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021897	AAAAC	2	10	371919	371928	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021897	AAGCG	2	10	407433	407442	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021897	GTATA	2	10	419680	419689	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021897	AGCAA	2	10	419716	419725	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021897	AAAAT	2	10	421565	421574	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021897	CTCTT	2	10	431634	431643	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021897	TAAAA	2	10	434176	434185	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021897	AGAAA	2	10	439850	439859	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021897	CTCTT	2	10	439889	439898	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021897	GAAGA	2	10	439899	439908	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021897	AAATT	2	10	440178	440187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021897	AATTT	2	10	440199	440208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021897	ATAGA	2	10	453474	453483	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021897	TAAAA	2	10	468411	468420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021897	CAAAA	2	10	488817	488826	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021897	AATCT	2	10	506159	506168	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021897	TTTCT	2	10	511759	511768	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021897	CCTTT	2	10	512768	512777	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021897	TAAAA	2	10	517783	517792	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021897	AGGAA	2	10	519767	519776	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021897	ATGAA	2	10	519790	519799	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021897	TCCTC	2	10	520889	520898	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021897	TTGGA	2	10	527230	527239	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021897	CAAAA	2	10	527996	528005	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021897	TTTTC	2	10	540022	540031	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021897	AAAAG	2	10	561289	561298	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021897	GAAAA	2	10	568471	568480	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021897	ATTTT	2	10	569908	569917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021897	ATACT	2	10	575981	575990	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021897	AAAGG	2	10	584937	584946	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021897	TTTCC	2	10	632555	632564	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021897	TTATT	2	10	652284	652293	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021897	TCGTC	2	10	653387	653396	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021897	TTTAT	2	10	700951	700960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021897	TCATG	2	10	701146	701155	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021897	AAAAC	2	10	705258	705267	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021897	GAAAA	2	10	710608	710617	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021897	TTATT	2	10	717670	717679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021897	GAAGA	2	10	740572	740581	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021897	AGAAT	2	10	763383	763392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021897	AGGGG	2	10	763614	763623	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021897	AAAAG	2	10	784189	784198	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021897	AGGTA	2	10	787588	787597	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021897	TCCTT	2	10	788771	788780	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021897	TTTCT	2	10	808196	808205	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021897	AGAAA	2	10	816728	816737	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021897	AAGAG	2	10	828568	828577	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021897	CTTTT	2	10	862893	862902	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_021897	TGGGA	2	10	866282	866291	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021897	AGAAA	2	10	867242	867251	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021897	GAAGA	2	10	879416	879425	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021897	CTTTT	2	10	884935	884944	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021897	TAGAA	2	10	893404	893413	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021897	CTTTT	2	10	909438	909447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021897	AGAGC	2	10	912471	912480	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021897	AAGAG	2	10	932141	932150	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021897	GCTAG	2	10	932167	932176	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021897	TCGTT	2	10	940553	940562	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021897	TTCTT	2	10	943510	943519	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021897	GCCTG	2	10	959912	959921	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021897	CTTCA	2	10	965393	965402	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_021897	CTAGT	2	10	972251	972260	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021897	TAAAA	2	10	988246	988255	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021897	ATAAA	2	10	988277	988286	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021897	TTGTT	2	10	1009398	1009407	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021897	TATTT	2	10	1011844	1011853	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021897	TAGAA	2	10	1023267	1023276	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021897	TTAGA	2	10	1027907	1027916	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021897	TTTTC	2	10	1041566	1041575	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021897	TTTTA	2	10	1045547	1045556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.