MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-J/943

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021896	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021896	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021896	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021896	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021896	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021896	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021896	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021896	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021896	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021896	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021896	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021896	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021896	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021896	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021896	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021896	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021896	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021896	GGAAT	2	10	179474	179483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021896	AGAAA	2	10	182733	182742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021896	CGATA	2	10	187976	187985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021896	TATGC	2	10	188927	188936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021896	AAGAA	2	10	189092	189101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021896	CTAAG	2	10	198669	198678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021896	ATTTC	2	10	217197	217206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021896	CAATA	2	10	220320	220329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021896	TACAA	2	10	244031	244040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021896	TTTCA	2	10	260160	260169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021896	AAAGC	2	10	294986	294995	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021896	TGTTT	2	10	297865	297874	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021896	GCAAC	2	10	329892	329901	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021896	CTTGT	2	10	329952	329961	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021896	CCTTT	2	10	330411	330420	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021896	AAGGC	2	10	358165	358174	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021896	GCTTC	2	10	360275	360284	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021896	AGTAG	2	10	360352	360361	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021896	TCTCT	2	10	363930	363939	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021896	AACAA	2	10	364313	364322	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021896	AAAAC	2	10	364637	364646	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021896	AAGCG	2	10	400152	400161	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021896	GTATA	2	10	412399	412408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021896	AGCAA	2	10	412435	412444	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021896	AAAAT	2	10	414284	414293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021896	CTCTT	2	10	424353	424362	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021896	TAAAA	2	10	426895	426904	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021896	AGAAA	2	10	432569	432578	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021896	CTCTT	2	10	432608	432617	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021896	GAAGA	2	10	432618	432627	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021896	AAATT	2	10	432897	432906	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021896	AATTT	2	10	432918	432927	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021896	ATAGA	2	10	446193	446202	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021896	TAAAA	2	10	461130	461139	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021896	CAAAA	2	10	481532	481541	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021896	AATCT	2	10	498874	498883	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021896	TTTCT	2	10	504474	504483	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021896	CCTTT	2	10	505483	505492	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021896	TAAAA	2	10	510499	510508	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021896	AGGAA	2	10	512483	512492	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021896	ATGAA	2	10	512507	512516	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021896	TTGGA	2	10	519948	519957	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021896	CAAAA	2	10	520714	520723	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021896	TTTTC	2	10	532749	532758	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021896	AAAAG	2	10	554016	554025	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021896	GAAAA	2	10	561198	561207	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021896	ATTTT	2	10	562635	562644	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021896	ATACT	2	10	568708	568717	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021896	AAAGG	2	10	577664	577673	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021896	TTTCC	2	10	625282	625291	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021896	TTATT	2	10	645011	645020	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021896	TCGTC	2	10	646114	646123	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021896	AGAAA	2	10	678680	678689	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021896	TTTAT	2	10	693677	693686	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021896	TCATG	2	10	693872	693881	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021896	AAAAC	2	10	697984	697993	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021896	GAAAA	2	10	703334	703343	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021896	TTATT	2	10	710396	710405	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021896	GAAGA	2	10	733292	733301	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021896	AGGGG	2	10	756330	756339	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021896	ATTTT	2	10	775074	775083	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021896	AAAAG	2	10	776907	776916	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021896	AGGTA	2	10	780306	780315	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021896	TCCTT	2	10	781489	781498	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021896	AAAAC	2	10	792684	792693	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021896	TTTCT	2	10	800905	800914	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021896	AGAAA	2	10	809437	809446	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021896	CTTTT	2	10	855560	855569	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021896	AGAAA	2	10	859911	859920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021896	GAAGA	2	10	872085	872094	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021896	CTTTT	2	10	877604	877613	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021896	TAGAA	2	10	886073	886082	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021896	CTTTT	2	10	902107	902116	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021896	AGAGC	2	10	905140	905149	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021896	AAGAG	2	10	924810	924819	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021896	GCTAG	2	10	924836	924845	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021896	TCGTT	2	10	933222	933231	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021896	TTCTT	2	10	936179	936188	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021896	GCCTG	2	10	952538	952547	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021896	CTTCA	2	10	958019	958028	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021896	CTAGT	2	10	964877	964886	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021896	TAAAA	2	10	980872	980881	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021896	ATAAA	2	10	980903	980912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021896	TTGTT	2	10	1002024	1002033	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021896	TATTT	2	10	1004470	1004479	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021896	TAGAA	2	10	1015893	1015902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021896	TTAGA	2	10	1020533	1020542	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021896	TTTTC	2	10	1034192	1034201	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021896	TTTTA	2	10	1038173	1038182	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.