MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F/69

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021895	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021895	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021895	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021895	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021895	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021895	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021895	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021895	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021895	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021895	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021895	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021895	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021895	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021895	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021895	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021895	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021895	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021895	AGAGT	2	10	180871	180880	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021895	AGAAA	2	10	182595	182604	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021895	CGATA	2	10	185974	185983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021895	AAAGT	2	10	188938	188947	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021895	AGCTT	2	10	191684	191693	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021895	CCATG	2	10	192625	192634	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_021895	ACGAT	2	10	193976	193985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021895	TATGC	2	10	195361	195370	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021895	AAAGA	2	10	195401	195410	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021895	AAGAA	2	10	195532	195541	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021895	CTAAG	2	10	206106	206115	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021895	ATTTC	2	10	224636	224645	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021895	CAATA	2	10	227759	227768	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021895	TACAA	2	10	251470	251479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021895	TTTCA	2	10	267599	267608	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021895	AAAGC	2	10	302425	302434	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021895	TGTTT	2	10	305304	305313	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021895	GCAAC	2	10	337353	337362	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021895	CTTGT	2	10	337413	337422	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021895	CCTTT	2	10	337871	337880	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021895	AAGGC	2	10	365617	365626	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021895	AGTAG	2	10	367807	367816	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021895	AGGGA	2	10	370144	370153	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021895	TCTCT	2	10	371359	371368	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_021895	AACAA	2	10	371741	371750	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021895	AAAAC	2	10	372063	372072	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021895	AAGCG	2	10	407579	407588	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021895	GTATA	2	10	419826	419835	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021895	AGCAA	2	10	419862	419871	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021895	AAAAT	2	10	421711	421720	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021895	CTCTT	2	10	431780	431789	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_021895	TAAAA	2	10	434322	434331	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021895	AGAAA	2	10	439996	440005	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021895	CTCTT	2	10	440035	440044	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021895	GAAGA	2	10	440045	440054	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021895	AAATT	2	10	440324	440333	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021895	AATTT	2	10	440345	440354	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021895	ATAGA	2	10	453616	453625	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021895	TAAAA	2	10	468553	468562	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021895	CAAAA	2	10	489000	489009	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021895	AATCT	2	10	506341	506350	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021895	TTTCT	2	10	511940	511949	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021895	CCTTT	2	10	512949	512958	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021895	TAAAA	2	10	517966	517975	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021895	AGGAA	2	10	519889	519898	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021895	ATGAA	2	10	519913	519922	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021895	CAAAA	2	10	528140	528149	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021895	TTTTC	2	10	540023	540032	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021895	AAAAG	2	10	561277	561286	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021895	GAAAA	2	10	568461	568470	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021895	ATTTT	2	10	569898	569907	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021895	ATACT	2	10	575971	575980	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021895	AAAGG	2	10	584927	584936	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021895	TTTCC	2	10	632521	632530	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021895	ATTAA	2	10	640475	640484	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021895	TCGTC	2	10	653373	653382	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021895	GCAAA	2	10	674939	674948	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021895	TATCG	2	10	676160	676169	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021895	TAAAA	2	10	688994	689003	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021895	TTTAT	2	10	700949	700958	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021895	TCATG	2	10	701144	701153	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021895	AAAAC	2	10	705256	705265	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021895	TTATT	2	10	717670	717679	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021895	GAAGA	2	10	740562	740571	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021895	TTTCT	2	10	750076	750085	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021895	AGAAT	2	10	763372	763381	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021895	AGGGG	2	10	763603	763612	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021895	AGGTA	2	10	787555	787564	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021895	TCCTT	2	10	788738	788747	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021895	TTTCT	2	10	808154	808163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021895	AGAAA	2	10	816686	816695	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021895	AAGAG	2	10	828525	828534	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021895	CTTTT	2	10	862850	862859	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021895	AGAAA	2	10	867201	867210	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021895	GAAGA	2	10	879375	879384	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021895	CTTTT	2	10	884894	884903	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021895	TAGAA	2	10	893363	893372	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021895	CTTTT	2	10	909397	909406	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021895	TTTTA	2	10	910142	910151	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021895	AGAGC	2	10	912430	912439	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021895	AAGAG	2	10	932100	932109	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021895	GCTAG	2	10	932126	932135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021895	TCGTT	2	10	940512	940521	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021895	TTCTT	2	10	943469	943478	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021895	GCCTG	2	10	959828	959837	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021895	CTTCA	2	10	965309	965318	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_021895	CTAGT	2	10	972167	972176	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021895	TAAAA	2	10	988162	988171	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021895	ATAAA	2	10	988193	988202	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021895	TTGTT	2	10	1009314	1009323	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021895	TATTT	2	10	1011760	1011769	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021895	TAGAA	2	10	1023183	1023192	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021895	TTAGA	2	10	1027823	1027832	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021895	TTTTC	2	10	1041482	1041491	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021895	TTTTA	2	10	1045463	1045472	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.