MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-L2/55

Total Repeats: 106

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021893	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021893	AAAGA	2	10	33094	33103	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021893	TGCAA	2	10	42327	42336	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021893	GAAGA	2	10	47939	47948	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021893	AATTT	2	10	54048	54057	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021893	AAAAG	2	10	68992	69001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021893	CTTGC	2	10	71935	71944	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021893	AAAAG	2	10	76685	76694	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021893	ATCAA	2	10	78383	78392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021893	TTTGT	2	10	85122	85131	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021893	AATAA	2	10	88121	88130	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021893	CTTTT	2	10	94193	94202	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021893	ACAAA	2	10	97738	97747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021893	GCTCT	2	10	114018	114027	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021893	TTGCA	2	10	137071	137080	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021893	AAGAG	2	10	138323	138332	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021893	CAAAA	2	10	161798	161807	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021893	GGAAT	2	10	179474	179483	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021893	AGAAA	2	10	182733	182742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021893	CGATA	2	10	187976	187985	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021893	TATGC	2	10	188927	188936	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021893	AAGAA	2	10	189092	189101	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021893	CTAAG	2	10	198669	198678	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021893	ATTTC	2	10	217197	217206	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021893	CAATA	2	10	220320	220329	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021893	TACAA	2	10	244031	244040	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_021893	TTTCA	2	10	260160	260169	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021893	AAAGC	2	10	294986	294995	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021893	TGTTT	2	10	297865	297874	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021893	GCAAC	2	10	329914	329923	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021893	CTTGT	2	10	329974	329983	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_021893	CCTTT	2	10	330432	330441	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021893	AAGGC	2	10	358177	358186	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021893	GCTTC	2	10	360288	360297	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021893	AGTAG	2	10	360365	360374	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021893	TCTCT	2	10	363936	363945	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021893	AACAA	2	10	364319	364328	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021893	AAAAC	2	10	364643	364652	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021893	AAGCG	2	10	400159	400168	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021893	GTATA	2	10	412406	412415	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021893	AGCAA	2	10	412442	412451	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021893	AAAAT	2	10	414291	414300	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021893	CTCTT	2	10	424360	424369	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021893	TAAAA	2	10	426902	426911	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021893	AGAAA	2	10	432576	432585	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021893	CTCTT	2	10	432615	432624	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_021893	GAAGA	2	10	432625	432634	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021893	AAATT	2	10	432904	432913	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021893	AATTT	2	10	432925	432934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021893	TAAAA	2	10	461133	461142	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021893	CAAAA	2	10	481539	481548	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021893	AATCT	2	10	498881	498890	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021893	TTTCT	2	10	504481	504490	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021893	CCTTT	2	10	505490	505499	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021893	TAAAA	2	10	510505	510514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021893	AGGAA	2	10	512489	512498	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021893	ATGAA	2	10	512512	512521	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021893	TCCTC	2	10	513611	513620	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_021893	TTGGA	2	10	519952	519961	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021893	CAAAA	2	10	520718	520727	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021893	TTTTC	2	10	532744	532753	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021893	AAAAG	2	10	554011	554020	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021893	GAAAA	2	10	561193	561202	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021893	ATTTT	2	10	562630	562639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021893	ATACT	2	10	568703	568712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021893	AAAGG	2	10	577659	577668	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021893	TTTCC	2	10	625277	625286	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021893	TTATT	2	10	645006	645015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021893	TCGTC	2	10	646109	646118	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021893	AGAAA	2	10	678694	678703	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021893	TTTAT	2	10	693691	693700	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021893	TCATG	2	10	693886	693895	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021893	AAAAC	2	10	697998	698007	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021893	GAAAA	2	10	703348	703357	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021893	TTATT	2	10	710410	710419	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021893	GAAGA	2	10	733312	733321	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021893	AGAAT	2	10	756123	756132	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021893	AGGGG	2	10	756354	756363	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021893	AAAAG	2	10	776929	776938	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021893	AGGTA	2	10	780328	780337	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021893	TCCTT	2	10	781511	781520	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021893	TTTCT	2	10	800936	800945	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021893	AGAAA	2	10	809468	809477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021893	AAGAG	2	10	821308	821317	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021893	CTTTT	2	10	855633	855642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021893	AGAAA	2	10	859984	859993	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021893	GAAGA	2	10	872158	872167	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021893	CTTTT	2	10	877677	877686	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021893	TAGAA	2	10	886146	886155	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021893	CTTTT	2	10	902180	902189	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021893	AGAGC	2	10	905213	905222	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021893	AAGAG	2	10	924883	924892	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021893	GCTAG	2	10	924909	924918	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021893	TCGTT	2	10	933295	933304	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021893	TTCTT	2	10	936252	936261	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_021893	GCCTG	2	10	952611	952620	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021893	CTTCA	2	10	958092	958101	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021893	CTAGT	2	10	964950	964959	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021893	TAAAA	2	10	980945	980954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021893	ATAAA	2	10	980976	980985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021893	TTGTT	2	10	1002097	1002106	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021893	TATTT	2	10	1004543	1004552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021893	TAGAA	2	10	1015966	1015975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021893	TTAGA	2	10	1020606	1020615	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021893	TTTTC	2	10	1034265	1034274	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021893	TTTTA	2	10	1038246	1038255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.