MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis J/6276tet1

Total Repeats: 365

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021892	AATG	2	8	466	473	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021892	CTAT	2	8	800	807	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021892	AAGG	2	8	1307	1314	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021892	GGAG	2	8	6304	6311	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021892	TATG	2	8	6953	6960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021892	ATTT	2	8	7094	7101	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021892	TTTG	2	8	7186	7193	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021892	TATT	2	8	9308	9315	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021892	AGAA	2	8	11200	11207	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021892	AAGG	2	8	13435	13442	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021892	CAAA	2	8	16069	16076	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_021892	TGCG	2	8	18523	18530	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_021892	CGCT	2	8	21265	21272	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021892	TTAA	2	8	21286	21293	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021892	GTTA	2	8	21323	21330	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021892	GATC	2	8	21378	21385	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_021892	ATTG	2	8	27935	27942	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021892	TGTT	2	8	43812	43819	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021892	AATA	2	8	44050	44057	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021892	AAGT	2	8	47972	47979	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021892	TATT	2	8	52175	52182	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021892	GGAT	2	8	52256	52263	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021892	GTTT	2	8	54035	54042	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021892	TGTT	2	8	54043	54050	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021892	TAAT	2	8	54088	54095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021892	AGCT	2	8	56504	56511	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
27	NC_021892	TTTG	2	8	56816	56823	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021892	GGTT	2	8	57276	57283	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021892	AGAA	2	8	58137	58144	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021892	AGGT	2	8	58177	58184	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021892	TAGA	2	8	58856	58863	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021892	TGAA	2	8	58961	58968	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021892	ACAA	2	8	67436	67443	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021892	AAGG	2	8	67534	67541	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021892	GATA	2	8	72015	72022	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021892	TCTA	2	8	76674	76681	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021892	GTTT	2	8	79449	79456	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021892	ATTC	2	8	79652	79659	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_021892	GGTT	2	8	79802	79809	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021892	GTTT	2	8	88108	88115	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021892	TTTA	2	8	88131	88138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021892	GTTT	2	8	88143	88150	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021892	GTTT	2	8	88194	88201	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021892	AACA	2	8	88207	88214	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021892	GAAT	2	8	90461	90468	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021892	AAGT	2	8	90493	90500	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021892	AAAT	2	8	93739	93746	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021892	CATT	2	8	94386	94393	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_021892	TATT	2	8	97769	97776	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021892	AAGA	2	8	106756	106763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021892	ATTG	2	8	117992	117999	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021892	CTGG	2	8	120455	120462	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021892	GTTT	2	8	134954	134961	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021892	ATCT	2	8	151672	151679	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021892	GCTG	2	8	151711	151718	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021892	AACG	2	8	152534	152541	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021892	TGTT	2	8	152703	152710	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021892	CTTT	2	8	153334	153341	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021892	TGTT	2	8	157284	157291	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021892	AAAG	2	8	158127	158134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021892	TTTA	2	8	158136	158143	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021892	TAAT	2	8	158253	158260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021892	TAAT	2	8	159089	159096	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021892	GCTT	2	8	161725	161732	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021892	CTTC	2	8	165796	165803	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021892	TTAG	2	8	170204	170211	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021892	AAAC	2	8	171951	171958	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021892	GTAT	2	8	173133	173140	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021892	GGAA	2	8	178321	178328	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021892	GCTG	2	8	178488	178495	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021892	TTTC	2	8	178775	178782	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_021892	TTGA	2	8	179503	179510	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021892	TTCC	2	8	181151	181158	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021892	AAAC	2	8	181254	181261	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021892	AAAG	2	8	182529	182536	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021892	AAGA	2	8	182547	182554	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021892	AAAG	2	8	182727	182734	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021892	AAAC	2	8	187927	187934	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_021892	GGAC	2	8	188286	188293	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021892	GTGC	2	8	191980	191987	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021892	ATTT	2	8	196704	196711	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021892	ACGA	2	8	202822	202829	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021892	GAAA	2	8	203108	203115	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021892	CCTT	2	8	216242	216249	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_021892	CTAT	2	8	219969	219976	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021892	GCAA	2	8	220213	220220	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021892	AATT	2	8	221548	221555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021892	CTTG	2	8	221897	221904	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021892	AAAC	2	8	225627	225634	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_021892	TCCT	2	8	228252	228259	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021892	AGAA	2	8	241959	241966	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021892	AAAT	2	8	243867	243874	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021892	AAGA	2	8	243886	243893	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021892	TTTC	2	8	246487	246494	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021892	TAAA	2	8	247321	247328	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021892	AATA	2	8	250979	250986	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021892	GAAA	2	8	252599	252606	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021892	GCAG	2	8	252648	252655	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_021892	CCAA	2	8	254564	254571	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_021892	AAAC	2	8	255162	255169	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021892	TAAA	2	8	264570	264577	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021892	CAAA	2	8	267505	267512	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021892	ATTT	2	8	274018	274025	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021892	GTTT	2	8	279860	279867	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021892	AAAG	2	8	279895	279902	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021892	TGCC	2	8	280383	280390	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_021892	GGGA	2	8	284231	284238	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021892	TAAA	2	8	285373	285380	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021892	GATA	2	8	287033	287040	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021892	AATC	2	8	292158	292165	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021892	ACAA	2	8	297922	297929	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021892	GCTT	2	8	299252	299259	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_021892	CCCT	2	8	299819	299826	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
114	NC_021892	ACTA	2	8	302068	302075	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_021892	TAAA	2	8	302291	302298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021892	TCCA	2	8	305450	305457	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_021892	TCCC	2	8	305652	305659	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
118	NC_021892	ATTG	2	8	306837	306844	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021892	AATA	2	8	318213	318220	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021892	TAAA	2	8	318234	318241	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021892	CAGA	2	8	318242	318249	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_021892	AATA	2	8	318309	318316	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021892	CAAT	2	8	327922	327929	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021892	GCTA	2	8	328612	328619	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_021892	TTAA	2	8	333955	333962	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021892	CAGT	2	8	334301	334308	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_021892	TTGT	2	8	334439	334446	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021892	CAAG	2	8	340487	340494	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_021892	TTTA	2	8	363994	364001	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021892	CAAA	2	8	364288	364295	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_021892	TAGT	2	8	364598	364605	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021892	GCTT	2	8	368657	368664	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_021892	TAAA	2	8	368935	368942	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021892	AAAT	2	8	369854	369861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021892	CCTT	2	8	369876	369883	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_021892	ATCT	2	8	369909	369916	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021892	TAAA	2	8	381688	381695	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021892	TTTA	2	8	391655	391662	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021892	GATT	2	8	392414	392421	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021892	AATT	2	8	392463	392470	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021892	ATAA	2	8	392523	392530	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021892	TTAT	2	8	395856	395863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021892	GCAA	2	8	395909	395916	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_021892	TCAT	2	8	405203	405210	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_021892	CAAA	2	8	407339	407346	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_021892	ATTT	2	8	416758	416765	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021892	AGAA	2	8	416768	416775	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021892	ATTA	2	8	418557	418564	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021892	ACTG	2	8	425051	425058	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_021892	CTTT	2	8	425070	425077	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021892	TTCT	2	8	428615	428622	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_021892	AACT	2	8	430847	430854	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
153	NC_021892	CAAA	2	8	431195	431202	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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363	NC_021892	GGAT	2	8	1080409	1080416	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
364	NC_021892	AGTG	2	8	1080899	1080906	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.