MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis RC-F(s)/852

Total Repeats: 123

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021888	TATTT	2	10	7034	7043	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021888	AAAGA	2	10	33096	33105	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021888	TGCAA	2	10	42330	42339	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021888	CAAAA	2	10	42648	42657	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021888	GAAGA	2	10	48014	48023	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021888	CTATT	2	10	49593	49602	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021888	ATTAA	2	10	51384	51393	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021888	AATTT	2	10	54167	54176	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021888	AAAAG	2	10	69071	69080	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021888	CTTGC	2	10	72014	72023	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021888	AAAAG	2	10	76764	76773	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021888	ATCAA	2	10	78462	78471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021888	TTTGT	2	10	85198	85207	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021888	AATAA	2	10	88197	88206	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021888	TTTAA	2	10	93733	93742	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021888	CTTTT	2	10	94268	94277	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021888	ACAAA	2	10	97814	97823	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021888	TTCCC	2	10	100553	100562	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_021888	GCTCT	2	10	114099	114108	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021888	GCTTC	2	10	122557	122566	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_021888	TTGCA	2	10	137040	137049	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021888	ATTCT	2	10	152515	152524	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021888	CTGTG	2	10	152718	152727	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021888	TTCTA	2	10	157296	157305	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021888	CAAAA	2	10	161752	161761	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021888	AGAGT	2	10	180825	180834	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021888	AGAAA	2	10	182549	182558	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021888	CGATA	2	10	185928	185937	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021888	AAAGT	2	10	188892	188901	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021888	AGCTT	2	10	191638	191647	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021888	CCATG	2	10	192579	192588	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021888	ACGAT	2	10	193930	193939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021888	TATGC	2	10	195315	195324	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021888	AAAGA	2	10	195355	195364	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021888	AAGAA	2	10	195486	195495	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021888	CTAAG	2	10	206060	206069	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021888	ATTTC	2	10	224590	224599	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021888	CAATA	2	10	227713	227722	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021888	TACAA	2	10	251422	251431	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021888	TTTCA	2	10	267551	267560	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021888	AAAGC	2	10	302377	302386	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021888	TGTTT	2	10	305256	305265	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021888	GCAAC	2	10	337305	337314	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021888	CTTGT	2	10	337365	337374	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021888	CCTTT	2	10	337823	337832	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021888	AAGGC	2	10	365569	365578	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021888	AGTAG	2	10	367759	367768	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021888	AGGGA	2	10	370096	370105	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021888	TCTCT	2	10	371311	371320	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_021888	AACAA	2	10	371693	371702	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021888	AAAAC	2	10	372015	372024	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021888	AAGCG	2	10	407531	407540	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021888	GTATA	2	10	419778	419787	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021888	AGCAA	2	10	419814	419823	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021888	AAAAT	2	10	421663	421672	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021888	CTCTT	2	10	431732	431741	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021888	TAAAA	2	10	434274	434283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021888	AGAAA	2	10	439948	439957	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021888	CTCTT	2	10	439987	439996	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021888	GAAGA	2	10	439997	440006	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021888	AAATT	2	10	440276	440285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021888	AATTT	2	10	440297	440306	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021888	ATAGA	2	10	453568	453577	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021888	TAAAA	2	10	468505	468514	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021888	CAAAA	2	10	488952	488961	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021888	AATCT	2	10	506293	506302	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021888	TTTCT	2	10	511892	511901	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021888	CCTTT	2	10	512901	512910	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021888	TAAAA	2	10	517918	517927	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021888	AGGAA	2	10	519841	519850	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021888	ATGAA	2	10	519865	519874	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021888	CAAAA	2	10	528092	528101	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_021888	TTTTC	2	10	539975	539984	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021888	AAAAG	2	10	561229	561238	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021888	GAAAA	2	10	568413	568422	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021888	ATTTT	2	10	569850	569859	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021888	ATACT	2	10	575923	575932	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021888	AAAGG	2	10	584879	584888	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021888	TTTCC	2	10	632473	632482	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021888	ATTAA	2	10	640427	640436	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021888	TCGTC	2	10	653325	653334	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021888	GCAAA	2	10	674891	674900	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021888	TATCG	2	10	676112	676121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021888	TAAAA	2	10	688946	688955	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021888	TTTAT	2	10	700901	700910	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021888	TCATG	2	10	701096	701105	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021888	AAAAC	2	10	705208	705217	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021888	TTATT	2	10	717622	717631	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021888	GAAGA	2	10	740514	740523	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021888	AGAAT	2	10	763324	763333	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021888	AGGGG	2	10	763555	763564	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021888	AGGTA	2	10	787507	787516	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021888	TCCTT	2	10	788690	788699	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021888	TTTCT	2	10	808106	808115	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021888	AGAAA	2	10	816638	816647	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021888	AAGAG	2	10	828477	828486	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021888	CTTTT	2	10	862769	862778	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021888	AGAAA	2	10	867121	867130	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021888	GAAGA	2	10	879295	879304	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021888	AGAAT	2	10	884547	884556	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021888	GAAGC	2	10	890512	890521	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021888	AAGGC	2	10	893228	893237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021888	AATTA	2	10	893397	893406	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021888	GAAAA	2	10	916995	917004	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021888	GAACG	2	10	917614	917623	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021888	CTTTT	2	10	922588	922597	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021888	TAGAA	2	10	931057	931066	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021888	CTTTT	2	10	947097	947106	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_021888	TTTTA	2	10	947842	947851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021888	AGAGC	2	10	950130	950139	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_021888	AAGAG	2	10	969803	969812	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021888	GCTAG	2	10	969829	969838	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021888	TCGTT	2	10	978225	978234	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021888	TTCTT	2	10	981181	981190	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021888	CTTCA	2	10	1003066	1003075	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_021888	CTAGT	2	10	1009923	1009932	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021888	TAAAA	2	10	1025915	1025924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021888	CGGGG	2	10	1047356	1047365	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021888	TATTT	2	10	1049514	1049523	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021888	TAGAA	2	10	1060942	1060951	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021888	AAAAT	2	10	1060973	1060982	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021888	ATATT	2	10	1083212	1083221	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021888	TTTTA	2	10	1083266	1083275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.