MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chthonomonas calidirosea T49 complete genome

Total Repeats: 326

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021487	TCCTT	2	10	4937	4946	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021487	GGTTT	2	10	9235	9244	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021487	TTTTA	2	10	9297	9306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021487	TTTAG	2	10	10249	10258	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021487	TTTAG	2	10	13090	13099	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021487	GAGCT	2	10	13420	13429	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021487	TATCT	2	10	22598	22607	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021487	TATGC	2	10	22624	22633	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021487	GGATA	2	10	30964	30973	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021487	CTTTG	2	10	39209	39218	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021487	ATAGA	2	10	44173	44182	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021487	GTGGA	2	10	44183	44192	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021487	GATGA	2	10	49879	49888	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021487	GCCCT	2	10	53723	53732	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021487	CCCTT	2	10	84454	84463	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_021487	TTTCC	2	10	98216	98225	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_021487	GACTA	2	10	154721	154730	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021487	GCCTT	2	10	155566	155575	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021487	TCGTG	2	10	156810	156819	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021487	CCCAT	2	10	156854	156863	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
21	NC_021487	CGTCA	2	10	157147	157156	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_021487	TCTTG	2	10	157508	157517	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021487	GTTGA	2	10	159843	159852	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021487	TAGAA	2	10	159904	159913	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021487	CACGA	2	10	159953	159962	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021487	TTGAG	2	10	175475	175484	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021487	GAACA	2	10	176622	176631	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021487	TGCAT	2	10	191012	191021	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021487	AGGTA	2	10	218552	218561	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021487	GCAAA	2	10	252750	252759	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021487	TAGGG	2	10	284727	284736	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021487	TTCCT	2	10	284767	284776	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021487	TGCCA	2	10	304000	304009	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021487	ATCGC	2	10	304271	304280	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_021487	AGAGC	2	10	304289	304298	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021487	AAACG	2	10	324521	324530	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021487	AGCGA	2	10	341169	341178	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021487	AGGAA	2	10	356213	356222	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021487	TTTTG	2	10	384934	384943	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021487	TGGGG	2	10	401977	401986	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021487	CATCA	2	10	413395	413404	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_021487	AAAAT	2	10	421120	421129	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021487	AGATT	2	10	429919	429928	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021487	ATTTG	2	10	439530	439539	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021487	CCCTC	2	10	440471	440480	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
46	NC_021487	TGATA	2	10	440528	440537	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021487	AAAAT	2	10	452295	452304	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021487	TCATT	2	10	463920	463929	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021487	CAGTA	2	10	464049	464058	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021487	CTTAG	2	10	466684	466693	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021487	CTTGA	2	10	479770	479779	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021487	GATTT	2	10	482656	482665	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021487	AGCCG	2	10	511883	511892	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021487	ATCCG	2	10	516162	516171	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021487	TTACG	2	10	519131	519140	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021487	CAAAA	2	10	523057	523066	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021487	ATGAA	2	10	545741	545750	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021487	GGAAT	2	10	549513	549522	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021487	TTGAC	2	10	552895	552904	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021487	TCTGC	2	10	574121	574130	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021487	ACCTC	2	10	586880	586889	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
62	NC_021487	GTGAT	2	10	593614	593623	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021487	TGTTC	2	10	612036	612045	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021487	TTGTG	2	10	612301	612310	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021487	ATCGT	2	10	613247	613256	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021487	TCCTC	2	10	616234	616243	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021487	CTGCT	2	10	633676	633685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_021487	GCAGG	2	10	669406	669415	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021487	TCTCT	2	10	671334	671343	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021487	GCTTC	2	10	683745	683754	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021487	AGCGT	2	10	691473	691482	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021487	CTCAC	2	10	700002	700011	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021487	TAAGG	2	10	712515	712524	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021487	AAAGC	2	10	805860	805869	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_021487	CCAAC	2	10	835476	835485	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_021487	AGGCG	2	10	835512	835521	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021487	AGGAA	2	10	837618	837627	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021487	ATGGA	2	10	840369	840378	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021487	CTCAT	2	10	840510	840519	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021487	AATGG	2	10	855774	855783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021487	AAACT	2	10	860383	860392	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021487	ATGCC	2	10	860935	860944	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021487	TTGCA	2	10	902336	902345	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021487	CGCAC	2	10	920181	920190	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
85	NC_021487	TTCTC	2	10	921965	921974	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_021487	TCCTA	2	10	929501	929510	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021487	AGGAA	2	10	936495	936504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021487	GCTTG	2	10	955003	955012	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021487	CAGGT	2	10	981164	981173	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021487	CGATT	2	10	1004951	1004960	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021487	TTCCT	2	10	1009038	1009047	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
92	NC_021487	TACGC	2	10	1019953	1019962	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021487	CCCCA	2	10	1020114	1020123	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
94	NC_021487	CAGAA	2	10	1026334	1026343	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021487	TCTCT	2	10	1040011	1040020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021487	CGCCT	2	10	1045286	1045295	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
97	NC_021487	AGGAG	2	10	1085042	1085051	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021487	ACCTT	2	10	1101438	1101447	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021487	CTTTT	2	10	1123154	1123163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021487	GGAAA	2	10	1132390	1132399	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021487	TCCGC	2	10	1133754	1133763	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
102	NC_021487	CAAAC	2	10	1142011	1142020	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_021487	GAGTA	2	10	1143197	1143206	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021487	CTTCG	2	10	1158235	1158244	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021487	CTCTC	2	10	1161700	1161709	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
106	NC_021487	CATCT	2	10	1170977	1170986	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_021487	AACTC	2	10	1189859	1189868	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021487	ACCTC	2	10	1239065	1239074	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_021487	CCTTC	2	10	1239152	1239161	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_021487	AGGAG	2	10	1252651	1252660	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021487	AAGGA	2	10	1297208	1297217	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021487	AGAAC	2	10	1298436	1298445	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021487	TGCGT	2	10	1298832	1298841	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021487	AGGAC	2	10	1310772	1310781	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_021487	GAAAG	2	10	1323294	1323303	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021487	CTTTT	2	10	1340870	1340879	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_021487	CACTG	2	10	1342877	1342886	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_021487	AGCGA	2	10	1346839	1346848	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021487	ATAGA	2	10	1353614	1353623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021487	ACCGC	2	10	1403580	1403589	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_021487	CTTCT	2	10	1435715	1435724	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_021487	CGCAA	2	10	1447540	1447549	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021487	TCCAT	2	10	1453938	1453947	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_021487	GGGAG	2	10	1470243	1470252	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021487	GCACG	2	10	1470298	1470307	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021487	CCACT	2	10	1470750	1470759	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
127	NC_021487	ACAGA	2	10	1475590	1475599	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021487	TTATA	2	10	1484626	1484635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021487	TGTAG	2	10	1497348	1497357	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021487	CCAGC	2	10	1516302	1516311	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_021487	TCATT	2	10	1529252	1529261	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_021487	CCTAC	2	10	1561337	1561346	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
133	NC_021487	CACGA	2	10	1569163	1569172	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_021487	GAAAG	2	10	1573259	1573268	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021487	GTTTT	2	10	1578569	1578578	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021487	AAGCG	2	10	1583726	1583735	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021487	ACGTT	2	10	1591061	1591070	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021487	GCGTC	2	10	1611640	1611649	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021487	TCCTT	2	10	1615648	1615657	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_021487	CGCAT	2	10	1615784	1615793	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_021487	GAAGG	2	10	1616221	1616230	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021487	TATAG	2	10	1616303	1616312	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021487	CAAAG	2	10	1616646	1616655	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021487	TAGGA	2	10	1617473	1617482	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021487	CTATT	2	10	1618958	1618967	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021487	TACCC	2	10	1655321	1655330	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
147	NC_021487	TCCTT	2	10	1656679	1656688	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
148	NC_021487	GTTCT	2	10	1661114	1661123	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
149	NC_021487	TTCTC	2	10	1661755	1661764	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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160	NC_021487	GGCCT	2	10	1785981	1785990	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_021487	GGTAC	2	10	1788336	1788345	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_021487	CGTTT	2	10	1788390	1788399	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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278	NC_021487	ATGGT	2	10	2925515	2925524	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
279	NC_021487	ATATA	2	10	2933920	2933929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_021487	ATTGT	2	10	2953798	2953807	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
281	NC_021487	AAGCG	2	10	2990417	2990426	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
282	NC_021487	AAAGC	2	10	3006887	3006896	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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284	NC_021487	TAAAA	2	10	3021552	3021561	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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321	NC_021487	TTTTA	2	10	3329283	3329292	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_021487	GGAGA	2	10	3357910	3357919	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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325	NC_021487	GTCTT	2	10	3408562	3408571	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
326	NC_021487	AGGGA	2	10	3434426	3434435	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.