MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/CV204 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020976	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020976	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020976	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020976	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020976	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020976	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020976	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020976	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020976	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020976	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020976	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020976	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020976	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020976	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020976	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020976	TGTT	2	8	44345	44352	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020976	AATA	2	8	44583	44590	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020976	AAGT	2	8	48505	48512	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020976	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020976	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020976	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020976	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020976	CAGA	2	8	61351	61358	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020976	ACAA	2	8	67995	68002	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020976	AAGG	2	8	68093	68100	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020976	GATA	2	8	72562	72569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020976	TCTA	2	8	77221	77228	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020976	GTTT	2	8	79995	80002	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020976	GGTT	2	8	80350	80357	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020976	GTTT	2	8	88657	88664	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020976	TTTA	2	8	88680	88687	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020976	GTTT	2	8	88692	88699	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020976	GTTT	2	8	88743	88750	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020976	AACA	2	8	88756	88763	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020976	GAAT	2	8	91010	91017	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020976	AAGT	2	8	91042	91049	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020976	AAAT	2	8	94288	94295	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020976	CATT	2	8	94936	94943	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020976	TATT	2	8	98320	98327	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020976	GATA	2	8	100209	100216	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020976	AAGA	2	8	107302	107309	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020976	CTGG	2	8	121016	121023	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020976	TTCC	2	8	123213	123220	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020976	GTTT	2	8	135590	135597	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020976	ATCT	2	8	152309	152316	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020976	GCTG	2	8	152348	152355	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020976	TGTT	2	8	157923	157930	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020976	AAAG	2	8	158765	158772	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020976	TTTA	2	8	158774	158781	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020976	TAAT	2	8	158891	158898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020976	TAAT	2	8	159727	159734	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020976	GCTT	2	8	162372	162379	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020976	CTTC	2	8	166443	166450	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_020976	TTAG	2	8	170851	170858	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020976	AAAC	2	8	172598	172605	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020976	GTAT	2	8	173780	173787	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020976	GGAA	2	8	178966	178973	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020976	TTGA	2	8	180152	180159	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020976	TTCC	2	8	181799	181806	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020976	TCTA	2	8	181867	181874	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020976	AATT	2	8	182001	182008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020976	AAGA	2	8	183355	183362	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020976	TCGC	2	8	184217	184224	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020976	AAAC	2	8	188661	188668	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020976	GGAC	2	8	189020	189027	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020976	CTTT	2	8	190232	190239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020976	ACGA	2	8	199106	199113	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020976	GAAA	2	8	199392	199399	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020976	TAAA	2	8	200192	200199	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020976	CCTT	2	8	212526	212533	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_020976	CTAT	2	8	216252	216259	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020976	GCAA	2	8	216496	216503	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020976	AATT	2	8	217833	217840	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020976	CTTG	2	8	218182	218189	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020976	AAAC	2	8	221912	221919	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_020976	TCCT	2	8	224536	224543	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020976	AAAT	2	8	240151	240158	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020976	AAGA	2	8	240170	240177	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020976	TTTC	2	8	242771	242778	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_020976	TAAA	2	8	243605	243612	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020976	AATA	2	8	247264	247271	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020976	GCAG	2	8	248926	248933	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020976	CCAA	2	8	250857	250864	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_020976	AAAC	2	8	251465	251472	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020976	TAAA	2	8	260873	260880	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020976	CAAA	2	8	263808	263815	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_020976	ATTT	2	8	270318	270325	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020976	GTTT	2	8	276160	276167	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020976	AAAG	2	8	276195	276202	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020976	TGCC	2	8	276683	276690	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020976	GGGA	2	8	280531	280538	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020976	TAAA	2	8	281673	281680	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020976	GATA	2	8	283334	283341	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020976	AATC	2	8	288459	288466	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020976	ACAA	2	8	294226	294233	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020976	GCTT	2	8	295556	295563	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_020976	CCCT	2	8	296123	296130	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_020976	ACTA	2	8	298372	298379	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_020976	TAAA	2	8	298595	298602	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020976	TCCA	2	8	301754	301761	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020976	TCCC	2	8	301956	301963	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
102	NC_020976	ATTG	2	8	303140	303147	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020976	AATA	2	8	314529	314536	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020976	TAAA	2	8	314550	314557	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020976	CAGA	2	8	314558	314565	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020976	AATA	2	8	314625	314632	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020976	AATT	2	8	318541	318548	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020976	GCTA	2	8	324927	324934	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020976	TTAA	2	8	330270	330277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020976	CAGT	2	8	330615	330622	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020976	CAAG	2	8	336804	336811	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020976	CGAT	2	8	345013	345020	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020976	TTTA	2	8	360310	360317	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020976	CAAA	2	8	360604	360611	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020976	TAGT	2	8	360913	360920	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020976	GCTT	2	8	364966	364973	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020976	TAAA	2	8	365246	365253	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020976	AAAT	2	8	366165	366172	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020976	ATCT	2	8	366220	366227	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020976	TAAA	2	8	377999	378006	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020976	TTTA	2	8	387967	387974	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020976	GATT	2	8	388726	388733	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020976	AATT	2	8	388775	388782	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020976	ATAA	2	8	388835	388842	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020976	TTAT	2	8	392168	392175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020976	GCAA	2	8	392214	392221	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020976	TCAT	2	8	401511	401518	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020976	CAAA	2	8	403647	403654	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020976	ATTT	2	8	413064	413071	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020976	AGAA	2	8	413074	413081	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020976	ATTA	2	8	414863	414870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020976	GTAA	2	8	423258	423265	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020976	GAAA	2	8	423307	423314	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020976	TTCT	2	8	424926	424933	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020976	AACT	2	8	427158	427165	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020976	CAAA	2	8	427505	427512	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020976	ACTC	2	8	432196	432203	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020976	AAAC	2	8	437228	437235	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020976	AAAT	2	8	437370	437377	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020976	TAAC	2	8	439936	439943	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020976	AATT	2	8	444800	444807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020976	AAAC	2	8	444813	444820	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020976	CTTC	2	8	444955	444962	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020976	TCTT	2	8	450620	450627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020976	TAAT	2	8	450633	450640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020976	GCAA	2	8	454287	454294	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020976	CTTT	2	8	461836	461843	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020976	TTCT	2	8	463277	463284	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020976	CAAA	2	8	463302	463309	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020976	AGAA	2	8	482332	482339	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020976	AACA	2	8	485929	485936	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020976	TAAA	2	8	485992	485999	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.