MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L1/1322/p2 high quality draft genome

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020972	AAGG	2	8	1906	1913	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020972	GGAG	2	8	6903	6910	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020972	TATG	2	8	7552	7559	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020972	ATTT	2	8	7693	7700	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020972	TTTG	2	8	7785	7792	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020972	TATT	2	8	9908	9915	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020972	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020972	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020972	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020972	GCCA	2	8	21620	21627	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020972	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020972	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020972	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020972	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020972	ATTG	2	8	28537	28544	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020972	TGTT	2	8	44344	44351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020972	AATA	2	8	44582	44589	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020972	AAGT	2	8	48504	48511	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020972	TATT	2	8	52768	52775	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020972	GTTT	2	8	54628	54635	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020972	TGTT	2	8	54636	54643	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020972	TAAT	2	8	54680	54687	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020972	CAGA	2	8	61354	61361	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020972	ACAA	2	8	67998	68005	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020972	AAGG	2	8	68096	68103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020972	GATA	2	8	72565	72572	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020972	TCTA	2	8	77224	77231	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020972	GTTT	2	8	79998	80005	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020972	GGTT	2	8	80353	80360	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020972	GTTT	2	8	88660	88667	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020972	TTTA	2	8	88683	88690	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020972	GTTT	2	8	88695	88702	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020972	GTTT	2	8	88746	88753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020972	AACA	2	8	88759	88766	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020972	GAAT	2	8	91013	91020	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020972	AAGT	2	8	91045	91052	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020972	AAAT	2	8	94291	94298	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020972	CATT	2	8	94938	94945	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020972	TATT	2	8	98321	98328	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020972	GATA	2	8	100210	100217	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020972	AAGA	2	8	107303	107310	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020972	CTGG	2	8	121017	121024	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020972	TTCC	2	8	123214	123221	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_020972	GTTT	2	8	135591	135598	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020972	ATCT	2	8	152311	152318	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020972	GCTG	2	8	152350	152357	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_020972	TGTT	2	8	157925	157932	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020972	AAAG	2	8	158767	158774	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020972	TTTA	2	8	158776	158783	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020972	TAAT	2	8	158893	158900	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020972	GCTT	2	8	162374	162381	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020972	CTTC	2	8	166445	166452	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020972	TTAG	2	8	170853	170860	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020972	AAAC	2	8	172600	172607	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020972	GTAT	2	8	173782	173789	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020972	GGAA	2	8	178968	178975	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020972	TTGA	2	8	180154	180161	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020972	TTCC	2	8	181801	181808	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020972	TCTA	2	8	181869	181876	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020972	AATT	2	8	182003	182010	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020972	AAGA	2	8	183357	183364	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020972	TCGC	2	8	184219	184226	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020972	AAAC	2	8	188662	188669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020972	GGAC	2	8	189021	189028	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_020972	CTTT	2	8	190232	190239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020972	ACGA	2	8	199105	199112	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020972	GAAA	2	8	199391	199398	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020972	TAAA	2	8	200191	200198	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020972	CCTT	2	8	212525	212532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020972	CTAT	2	8	216251	216258	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020972	GCAA	2	8	216495	216502	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020972	AATT	2	8	217832	217839	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020972	CTTG	2	8	218181	218188	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020972	AAAC	2	8	221911	221918	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_020972	TCCT	2	8	224535	224542	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_020972	AAAT	2	8	240150	240157	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020972	AAGA	2	8	240169	240176	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020972	TTTC	2	8	242770	242777	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_020972	TAAA	2	8	243604	243611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020972	AATA	2	8	247263	247270	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020972	GCAG	2	8	248925	248932	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_020972	CCAA	2	8	250856	250863	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020972	AAAC	2	8	251464	251471	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020972	TAAA	2	8	260872	260879	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020972	CAAA	2	8	263807	263814	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020972	ATTT	2	8	270317	270324	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020972	GTTT	2	8	276159	276166	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020972	AAAG	2	8	276194	276201	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020972	TGCC	2	8	276682	276689	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020972	GGGA	2	8	280530	280537	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020972	TAAA	2	8	281672	281679	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020972	GATA	2	8	283333	283340	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020972	AATC	2	8	288458	288465	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020972	ACAA	2	8	294225	294232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020972	GCTT	2	8	295555	295562	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020972	CCCT	2	8	296122	296129	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020972	ACTA	2	8	298371	298378	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020972	TAAA	2	8	298594	298601	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020972	TCCA	2	8	301753	301760	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020972	TCCC	2	8	301955	301962	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_020972	ATTG	2	8	303139	303146	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020972	AATA	2	8	314528	314535	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020972	TAAA	2	8	314549	314556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020972	CAGA	2	8	314557	314564	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020972	AATA	2	8	314624	314631	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020972	AATT	2	8	318540	318547	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020972	TTTC	2	8	318632	318639	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020972	GCTA	2	8	324928	324935	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020972	TTAA	2	8	330271	330278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020972	CAGT	2	8	330616	330623	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020972	CAAG	2	8	336805	336812	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_020972	CGAT	2	8	345014	345021	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020972	TTTA	2	8	360311	360318	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020972	CAAA	2	8	360605	360612	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020972	TAGT	2	8	360915	360922	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020972	GCTT	2	8	364968	364975	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
117	NC_020972	TAAA	2	8	365248	365255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020972	AAAT	2	8	366167	366174	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020972	ATCT	2	8	366222	366229	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020972	TAAA	2	8	378001	378008	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020972	TTTA	2	8	387969	387976	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020972	GATT	2	8	388728	388735	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020972	AATT	2	8	388777	388784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020972	ATAA	2	8	388837	388844	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020972	TTAT	2	8	392170	392177	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020972	GCAA	2	8	392216	392223	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020972	TCAT	2	8	401513	401520	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020972	CAAA	2	8	403649	403656	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020972	ATTT	2	8	413067	413074	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020972	AGAA	2	8	413077	413084	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020972	ATTA	2	8	414866	414873	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020972	GTAA	2	8	423262	423269	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020972	GAAA	2	8	423311	423318	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020972	TTCT	2	8	424930	424937	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020972	AACT	2	8	427162	427169	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020972	CAAA	2	8	427509	427516	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020972	ACTC	2	8	432200	432207	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020972	AAAC	2	8	437232	437239	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020972	AAAT	2	8	437374	437381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020972	TAAC	2	8	439940	439947	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020972	AATT	2	8	444804	444811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020972	AAAC	2	8	444817	444824	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020972	CTTC	2	8	444959	444966	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_020972	TCTT	2	8	450624	450631	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020972	TAAT	2	8	450637	450644	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020972	GCAA	2	8	454291	454298	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020972	CTTT	2	8	461840	461847	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020972	TTCT	2	8	463281	463288	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020972	CAAA	2	8	463306	463313	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020972	AGAA	2	8	482335	482342	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020972	AACA	2	8	485932	485939	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
152	NC_020972	TAAA	2	8	485995	486002	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.