MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 complete genome

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020970	CTAA	2	8	993533	993540	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2502	NC_020970	TAAG	2	8	993548	993555	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020970	AGA	2	6	993666	993671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020970	A	6	6	996077	996082	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020970	AAG	2	6	996140	996145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020970	T	8	8	996146	996153	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020970	GTA	2	6	996193	996198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020970	A	6	6	996223	996228	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_020970	T	6	6	996257	996262	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020970	TGA	2	6	997728	997733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020970	TAT	2	6	997741	997746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_020970	CCTT	2	8	997771	997778	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2513	NC_020970	A	6	6	999388	999393	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020970	T	7	7	999394	999400	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_020970	T	7	7	999403	999409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_020970	T	6	6	999411	999416	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020970	TC	3	6	999432	999437	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2518	NC_020970	TAA	2	6	999440	999445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020970	ATA	2	6	999448	999453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020970	CTTT	2	8	999488	999495	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2521	NC_020970	GA	3	6	999513	999518	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020970	TCT	2	6	999533	999538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2523	NC_020970	TTC	2	6	999569	999574	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2524	NC_020970	GGAA	2	8	999590	999597	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020970	GGA	2	6	999603	999608	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_020970	ATT	2	6	999618	999623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_020970	A	6	6	999892	999897	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2529	NC_020970	TAA	2	6	1003370	1003375	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_020970	T	8	8	1003395	1003402	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_020970	A	6	6	1005219	1005224	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_020970	GAAG	2	8	1005234	1005241	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_020970	AG	3	6	1005254	1005259	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_020970	CGCC	2	8	1006673	1006680	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2535	NC_020970	CGGGG	2	10	1006696	1006705	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2536	NC_020970	CTG	2	6	1008444	1008449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2537	NC_020970	AG	3	6	1008503	1008508	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_020970	CT	3	6	1008517	1008522	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2539	NC_020970	AGT	2	6	1008583	1008588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2542	NC_020970	G	6	6	1008678	1008683	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2543	NC_020970	CAA	2	6	1008717	1008722	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2544	NC_020970	AG	3	6	1008805	1008810	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020970	T	6	6	1008831	1008836	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_020970	AAG	2	6	1008837	1008842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_020970	TATTT	2	10	1008854	1008863	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_020970	GTG	2	6	1008881	1008886	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020970	T	6	6	1008899	1008904	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2552	NC_020970	CTGT	2	8	1009069	1009076	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2553	NC_020970	TA	3	6	1009086	1009091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020970	ATT	2	6	1009116	1009121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020970	TAA	2	6	1010501	1010506	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020970	TTG	2	6	1012435	1012440	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020970	TAA	2	6	1012451	1012456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020970	AGG	2	6	1018489	1018494	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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2560	NC_020970	AT	3	6	1018569	1018574	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020970	AGG	2	6	1018579	1018584	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020970	CAT	2	6	1018595	1018600	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2563	NC_020970	GTA	2	6	1018621	1018626	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_020970	GAA	2	6	1018634	1018639	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020970	T	8	8	1018679	1018686	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_020970	AGA	2	6	1018738	1018743	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020970	AGA	2	6	1018753	1018758	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020970	GGT	2	6	1018827	1018832	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_020970	TCT	2	6	1018922	1018927	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2572	NC_020970	TTA	2	6	1020222	1020227	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2575	NC_020970	TCC	2	6	1020302	1020307	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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2582	NC_020970	AT	3	6	1026218	1026223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2595	NC_020970	CT	3	6	1038771	1038776	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2596	NC_020970	AG	3	6	1038785	1038790	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020970	CAAA	2	8	1038810	1038817	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2598	NC_020970	T	8	8	1038827	1038834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_020970	A	6	6	1038838	1038843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2600	NC_020970	AAG	2	6	1038922	1038927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020970	TGG	2	6	1038956	1038961	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020970	ATTTTT	2	12	1038964	1038975	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020970	AAT	2	6	1038976	1038981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020970	A	6	6	1038982	1038987	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2605	NC_020970	TTA	2	6	1039020	1039025	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_020970	TAC	2	6	1039088	1039093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2607	NC_020970	CA	3	6	1039188	1039193	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2608	NC_020970	AGA	2	6	1039224	1039229	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020970	TCA	2	6	1039232	1039237	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2610	NC_020970	A	7	7	1039646	1039652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020970	AG	4	8	1039664	1039671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020970	AGA	2	6	1042381	1042386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020970	A	8	8	1042396	1042403	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020970	TAA	2	6	1042405	1042410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020970	A	6	6	1042525	1042530	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020970	AAT	2	6	1042534	1042539	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2617	NC_020970	TTATT	2	10	1042553	1042562	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_020970	T	7	7	1042568	1042574	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2619	NC_020970	TAAAAT	2	12	1042587	1042598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2620	NC_020970	TTTTA	2	10	1042603	1042612	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2621	NC_020970	GGTT	2	8	1042619	1042626	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.