MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE4 complte genome

Total Repeats: 343

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020969	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020969	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020969	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020969	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020969	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020969	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020969	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020969	AAGG	2	8	14028	14035	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020969	CAAA	2	8	16662	16669	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020969	CGCT	2	8	21858	21865	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020969	TTAA	2	8	21879	21886	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020969	GTTA	2	8	21916	21923	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020969	GATC	2	8	21971	21978	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020969	ATTG	2	8	28528	28535	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020969	TGTT	2	8	44405	44412	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020969	AATA	2	8	44644	44651	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020969	AAGT	2	8	48567	48574	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020969	TATT	2	8	52660	52667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020969	GTTT	2	8	54520	54527	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020969	TGTT	2	8	54528	54535	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020969	TAAT	2	8	54572	54579	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020969	CAGA	2	8	61184	61191	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020969	ACAA	2	8	67828	67835	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020969	AAGG	2	8	67926	67933	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020969	GATA	2	8	72407	72414	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020969	TCTA	2	8	77066	77073	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020969	GTTT	2	8	79840	79847	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020969	ATTC	2	8	80043	80050	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020969	GGTT	2	8	80193	80200	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020969	GTTT	2	8	88500	88507	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020969	TTTA	2	8	88523	88530	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020969	GTTT	2	8	88535	88542	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020969	GTTT	2	8	88586	88593	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020969	GAAT	2	8	90853	90860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020969	AAGT	2	8	90885	90892	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020969	AAAT	2	8	94130	94137	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020969	TATT	2	8	98155	98162	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020969	AAGA	2	8	107142	107149	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020969	CTGG	2	8	120842	120849	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_020969	GTTT	2	8	135344	135351	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020969	ATCT	2	8	152063	152070	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020969	GCTG	2	8	152102	152109	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020969	TGTT	2	8	157678	157685	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020969	AAAG	2	8	158520	158527	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020969	TTTA	2	8	158529	158536	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020969	TAAT	2	8	158646	158653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020969	TAAT	2	8	159481	159488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020969	GCTT	2	8	162117	162124	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
49	NC_020969	CTTC	2	8	166188	166195	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_020969	TTAG	2	8	170597	170604	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020969	AAAC	2	8	172344	172351	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020969	GTAT	2	8	173526	173533	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020969	GGAA	2	8	178714	178721	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020969	TTCC	2	8	181125	181132	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_020969	AAAC	2	8	181228	181235	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_020969	AAAG	2	8	182503	182510	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020969	AAGA	2	8	182521	182528	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020969	AAAG	2	8	182701	182708	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020969	AAAC	2	8	187919	187926	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020969	GGAC	2	8	188278	188285	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020969	ATGC	2	8	193094	193101	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020969	CTTT	2	8	193235	193242	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020969	ACGA	2	8	203108	203115	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020969	GAAA	2	8	203393	203400	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020969	CCTT	2	8	216530	216537	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020969	CTAT	2	8	220220	220227	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020969	GCAA	2	8	220464	220471	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020969	AATT	2	8	221800	221807	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020969	CTTG	2	8	222149	222156	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020969	AAAC	2	8	225879	225886	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020969	AAAT	2	8	244115	244122	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020969	AAGA	2	8	244134	244141	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020969	TTTC	2	8	246735	246742	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020969	TAAA	2	8	247569	247576	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020969	AATA	2	8	251227	251234	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020969	GAAA	2	8	252846	252853	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020969	GCAG	2	8	252895	252902	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020969	AGAA	2	8	252928	252935	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020969	CCAA	2	8	254811	254818	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020969	AAAC	2	8	255418	255425	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020969	TAAA	2	8	264823	264830	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020969	CAAA	2	8	267758	267765	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020969	ATAA	2	8	273991	273998	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020969	TCTA	2	8	274125	274132	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020969	ATTT	2	8	274271	274278	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020969	GTTT	2	8	280113	280120	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020969	AAAG	2	8	280148	280155	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020969	TGCC	2	8	280636	280643	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020969	GGGA	2	8	284484	284491	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020969	CAAA	2	8	284529	284536	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020969	TAAA	2	8	285626	285633	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020969	GATA	2	8	287287	287294	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020969	AATC	2	8	292412	292419	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020969	ACAA	2	8	298179	298186	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020969	GCTT	2	8	299509	299516	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020969	CCCT	2	8	300076	300083	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020969	TAAA	2	8	302548	302555	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020969	TCCA	2	8	305707	305714	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020969	TCCC	2	8	305909	305916	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_020969	ATTG	2	8	307094	307101	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020969	AATA	2	8	318483	318490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020969	TAAA	2	8	318504	318511	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020969	CAGA	2	8	318512	318519	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_020969	AATA	2	8	318579	318586	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020969	CAAT	2	8	328208	328215	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020969	GCTA	2	8	328898	328905	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020969	TTAA	2	8	334241	334248	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020969	CAGT	2	8	334587	334594	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020969	CAAG	2	8	340767	340774	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020969	GCAA	2	8	359574	359581	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020969	TTTA	2	8	364275	364282	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020969	CAAA	2	8	364569	364576	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020969	TAGT	2	8	364882	364889	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020969	GCTT	2	8	368915	368922	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020969	TAAA	2	8	369193	369200	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020969	AAAT	2	8	370111	370118	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020969	CCTT	2	8	370133	370140	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020969	ATCT	2	8	370166	370173	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020969	ACAA	2	8	370175	370182	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020969	TAAA	2	8	381949	381956	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020969	TTTA	2	8	391917	391924	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020969	GATT	2	8	392676	392683	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020969	AATT	2	8	392725	392732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020969	TTAT	2	8	396118	396125	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020969	GCAA	2	8	396171	396178	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020969	TCAT	2	8	405465	405472	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020969	CAAA	2	8	407601	407608	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020969	ATTT	2	8	417018	417025	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020969	AGAA	2	8	417028	417035	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020969	ATTA	2	8	418817	418824	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020969	TTCT	2	8	428875	428882	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020969	AACT	2	8	431107	431114	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020969	CAAA	2	8	431455	431462	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020969	ACTC	2	8	436147	436154	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020969	AAAC	2	8	441187	441194	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020969	AAAT	2	8	441329	441336	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020969	TAAC	2	8	443895	443902	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020969	AATT	2	8	448755	448762	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020969	AAAC	2	8	448768	448775	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020969	CTTC	2	8	448910	448917	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020969	TCTT	2	8	454575	454582	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020969	TAAT	2	8	454588	454595	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020969	GCAA	2	8	458242	458249	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020969	CTTT	2	8	465791	465798	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020969	TTCT	2	8	467232	467239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020969	CAAA	2	8	467257	467264	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020969	AGAA	2	8	486327	486334	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020969	AACA	2	8	489924	489931	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020969	TAAA	2	8	489987	489994	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020969	ATTT	2	8	503514	503521	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020969	TATT	2	8	504430	504437	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020969	TTTG	2	8	509527	509534	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.