MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 341

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020968	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020968	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020968	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020968	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020968	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020968	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020968	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020968	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020968	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020968	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020968	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020968	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020968	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020968	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020968	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020968	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020968	AAGT	2	8	48578	48585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020968	TATT	2	8	52780	52787	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020968	GTTT	2	8	54640	54647	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020968	TGTT	2	8	54648	54655	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020968	TAAT	2	8	54692	54699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020968	CAGA	2	8	61390	61397	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020968	ACAA	2	8	68040	68047	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020968	AAGG	2	8	68138	68145	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020968	GATA	2	8	72619	72626	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020968	TCTA	2	8	77278	77285	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020968	GTTT	2	8	80053	80060	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020968	ATTC	2	8	80256	80263	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020968	GGTT	2	8	80406	80413	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020968	GTTT	2	8	88711	88718	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020968	TTTA	2	8	88734	88741	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020968	GTTT	2	8	88746	88753	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020968	GTTT	2	8	88797	88804	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020968	AACA	2	8	88810	88817	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020968	GAAT	2	8	90944	90951	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020968	AAGT	2	8	90976	90983	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020968	AAAT	2	8	94222	94229	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020968	CATT	2	8	94869	94876	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020968	TATT	2	8	98252	98259	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020968	AAGA	2	8	107239	107246	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020968	CTGG	2	8	120939	120946	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020968	GTTT	2	8	135437	135444	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020968	TACA	2	8	144891	144898	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020968	ATCT	2	8	152156	152163	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020968	GCTG	2	8	152195	152202	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020968	TGTT	2	8	157771	157778	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020968	AAAG	2	8	158614	158621	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020968	TTTA	2	8	158623	158630	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020968	TAAT	2	8	158740	158747	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020968	TAAT	2	8	159576	159583	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020968	GCTT	2	8	162212	162219	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020968	CTTC	2	8	166283	166290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020968	TTAG	2	8	170691	170698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020968	AAAC	2	8	172438	172445	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020968	GTAT	2	8	173620	173627	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020968	GGAA	2	8	178808	178815	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020968	TTCC	2	8	181213	181220	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020968	AAAC	2	8	181316	181323	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020968	AAGA	2	8	182624	182631	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020968	AAAC	2	8	188062	188069	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020968	GGAC	2	8	188421	188428	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020968	ATGC	2	8	193236	193243	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020968	CTTT	2	8	193377	193384	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020968	ATTT	2	8	196826	196833	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020968	ACGA	2	8	202944	202951	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020968	GAAA	2	8	203230	203237	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020968	CCTT	2	8	216363	216370	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020968	CTAT	2	8	220090	220097	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020968	GCAA	2	8	220333	220340	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020968	AATT	2	8	221668	221675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020968	CTTG	2	8	222017	222024	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020968	AAAC	2	8	225747	225754	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020968	TCCT	2	8	228372	228379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020968	AAAT	2	8	243987	243994	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020968	AAGA	2	8	244006	244013	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020968	TTTC	2	8	246607	246614	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020968	TAAA	2	8	247441	247448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020968	AATA	2	8	251100	251107	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020968	GAAA	2	8	252720	252727	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020968	GCAG	2	8	252769	252776	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020968	AGAA	2	8	252802	252809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020968	CCAA	2	8	254686	254693	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020968	AAAC	2	8	255284	255291	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020968	TAAA	2	8	264690	264697	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020968	CAAA	2	8	267625	267632	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020968	ATTT	2	8	274138	274145	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020968	GTTT	2	8	279980	279987	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020968	AAAG	2	8	280015	280022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020968	TGCC	2	8	280503	280510	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020968	GGGA	2	8	284351	284358	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020968	TAAA	2	8	285493	285500	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020968	GATA	2	8	287154	287161	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020968	AATC	2	8	292279	292286	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020968	ACAA	2	8	298047	298054	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020968	GCTT	2	8	299377	299384	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020968	CCCT	2	8	299944	299951	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020968	ACTA	2	8	302193	302200	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020968	TAAA	2	8	302416	302423	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020968	TCCA	2	8	305575	305582	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020968	TCCC	2	8	305777	305784	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_020968	ATTG	2	8	306962	306969	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020968	AATA	2	8	318338	318345	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020968	TAAA	2	8	318359	318366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020968	CAGA	2	8	318367	318374	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020968	AATA	2	8	318434	318441	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020968	CAAT	2	8	328041	328048	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020968	GCTA	2	8	328731	328738	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020968	TTAA	2	8	334074	334081	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020968	CAGT	2	8	334420	334427	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020968	CAAG	2	8	340606	340613	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020968	TTTA	2	8	364113	364120	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020968	CAAA	2	8	364407	364414	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020968	TAGT	2	8	364717	364724	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020968	GCTT	2	8	368665	368672	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020968	TAAA	2	8	368943	368950	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020968	AAAT	2	8	369862	369869	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020968	CCTT	2	8	369884	369891	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020968	ATCT	2	8	369917	369924	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020968	TAAA	2	8	381696	381703	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020968	TTTA	2	8	391663	391670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020968	GATT	2	8	392422	392429	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020968	AATT	2	8	392471	392478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020968	ATAA	2	8	392531	392538	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020968	TTAT	2	8	395864	395871	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020968	GCAA	2	8	395917	395924	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020968	TCAT	2	8	405202	405209	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020968	CAAA	2	8	407338	407345	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020968	ATTT	2	8	416757	416764	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020968	AGAA	2	8	416767	416774	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020968	ATTA	2	8	418556	418563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020968	TTCT	2	8	428614	428621	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020968	AACT	2	8	430846	430853	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020968	CAAA	2	8	431194	431201	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020968	ACTC	2	8	435885	435892	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020968	AAAC	2	8	440917	440924	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020968	AAAT	2	8	441059	441066	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020968	TAAC	2	8	443625	443632	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020968	AATT	2	8	448489	448496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020968	AAAC	2	8	448502	448509	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020968	CTTC	2	8	448644	448651	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020968	TCTT	2	8	454309	454316	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020968	TAAT	2	8	454322	454329	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020968	GCAA	2	8	457976	457983	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020968	CTTT	2	8	465525	465532	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020968	TTCT	2	8	466966	466973	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020968	CAAA	2	8	466991	466998	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020968	AGAA	2	8	486015	486022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020968	AACA	2	8	489612	489619	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020968	TAAA	2	8	489675	489682	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020968	ATTT	2	8	503202	503209	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_020968	TTTG	2	8	509212	509219	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.