MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_020968	T	6	6	193474	193479	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
502	NC_020968	ATT	2	6	193487	193492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
503	NC_020968	T	6	6	193503	193508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_020968	TATGAA	2	12	195479	195490	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
505	NC_020968	AGA	2	6	195535	195540	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
506	NC_020968	AAC	2	6	195542	195547	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
507	NC_020968	ATA	2	6	195562	195567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
508	NC_020968	T	7	7	195587	195593	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
509	NC_020968	TGA	2	6	195697	195702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
510	NC_020968	CTC	2	6	196471	196476	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
511	NC_020968	CTA	2	6	196793	196798	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
512	NC_020968	ATTT	2	8	196826	196833	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
513	NC_020968	A	7	7	197312	197318	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_020968	AG	3	6	197334	197339	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
515	NC_020968	AAT	2	6	197344	197349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_020968	T	8	8	197364	197371	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
517	NC_020968	T	6	6	197410	197415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
518	NC_020968	TAC	2	6	197454	197459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_020968	ATT	2	6	197463	197468	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_020968	A	8	8	200258	200265	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
521	NC_020968	CTT	2	6	200297	200302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
522	NC_020968	A	8	8	200307	200314	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
523	NC_020968	TC	3	6	200325	200330	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
524	NC_020968	CTT	2	6	200334	200339	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
525	NC_020968	ACGA	2	8	202944	202951	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
526	NC_020968	CTAAG	2	10	203110	203119	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
527	NC_020968	T	6	6	203218	203223	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_020968	GAAA	2	8	203230	203237	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
529	NC_020968	A	7	7	203235	203241	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
530	NC_020968	T	6	6	204008	204013	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
531	NC_020968	CAT	2	6	204037	204042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
532	NC_020968	CT	3	6	204083	204088	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
533	NC_020968	AAT	2	6	204130	204135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
534	NC_020968	TAG	2	6	204166	204171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
535	NC_020968	AAT	2	6	204179	204184	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
536	NC_020968	AAG	2	6	204277	204282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
537	NC_020968	CTT	2	6	204288	204293	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
538	NC_020968	GA	4	8	207142	207149	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
539	NC_020968	T	7	7	207172	207178	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
540	NC_020968	CT	4	8	207190	207197	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
541	NC_020968	A	6	6	207199	207204	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
542	NC_020968	CCTT	2	8	216363	216370	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
543	NC_020968	GAA	2	6	216385	216390	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
544	NC_020968	TTG	2	6	216402	216407	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
545	NC_020968	A	6	6	216414	216419	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_020968	CTC	2	6	217181	217186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
547	NC_020968	A	7	7	218430	218436	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_020968	TAA	2	6	218437	218442	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
549	NC_020968	AG	4	8	218462	218469	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
550	NC_020968	A	6	6	218487	218492	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
551	NC_020968	GAA	2	6	218497	218502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
552	NC_020968	TA	3	6	220016	220021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
553	NC_020968	GTC	2	6	220035	220040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
554	NC_020968	CTAT	2	8	220090	220097	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
555	NC_020968	T	6	6	220106	220111	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
556	NC_020968	ATT	2	6	220208	220213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
557	NC_020968	TCT	2	6	220233	220238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
558	NC_020968	TCC	2	6	220285	220290	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
559	NC_020968	ATG	2	6	220308	220313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
560	NC_020968	GCAA	2	8	220333	220340	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
561	NC_020968	TTTTAC	2	12	221492	221503	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
562	NC_020968	A	7	7	221554	221560	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
563	NC_020968	TAA	2	6	221608	221613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
564	NC_020968	ATTTC	2	10	221635	221644	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
565	NC_020968	CT	3	6	221656	221661	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
566	NC_020968	AATT	2	8	221668	221675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
567	NC_020968	CTTG	2	8	222017	222024	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
568	NC_020968	T	6	6	222072	222077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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570	NC_020968	AG	3	6	224688	224693	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
571	NC_020968	CAATA	2	10	224758	224767	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
572	NC_020968	TAA	2	6	225731	225736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_020968	AAAC	2	8	225747	225754	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
574	NC_020968	T	8	8	228222	228229	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
575	NC_020968	TGT	2	6	228291	228296	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
576	NC_020968	TCCT	2	8	228372	228379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
577	NC_020968	AGA	2	6	228424	228429	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
578	NC_020968	ATT	2	6	228461	228466	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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580	NC_020968	AGA	2	6	234890	234895	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
581	NC_020968	GAG	2	6	234907	234912	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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589	NC_020968	CAT	2	6	238983	238988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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592	NC_020968	AAAT	2	8	243987	243994	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_020968	AAGA	2	8	244006	244013	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
594	NC_020968	GT	3	6	244055	244060	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
595	NC_020968	T	6	6	244066	244071	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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599	NC_020968	ATA	2	6	247463	247468	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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602	NC_020968	TACAA	2	10	248470	248479	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
603	NC_020968	ATA	2	6	248502	248507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
604	NC_020968	GA	3	6	250923	250928	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
605	NC_020968	ACT	2	6	250983	250988	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
606	NC_020968	TG	3	6	251033	251038	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
607	NC_020968	AATA	2	8	251100	251107	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_020968	T	6	6	251122	251127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
609	NC_020968	T	7	7	251141	251147	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
610	NC_020968	A	6	6	251149	251154	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_020968	ACA	2	6	251249	251254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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613	NC_020968	AAG	2	6	251287	251292	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
614	NC_020968	GCA	2	6	251306	251311	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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616	NC_020968	CTC	2	6	251746	251751	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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618	NC_020968	AG	3	6	251835	251840	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
619	NC_020968	A	8	8	251841	251848	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_020968	AAG	2	6	251859	251864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
621	NC_020968	TCC	2	6	252699	252704	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
622	NC_020968	GAAA	2	8	252720	252727	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
623	NC_020968	T	7	7	252741	252747	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
624	NC_020968	GCAG	2	8	252769	252776	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
625	NC_020968	AGAA	2	8	252802	252809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
626	NC_020968	AG	3	6	252844	252849	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
627	NC_020968	TAT	2	6	252867	252872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
628	NC_020968	ACA	2	6	252908	252913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
629	NC_020968	A	6	6	252957	252962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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631	NC_020968	A	6	6	254030	254035	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_020968	TAA	2	6	254081	254086	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
633	NC_020968	A	9	9	254601	254609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
634	NC_020968	TA	3	6	254651	254656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
635	NC_020968	CCAA	2	8	254686	254693	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
636	NC_020968	A	7	7	254710	254716	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
637	NC_020968	A	7	7	255151	255157	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
638	NC_020968	ATA	2	6	255164	255169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
639	NC_020968	AACCCT	2	12	255210	255221	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
640	NC_020968	AAAC	2	8	255284	255291	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
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