MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2624

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_020967	TTG	2	6	188550	188555	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
502	NC_020967	CAT	2	6	188560	188565	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
503	NC_020967	T	7	7	188599	188605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_020967	TAA	2	6	188678	188683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
505	NC_020967	TTG	2	6	188706	188711	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
506	NC_020967	AT	3	6	192858	192863	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_020967	TGT	2	6	192872	192877	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
508	NC_020967	ATGC	2	8	193232	193239	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
509	NC_020967	GTT	2	6	193240	193245	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
510	NC_020967	GCA	2	6	193293	193298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
511	NC_020967	CTTT	2	8	193373	193380	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
512	NC_020967	AAG	2	6	193420	193425	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
513	NC_020967	T	6	6	193470	193475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_020967	ATT	2	6	193483	193488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
515	NC_020967	T	6	6	193499	193504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_020967	TATGAA	2	12	195475	195486	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
517	NC_020967	AGA	2	6	195531	195536	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
518	NC_020967	AAC	2	6	195538	195543	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
519	NC_020967	ATA	2	6	195558	195563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
520	NC_020967	T	7	7	195583	195589	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
521	NC_020967	TGA	2	6	195693	195698	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
522	NC_020967	CTC	2	6	196465	196470	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
523	NC_020967	CTA	2	6	196787	196792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
524	NC_020967	ATTT	2	8	196820	196827	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
525	NC_020967	A	7	7	197306	197312	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
526	NC_020967	AG	3	6	197328	197333	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
527	NC_020967	AAT	2	6	197338	197343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
528	NC_020967	T	8	8	197358	197365	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
529	NC_020967	T	6	6	197404	197409	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
530	NC_020967	TAC	2	6	197448	197453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
531	NC_020967	ATT	2	6	197457	197462	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
532	NC_020967	A	8	8	200252	200259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
533	NC_020967	CTT	2	6	200291	200296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
534	NC_020967	A	8	8	200301	200308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
535	NC_020967	TC	3	6	200319	200324	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
536	NC_020967	CTT	2	6	200328	200333	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
537	NC_020967	ACGA	2	8	202938	202945	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
538	NC_020967	CTAAG	2	10	203104	203113	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
539	NC_020967	T	6	6	203212	203217	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
540	NC_020967	GAAA	2	8	203224	203231	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
541	NC_020967	A	7	7	203229	203235	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
542	NC_020967	T	6	6	204002	204007	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
543	NC_020967	CAT	2	6	204031	204036	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
544	NC_020967	CT	3	6	204077	204082	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
545	NC_020967	AAT	2	6	204124	204129	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_020967	TAG	2	6	204160	204165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
547	NC_020967	AAT	2	6	204173	204178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_020967	AAG	2	6	204271	204276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
549	NC_020967	CTT	2	6	204282	204287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
550	NC_020967	GA	4	8	207136	207143	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
551	NC_020967	T	7	7	207166	207172	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
552	NC_020967	CT	4	8	207184	207191	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
553	NC_020967	A	6	6	207193	207198	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
554	NC_020967	CCTT	2	8	216358	216365	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
555	NC_020967	TTG	2	6	216384	216389	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
556	NC_020967	A	6	6	216396	216401	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
557	NC_020967	CTC	2	6	217139	217144	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
558	NC_020967	T	8	8	217153	217160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
559	NC_020967	CTA	2	6	217192	217197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
560	NC_020967	A	7	7	218388	218394	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
561	NC_020967	TAA	2	6	218395	218400	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
562	NC_020967	AG	4	8	218420	218427	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
563	NC_020967	A	6	6	218445	218450	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
564	NC_020967	CA	3	6	218479	218484	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
565	NC_020967	TA	3	6	219974	219979	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
566	NC_020967	GTC	2	6	219993	219998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
567	NC_020967	CTAT	2	8	220048	220055	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
568	NC_020967	T	6	6	220064	220069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
569	NC_020967	ATT	2	6	220166	220171	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
570	NC_020967	TCT	2	6	220192	220197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
571	NC_020967	GTC	2	6	220220	220225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
572	NC_020967	TCC	2	6	220244	220249	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
573	NC_020967	ATG	2	6	220267	220272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
574	NC_020967	GCAA	2	8	220292	220299	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
575	NC_020967	TTTTAC	2	12	221450	221461	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
576	NC_020967	A	8	8	221513	221520	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_020967	TAA	2	6	221568	221573	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
578	NC_020967	ATTTC	2	10	221595	221604	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
579	NC_020967	CT	3	6	221616	221621	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
580	NC_020967	AATT	2	8	221628	221635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
581	NC_020967	CTTG	2	8	221977	221984	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
582	NC_020967	T	6	6	222032	222037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
583	NC_020967	TC	3	6	224617	224622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
584	NC_020967	AG	3	6	224648	224653	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
585	NC_020967	CAATA	2	10	224718	224727	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
586	NC_020967	TAA	2	6	225691	225696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
587	NC_020967	AAAC	2	8	225707	225714	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
588	NC_020967	T	8	8	228182	228189	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
589	NC_020967	AGA	2	6	228380	228385	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
590	NC_020967	ATT	2	6	228417	228422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
591	NC_020967	AAC	2	6	234819	234824	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
592	NC_020967	AGA	2	6	234846	234851	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
593	NC_020967	GAG	2	6	234863	234868	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
594	NC_020967	GCT	2	6	234915	234920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
595	NC_020967	ACC	2	6	234924	234929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
596	NC_020967	A	6	6	234955	234960	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
597	NC_020967	ACT	2	6	235019	235024	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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599	NC_020967	TC	3	6	238844	238849	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
600	NC_020967	AG	3	6	238870	238875	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
601	NC_020967	CAT	2	6	238939	238944	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
602	NC_020967	T	8	8	238946	238953	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
603	NC_020967	CA	3	6	243794	243799	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
604	NC_020967	AAAT	2	8	243943	243950	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
605	NC_020967	AAGA	2	8	243962	243969	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
606	NC_020967	GT	3	6	244011	244016	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
607	NC_020967	T	6	6	244022	244027	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_020967	AAG	2	6	246553	246558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
609	NC_020967	TTTC	2	8	246563	246570	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
610	NC_020967	TAAA	2	8	247397	247404	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_020967	ATA	2	6	247419	247424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
612	NC_020967	TTA	2	6	247440	247445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_020967	T	6	6	248396	248401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
614	NC_020967	TACAA	2	10	248425	248434	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
615	NC_020967	ATA	2	6	248457	248462	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
616	NC_020967	GA	3	6	250878	250883	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
617	NC_020967	ACT	2	6	250938	250943	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
618	NC_020967	TG	3	6	250988	250993	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
619	NC_020967	AATA	2	8	251055	251062	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_020967	T	6	6	251077	251082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
621	NC_020967	T	7	7	251096	251102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
622	NC_020967	A	6	6	251104	251109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
623	NC_020967	ACA	2	6	251204	251209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
624	NC_020967	CTT	2	6	251211	251216	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
625	NC_020967	AAG	2	6	251242	251247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
626	NC_020967	GCA	2	6	251261	251266	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
627	NC_020967	TTG	2	6	251281	251286	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
628	NC_020967	CTC	2	6	251701	251706	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
629	NC_020967	CAA	2	6	251745	251750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
630	NC_020967	AG	3	6	251790	251795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
631	NC_020967	A	8	8	251796	251803	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_020967	AG	3	6	251815	251820	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
633	NC_020967	TCC	2	6	252653	252658	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
634	NC_020967	GAAA	2	8	252674	252681	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
635	NC_020967	T	7	7	252695	252701	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
636	NC_020967	GCAG	2	8	252723	252730	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
637	NC_020967	AGAA	2	8	252756	252763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
638	NC_020967	AG	3	6	252798	252803	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
639	NC_020967	TAT	2	6	252821	252826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
640	NC_020967	ACA	2	6	252862	252867	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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