MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/363 complete genome

Total Repeats: 2604

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020966	TGA	2	6	999313	999318	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2502	NC_020966	TAT	2	6	999326	999331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020966	CCTT	2	8	999356	999363	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2504	NC_020966	A	6	6	1000973	1000978	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020966	T	7	7	1000979	1000985	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020966	T	7	7	1000988	1000994	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020966	T	6	6	1000996	1001001	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020966	TC	3	6	1001017	1001022	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2509	NC_020966	TAA	2	6	1001025	1001030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020966	ATA	2	6	1001033	1001038	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020966	CTTT	2	8	1001073	1001080	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2512	NC_020966	GA	3	6	1001098	1001103	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_020966	TCT	2	6	1001118	1001123	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2514	NC_020966	TTC	2	6	1001154	1001159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2515	NC_020966	GGAA	2	8	1001175	1001182	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_020966	GGA	2	6	1001188	1001193	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020966	ATT	2	6	1001203	1001208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_020966	A	6	6	1001477	1001482	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020966	TGG	2	6	1004851	1004856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020966	AAG	2	6	1004868	1004873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_020966	CA	3	6	1004916	1004921	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2522	NC_020966	TAA	2	6	1004955	1004960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_020966	T	8	8	1004980	1004987	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_020966	A	6	6	1006804	1006809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020966	GAAG	2	8	1006819	1006826	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_020966	AG	3	6	1006839	1006844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_020966	AAG	2	6	1008145	1008150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_020966	TGA	2	6	1008188	1008193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_020966	CGCC	2	8	1008258	1008265	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2530	NC_020966	CGGGG	2	10	1008281	1008290	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2531	NC_020966	CTG	2	6	1010029	1010034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2532	NC_020966	AG	3	6	1010088	1010093	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_020966	CT	3	6	1010102	1010107	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2534	NC_020966	AGT	2	6	1010168	1010173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_020966	TCA	2	6	1010185	1010190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2536	NC_020966	TGT	2	6	1010243	1010248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_020966	GAG	2	6	1010258	1010263	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_020966	G	6	6	1010263	1010268	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_020966	CAA	2	6	1010302	1010307	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2540	NC_020966	GAT	2	6	1010416	1010421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_020966	CTT	2	6	1010456	1010461	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2542	NC_020966	CTGT	2	8	1010529	1010536	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2543	NC_020966	TA	3	6	1010546	1010551	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_020966	ATT	2	6	1010576	1010581	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020966	TAA	2	6	1011961	1011966	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_020966	TTG	2	6	1013895	1013900	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_020966	TAA	2	6	1013912	1013917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_020966	AGG	2	6	1019950	1019955	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020966	GCA	2	6	1020004	1020009	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2550	NC_020966	AT	3	6	1020030	1020035	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020966	AGG	2	6	1020040	1020045	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_020966	CAT	2	6	1020056	1020061	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2553	NC_020966	GTA	2	6	1020082	1020087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020966	GAA	2	6	1020095	1020100	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020966	T	8	8	1020140	1020147	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020966	AGA	2	6	1020199	1020204	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020966	AGA	2	6	1020214	1020219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020966	GGT	2	6	1020288	1020293	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_020966	TCT	2	6	1020383	1020388	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2560	NC_020966	GT	3	6	1020403	1020408	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020966	T	6	6	1020434	1020439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020966	TTA	2	6	1021683	1021688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_020966	T	6	6	1021719	1021724	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_020966	TAGAA	2	10	1021742	1021751	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020966	TCC	2	6	1021763	1021768	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2566	NC_020966	AGG	2	6	1021802	1021807	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020966	ATA	2	6	1021819	1021824	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020966	GAAA	2	8	1021866	1021873	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_020966	GAT	2	6	1021874	1021879	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_020966	TTAA	2	8	1027656	1027663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_020966	AAAG	2	8	1027670	1027677	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_020966	AT	3	6	1027679	1027684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_020966	T	6	6	1027701	1027706	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_020966	ATT	2	6	1033862	1033867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_020966	AG	3	6	1033879	1033884	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2576	NC_020966	T	6	6	1033936	1033941	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_020966	TG	3	6	1033977	1033982	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_020966	TTTTC	2	10	1040119	1040128	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2579	NC_020966	GTT	2	6	1040179	1040184	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2580	NC_020966	GAT	2	6	1040195	1040200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2581	NC_020966	A	6	6	1040222	1040227	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_020966	CT	3	6	1040235	1040240	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2583	NC_020966	AG	3	6	1040249	1040254	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2584	NC_020966	CAAA	2	8	1040274	1040281	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2585	NC_020966	T	8	8	1040291	1040298	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2586	NC_020966	A	6	6	1040302	1040307	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2587	NC_020966	AAG	2	6	1040386	1040391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2588	NC_020966	ATTTTT	2	12	1040428	1040439	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2589	NC_020966	AAT	2	6	1040440	1040445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2590	NC_020966	A	6	6	1040446	1040451	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2591	NC_020966	TTA	2	6	1040484	1040489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2592	NC_020966	T	6	6	1040501	1040506	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_020966	A	8	8	1041040	1041047	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2594	NC_020966	AG	4	8	1041059	1041066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2595	NC_020966	AGA	2	6	1043776	1043781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2596	NC_020966	A	8	8	1043791	1043798	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020966	TAA	2	6	1043800	1043805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2598	NC_020966	A	6	6	1043920	1043925	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_020966	AAT	2	6	1043929	1043934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2600	NC_020966	TATT	2	8	1043951	1043958	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020966	T	7	7	1043964	1043970	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020966	TAAAAT	2	12	1043983	1043994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020966	TTTTA	2	10	1043999	1044008	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020966	GGTT	2	8	1044015	1044022	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.