MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis K/SotonK1 complete genome

Total Repeats: 342

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020965	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020965	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020965	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020965	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020965	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020965	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020965	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020965	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020965	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020965	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020965	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020965	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020965	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_020965	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020965	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020965	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020965	AAGT	2	8	48578	48585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020965	TATT	2	8	52672	52679	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020965	GTTT	2	8	54532	54539	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020965	TGTT	2	8	54540	54547	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020965	TAAT	2	8	54584	54591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020965	CAGA	2	8	61282	61289	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_020965	ACAA	2	8	67932	67939	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020965	AAGG	2	8	68030	68037	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020965	GATA	2	8	72511	72518	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020965	TCTA	2	8	77170	77177	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_020965	GTTT	2	8	79945	79952	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020965	ATTC	2	8	80148	80155	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_020965	GGTT	2	8	80298	80305	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020965	GTTT	2	8	88603	88610	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020965	TTTA	2	8	88626	88633	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020965	GTTT	2	8	88638	88645	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020965	GTTT	2	8	88689	88696	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020965	AACA	2	8	88702	88709	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
35	NC_020965	GAAT	2	8	90956	90963	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020965	AAGT	2	8	90988	90995	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020965	AAAT	2	8	94234	94241	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020965	CATT	2	8	94881	94888	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_020965	TATT	2	8	98264	98271	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020965	AAGA	2	8	107251	107258	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020965	CTGG	2	8	120951	120958	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
42	NC_020965	GTTT	2	8	135449	135456	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020965	TACA	2	8	144903	144910	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020965	ATCT	2	8	152168	152175	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_020965	GCTG	2	8	152207	152214	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_020965	TGTT	2	8	157780	157787	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020965	AAAG	2	8	158623	158630	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020965	TTTA	2	8	158632	158639	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020965	TAAT	2	8	158749	158756	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020965	TAAT	2	8	159585	159592	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020965	GCTT	2	8	162221	162228	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_020965	CTTC	2	8	166292	166299	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_020965	TTAG	2	8	170700	170707	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020965	AAAC	2	8	172447	172454	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_020965	GTAT	2	8	173629	173636	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020965	GGAA	2	8	178817	178824	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020965	TTCC	2	8	181222	181229	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020965	AAAC	2	8	181325	181332	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020965	AAGA	2	8	182633	182640	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020965	AAAC	2	8	188071	188078	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020965	GGAC	2	8	188430	188437	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020965	ATGC	2	8	193245	193252	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020965	CTTT	2	8	193386	193393	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020965	ATTT	2	8	196835	196842	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020965	ACGA	2	8	202953	202960	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_020965	GAAA	2	8	203239	203246	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020965	CCTT	2	8	216372	216379	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_020965	CTAT	2	8	220099	220106	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
69	NC_020965	GCAA	2	8	220342	220349	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020965	AATT	2	8	221677	221684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020965	CTTG	2	8	222026	222033	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_020965	AAAC	2	8	225756	225763	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_020965	TCCT	2	8	228381	228388	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020965	AAAT	2	8	243996	244003	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020965	AAGA	2	8	244015	244022	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020965	TTTC	2	8	246616	246623	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_020965	TAAA	2	8	247450	247457	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020965	AATA	2	8	251109	251116	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020965	GAAA	2	8	252729	252736	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020965	GCAG	2	8	252778	252785	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020965	AGAA	2	8	252811	252818	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020965	CCAA	2	8	254694	254701	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_020965	AAAC	2	8	255292	255299	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020965	TAAA	2	8	264700	264707	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020965	CAAA	2	8	267635	267642	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_020965	ATTT	2	8	274148	274155	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020965	GTTT	2	8	279990	279997	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020965	AAAG	2	8	280025	280032	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020965	TGCC	2	8	280513	280520	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020965	GGGA	2	8	284361	284368	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020965	TAAA	2	8	285503	285510	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020965	GATA	2	8	287164	287171	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020965	AATC	2	8	292289	292296	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020965	ACAA	2	8	298059	298066	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020965	GCTT	2	8	299389	299396	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020965	CCCT	2	8	299956	299963	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020965	ACTA	2	8	302205	302212	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_020965	TAAA	2	8	302428	302435	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020965	TCCA	2	8	305587	305594	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020965	TCCC	2	8	305789	305796	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
101	NC_020965	ATTG	2	8	306974	306981	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020965	AATA	2	8	318350	318357	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020965	TAAA	2	8	318371	318378	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020965	CAGA	2	8	318379	318386	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_020965	AATA	2	8	318446	318453	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020965	CAAT	2	8	328059	328066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020965	GCTA	2	8	328749	328756	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_020965	TTAA	2	8	334092	334099	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020965	CAGT	2	8	334438	334445	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020965	CAAG	2	8	340624	340631	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020965	TTTA	2	8	364131	364138	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020965	CAAA	2	8	364425	364432	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020965	TAGT	2	8	364735	364742	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020965	GCTT	2	8	368683	368690	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020965	TAAA	2	8	368961	368968	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020965	AAAT	2	8	369880	369887	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020965	CCTT	2	8	369902	369909	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020965	ATCT	2	8	369935	369942	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020965	TAAA	2	8	381714	381721	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020965	TTTA	2	8	391681	391688	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020965	GATT	2	8	392440	392447	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020965	AATT	2	8	392489	392496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020965	ATAA	2	8	392549	392556	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020965	TTAT	2	8	395882	395889	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020965	GCAA	2	8	395935	395942	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020965	TCAT	2	8	405220	405227	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020965	CAAA	2	8	407356	407363	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020965	ATTT	2	8	416775	416782	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020965	AGAA	2	8	416785	416792	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020965	ATTA	2	8	418574	418581	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020965	TTCT	2	8	428632	428639	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_020965	AACT	2	8	430864	430871	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020965	CAAA	2	8	431212	431219	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020965	ACTC	2	8	435903	435910	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_020965	AAAC	2	8	440935	440942	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_020965	AAAT	2	8	441077	441084	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020965	TAAC	2	8	443643	443650	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_020965	AATT	2	8	448507	448514	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020965	AAAC	2	8	448520	448527	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_020965	CTTC	2	8	448662	448669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_020965	TCTT	2	8	454327	454334	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_020965	TAAT	2	8	454340	454347	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020965	GCAA	2	8	457994	458001	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_020965	CTTT	2	8	465543	465550	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020965	TTCT	2	8	466984	466991	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020965	CAAA	2	8	467009	467016	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020965	AGAA	2	8	486033	486040	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020965	AACA	2	8	489630	489637	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_020965	TAAA	2	8	489693	489700	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020965	ATTT	2	8	503221	503228	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020965	TATT	2	8	504137	504144	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020965	TTTG	2	8	509231	509238	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.