MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 347

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020964	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020964	GGAG	2	8	6904	6911	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020964	TATG	2	8	7553	7560	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020964	ATTT	2	8	7694	7701	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020964	ATTT	2	8	7785	7792	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020964	TATT	2	8	9909	9916	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020964	AGAA	2	8	11803	11810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020964	AAGG	2	8	14039	14046	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020964	CAAA	2	8	16673	16680	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_020964	GCCA	2	8	21621	21628	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020964	CGCT	2	8	21869	21876	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020964	TTAA	2	8	21890	21897	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020964	GTTA	2	8	21927	21934	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020964	GATC	2	8	21982	21989	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020964	ATTG	2	8	28539	28546	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020964	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020964	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020964	AAGT	2	8	48579	48586	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020964	TATT	2	8	52783	52790	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020964	GTTT	2	8	54643	54650	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020964	TGTT	2	8	54651	54658	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020964	TAAT	2	8	54695	54702	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020964	CAGA	2	8	61316	61323	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_020964	ACAA	2	8	67960	67967	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_020964	AAGG	2	8	68058	68065	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020964	GATA	2	8	72539	72546	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020964	TCTA	2	8	77198	77205	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_020964	GTTT	2	8	79972	79979	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020964	ATTC	2	8	80175	80182	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_020964	GGTT	2	8	80325	80332	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020964	GTTT	2	8	88632	88639	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020964	TTTA	2	8	88655	88662	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020964	GTTT	2	8	88667	88674	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020964	GTTT	2	8	88718	88725	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020964	GAAT	2	8	90985	90992	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020964	AAGT	2	8	91017	91024	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020964	AAAT	2	8	94262	94269	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020964	TATT	2	8	98293	98300	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020964	AAGA	2	8	107280	107287	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020964	CTGG	2	8	120980	120987	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_020964	GTTT	2	8	135481	135488	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020964	ATCT	2	8	152200	152207	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_020964	GCTG	2	8	152239	152246	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_020964	TGTT	2	8	157815	157822	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020964	AAAG	2	8	158657	158664	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020964	TTTA	2	8	158666	158673	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020964	TAAT	2	8	158783	158790	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020964	TAAT	2	8	159618	159625	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020964	GCTT	2	8	162254	162261	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
50	NC_020964	CTTC	2	8	166325	166332	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_020964	TTAG	2	8	170733	170740	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020964	AAAC	2	8	172480	172487	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_020964	GTAT	2	8	173662	173669	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020964	GGAA	2	8	178850	178857	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020964	TTCC	2	8	181255	181262	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020964	AAAC	2	8	181358	181365	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
57	NC_020964	AAGA	2	8	182666	182673	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020964	AAAC	2	8	188104	188111	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_020964	GGAC	2	8	188463	188470	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
60	NC_020964	ATGC	2	8	193279	193286	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_020964	CTTT	2	8	193420	193427	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
62	NC_020964	ATTT	2	8	196867	196874	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020964	ACGA	2	8	202985	202992	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
64	NC_020964	GAAA	2	8	203271	203278	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020964	CCTT	2	8	216405	216412	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020964	CTAT	2	8	220095	220102	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
67	NC_020964	GCAA	2	8	220339	220346	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_020964	AATT	2	8	221675	221682	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020964	CTTG	2	8	222024	222031	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_020964	AAAC	2	8	225754	225761	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
71	NC_020964	AAAT	2	8	243990	243997	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020964	AAGA	2	8	244009	244016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020964	TTTC	2	8	246610	246617	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_020964	TAAA	2	8	247444	247451	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020964	AATA	2	8	251102	251109	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020964	GAAA	2	8	252721	252728	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020964	GCAG	2	8	252770	252777	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
78	NC_020964	AGAA	2	8	252803	252810	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020964	CCAA	2	8	254686	254693	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020964	AAAC	2	8	255293	255300	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_020964	TAAA	2	8	264698	264705	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020964	CAAA	2	8	267633	267640	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_020964	ATAA	2	8	273866	273873	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020964	TCTA	2	8	274000	274007	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_020964	ATTT	2	8	274146	274153	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020964	GTTT	2	8	279988	279995	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020964	AAAG	2	8	280023	280030	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020964	TGCC	2	8	280511	280518	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
89	NC_020964	GGGA	2	8	284359	284366	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020964	CAAA	2	8	284404	284411	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_020964	TAAA	2	8	285501	285508	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020964	GATA	2	8	287162	287169	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020964	AATC	2	8	292287	292294	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020964	ACAA	2	8	298054	298061	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_020964	GCTT	2	8	299384	299391	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_020964	CCCT	2	8	299951	299958	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
97	NC_020964	TAAA	2	8	302423	302430	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020964	TCCA	2	8	305582	305589	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_020964	TCCC	2	8	305784	305791	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_020964	ATTG	2	8	306969	306976	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020964	AATA	2	8	318358	318365	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020964	TAAA	2	8	318379	318386	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020964	CAGA	2	8	318387	318394	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_020964	AATA	2	8	318454	318461	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020964	CAAT	2	8	328083	328090	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_020964	GCTA	2	8	328773	328780	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
107	NC_020964	TTAA	2	8	334116	334123	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020964	CAGT	2	8	334462	334469	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_020964	CAAG	2	8	340650	340657	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_020964	GCAA	2	8	359459	359466	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
111	NC_020964	TTTA	2	8	364160	364167	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020964	CAAA	2	8	364454	364461	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_020964	TAGT	2	8	364765	364772	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020964	GCTT	2	8	368799	368806	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
115	NC_020964	TAAA	2	8	369077	369084	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020964	AAAT	2	8	369995	370002	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020964	CCTT	2	8	370017	370024	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020964	ATCT	2	8	370050	370057	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_020964	ACAA	2	8	370059	370066	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_020964	TAAA	2	8	381833	381840	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020964	TTTA	2	8	391801	391808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020964	GATT	2	8	392560	392567	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020964	AATT	2	8	392609	392616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020964	TTAT	2	8	396002	396009	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020964	GCAA	2	8	396055	396062	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_020964	TCAT	2	8	405349	405356	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_020964	CTTT	2	8	407441	407448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_020964	CAAA	2	8	407485	407492	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_020964	ATTT	2	8	416902	416909	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020964	AGAA	2	8	416912	416919	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020964	ATTA	2	8	418701	418708	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020964	TTCT	2	8	428759	428766	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_020964	AACT	2	8	430991	430998	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_020964	CAAA	2	8	431339	431346	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_020964	ACTC	2	8	436030	436037	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020964	AAAC	2	8	441064	441071	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_020964	AAAT	2	8	441206	441213	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020964	TAAC	2	8	443772	443779	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_020964	AATT	2	8	448632	448639	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020964	AAAC	2	8	448645	448652	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
141	NC_020964	CTTC	2	8	448787	448794	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020964	TCTT	2	8	454452	454459	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_020964	TAAT	2	8	454465	454472	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020964	GCAA	2	8	458119	458126	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
145	NC_020964	CTTT	2	8	465668	465675	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_020964	TTCT	2	8	467109	467116	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_020964	CAAA	2	8	467134	467141	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_020964	AGAA	2	8	486204	486211	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020964	AACA	2	8	489801	489808	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_020964	TAAA	2	8	489864	489871	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020964	ATTT	2	8	503391	503398	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020964	TATT	2	8	504307	504314	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.