MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis A/7249 complete genome

Total Repeats: 39

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020944	CAAAAA	2	12	6846	6857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020944	AAAAAT	2	12	61433	61444	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020944	ATCTAG	2	12	77156	77167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_020944	TTTTAG	2	12	116420	116431	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020944	TAAAAA	2	12	121017	121028	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020944	AGGATC	2	12	121444	121455	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_020944	AGAAAA	2	12	183208	183219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020944	TATGAA	2	12	196978	196989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020944	TTTTAC	2	12	222987	222998	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_020944	AACCCT	2	12	256701	256712	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_020944	TTTTTA	2	12	257497	257508	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020944	AGGAGA	2	12	272598	272609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020944	ATATTA	2	12	281496	281507	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020944	AAAAAG	2	12	325654	325665	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020944	AGAATA	2	12	363129	363140	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020944	TAACTA	2	12	504854	504865	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020944	AAGAAA	2	12	504867	504878	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020944	AGAATA	2	12	510842	510853	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020944	AACTAA	2	12	516579	516590	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_020944	TCCCTC	2	12	550895	550906	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_020944	AAAAAT	2	12	568868	568879	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020944	TAGGGG	2	12	608031	608042	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020944	TCTTTT	2	12	620027	620038	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_020944	TTATTT	2	12	651238	651249	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020944	TCTGCA	2	12	747712	747723	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_020944	TATTTT	2	12	757190	757201	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020944	GAGAAA	2	12	804638	804649	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020944	TTTTCT	2	12	807096	807107	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_020944	ATTTTT	2	12	810875	810886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020944	TTTTTA	2	12	837313	837324	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020944	TAAGGA	2	12	858276	858287	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020944	CCGGAG	2	12	859194	859205	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_020944	CCTCTA	2	12	872340	872351	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020944	TAAGGA	2	12	880324	880335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020944	CCGGAG	2	12	881242	881253	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_020944	GACGGC	2	12	923695	923706	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_020944	AAACAA	2	12	925383	925394	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_020944	ATTTTT	2	12	1040752	1040763	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020944	TAAAAT	2	12	1044334	1044345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.