MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE8 high quality draft genome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020942	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020942	GGTGT	2	10	13896	13905	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020942	AAAGA	2	10	33682	33691	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020942	TGCAA	2	10	42916	42925	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_020942	CAAAA	2	10	43234	43243	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_020942	GAAGA	2	10	48600	48609	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020942	CTATT	2	10	50179	50188	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_020942	AATTT	2	10	54644	54653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020942	AAAAG	2	10	69557	69566	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020942	CTTGC	2	10	72500	72509	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_020942	AAAAG	2	10	77250	77259	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020942	ATCAA	2	10	78948	78957	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_020942	TTTGT	2	10	85685	85694	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020942	AATAA	2	10	88684	88693	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020942	TTTAA	2	10	94220	94229	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020942	CTTTT	2	10	94755	94764	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_020942	ACAAA	2	10	98295	98304	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_020942	GCTCT	2	10	114568	114577	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_020942	TTGCA	2	10	137550	137559	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_020942	AAAAG	2	10	142022	142031	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020942	TTCTA	2	10	157808	157817	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020942	CAAAA	2	10	162264	162273	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020942	AGAGA	2	10	185070	185079	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020942	CGATA	2	10	187936	187945	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_020942	CTAAG	2	10	209305	209314	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_020942	ATTTC	2	10	227798	227807	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020942	CAATA	2	10	230921	230930	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020942	TACAA	2	10	254628	254637	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_020942	TTTCA	2	10	270744	270753	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_020942	AAAGC	2	10	305575	305584	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_020942	TGTTT	2	10	308454	308463	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020942	GCAAC	2	10	340498	340507	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_020942	CTTGT	2	10	340558	340567	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_020942	CCTTT	2	10	341016	341025	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_020942	AAGGC	2	10	368764	368773	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_020942	GCTTC	2	10	370876	370885	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_020942	AGTAG	2	10	370954	370963	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020942	TCTCT	2	10	374506	374515	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_020942	AACAA	2	10	374889	374898	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_020942	AAAAC	2	10	375211	375220	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_020942	AAGCG	2	10	410733	410742	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_020942	TATCT	2	10	416261	416270	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_020942	GTATA	2	10	422980	422989	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020942	AGCAA	2	10	423016	423025	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_020942	AAAAT	2	10	424865	424874	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020942	CTCTT	2	10	434929	434938	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_020942	TAAAA	2	10	437472	437481	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020942	AGAAA	2	10	443147	443156	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020942	CTCTT	2	10	443186	443195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_020942	GAAGA	2	10	443196	443205	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020942	AAATT	2	10	443483	443492	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020942	AATTT	2	10	443504	443513	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020942	TAAAA	2	10	471712	471721	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020942	CAAAA	2	10	492159	492168	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_020942	AATCT	2	10	509500	509509	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_020942	CTTCT	2	10	509713	509722	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_020942	TTTCT	2	10	515103	515112	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020942	CCTTT	2	10	516112	516121	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
59	NC_020942	TAAAA	2	10	521131	521140	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020942	AGGAA	2	10	523115	523124	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020942	ATGAA	2	10	523139	523148	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020942	TTGGA	2	10	530591	530600	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020942	CAAAA	2	10	531366	531375	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_020942	TTTTC	2	10	543249	543258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_020942	AAAAG	2	10	564503	564512	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020942	GAAAA	2	10	571687	571696	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020942	ATTTT	2	10	573124	573133	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020942	ATACT	2	10	579197	579206	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020942	TCCCC	2	10	581990	581999	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_020942	AAAGG	2	10	588153	588162	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020942	ATTAA	2	10	643701	643710	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020942	TCGTC	2	10	656598	656607	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_020942	TAAAA	2	10	692222	692231	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020942	TTTAT	2	10	704177	704186	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020942	TCATG	2	10	704372	704381	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_020942	AAAAC	2	10	708483	708492	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020942	GAAAA	2	10	713833	713842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020942	TTATT	2	10	720897	720906	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020942	GAAGA	2	10	743794	743803	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020942	TTTCT	2	10	753308	753317	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_020942	AGAAT	2	10	766604	766613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020942	AGGGG	2	10	766835	766844	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020942	AAAAG	2	10	787404	787413	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020942	AGGTA	2	10	790802	790811	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020942	TCCTT	2	10	791985	791994	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_020942	TTTCT	2	10	811402	811411	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020942	AGAAA	2	10	819934	819943	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020942	AAGAG	2	10	831773	831782	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020942	AGAAA	2	10	870423	870432	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020942	TAGAA	2	10	896587	896596	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020942	CTTTT	2	10	912622	912631	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_020942	TTTTA	2	10	913367	913376	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020942	AGAGC	2	10	915654	915663	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_020942	TCTTT	2	10	923518	923527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_020942	AAGAG	2	10	935328	935337	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020942	GCTAG	2	10	935354	935363	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_020942	TCGTT	2	10	943749	943758	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_020942	TTCTT	2	10	946705	946714	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_020942	CTTCA	2	10	968590	968599	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_020942	TGCGT	2	10	975006	975015	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_020942	CTAGT	2	10	975447	975456	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_020942	TAAAA	2	10	991442	991451	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020942	ATAAA	2	10	991473	991482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020942	TATTT	2	10	1015041	1015050	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020942	TAGAA	2	10	1026469	1026478	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020942	TTTTC	2	10	1044837	1044846	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_020942	TTATT	2	10	1048735	1048744	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020942	TTTTA	2	10	1048785	1048794	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.