MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 complete genome

Total Repeats: 328

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020940	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_020940	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020940	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020940	TA	3	6	13939	13944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020940	TA	4	8	14162	14169	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020940	AG	3	6	18114	18119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020940	GA	3	6	18127	18132	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020940	CT	3	6	19049	19054	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
9	NC_020940	AG	3	6	21115	21120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020940	GA	3	6	21273	21278	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020940	AG	3	6	21790	21795	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020940	CT	3	6	21859	21864	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
13	NC_020940	GA	3	6	27111	27116	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020940	CT	3	6	27118	27123	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_020940	TC	3	6	28486	28491	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_020940	AG	3	6	28569	28574	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020940	GA	3	6	36983	36988	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020940	AT	3	6	37084	37089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020940	CT	3	6	39351	39356	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_020940	CT	3	6	40722	40727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_020940	CT	3	6	42914	42919	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_020940	GA	5	10	43190	43199	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020940	TC	3	6	44406	44411	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
24	NC_020940	TA	3	6	44558	44563	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020940	AG	3	6	48640	48645	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020940	TG	4	8	51988	51995	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020940	GA	3	6	56106	56111	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020940	GA	3	6	61322	61327	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020940	AG	4	8	65347	65354	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020940	TA	3	6	69678	69683	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020940	CT	3	6	72414	72419	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_020940	TA	3	6	85776	85781	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020940	TC	3	6	90997	91002	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_020940	GA	3	6	91129	91134	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020940	CT	3	6	93479	93484	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
36	NC_020940	GA	3	6	93965	93970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020940	GA	3	6	94007	94012	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020940	TA	3	6	94624	94629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020940	TC	3	6	100505	100510	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_020940	AT	3	6	100556	100561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020940	TA	3	6	107232	107237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020940	TG	3	6	116474	116479	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020940	AG	4	8	119059	119066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020940	GA	3	6	120881	120886	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020940	TA	3	6	123116	123121	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020940	GT	3	6	124105	124110	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020940	CT	3	6	128639	128644	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_020940	TC	3	6	130961	130966	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_020940	AG	3	6	131038	131043	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020940	AG	3	6	131063	131068	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020940	GA	3	6	138787	138792	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020940	AT	3	6	143019	143024	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020940	GA	3	6	152256	152261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020940	AG	3	6	157821	157826	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020940	TC	3	6	172285	172290	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_020940	AG	3	6	172417	172422	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020940	CT	3	6	172435	172440	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020940	TG	3	6	178926	178931	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020940	GA	3	6	184781	184786	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
60	NC_020940	AT	3	6	193241	193246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020940	AG	3	6	197708	197713	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_020940	TC	3	6	200699	200704	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_020940	CT	3	6	204457	204462	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
64	NC_020940	GA	4	8	207516	207523	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020940	CT	4	8	207564	207571	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020940	AG	4	8	218837	218844	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020940	TA	3	6	220391	220396	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020940	CT	3	6	222032	222037	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_020940	TC	3	6	225033	225038	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_020940	AG	3	6	225064	225069	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020940	TC	3	6	239264	239269	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_020940	AG	3	6	239290	239295	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020940	CA	3	6	244214	244219	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_020940	GT	3	6	244431	244436	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020940	GA	3	6	251298	251303	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020940	TG	3	6	251408	251413	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020940	AG	3	6	252210	252215	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020940	AG	3	6	253218	253223	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020940	TA	3	6	255024	255029	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020940	AG	3	6	257314	257319	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020940	TC	3	6	257340	257345	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
82	NC_020940	AG	3	6	258818	258823	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020940	TA	3	6	265181	265186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020940	CA	3	6	266988	266993	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_020940	TC	3	6	268888	268893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_020940	CA	3	6	274239	274244	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_020940	CT	3	6	274302	274307	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_020940	TA	3	6	274441	274446	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020940	AT	4	8	285001	285008	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020940	CT	3	6	285853	285858	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_020940	TC	4	8	285944	285951	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_020940	TC	3	6	287634	287639	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_020940	TC	3	6	287691	287696	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_020940	CT	3	6	288164	288169	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_020940	AT	3	6	300178	300183	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020940	CA	3	6	302507	302512	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_020940	GA	3	6	307238	307243	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020940	AG	3	6	316444	316449	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020940	CT	3	6	348413	348418	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_020940	CT	3	6	351484	351489	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_020940	TC	3	6	355710	355715	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_020940	TC	3	6	359540	359545	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_020940	CT	3	6	359626	359631	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_020940	AC	3	6	362959	362964	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_020940	GA	3	6	364869	364874	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020940	TC	3	6	364947	364952	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_020940	TA	3	6	365148	365153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020940	CT	4	8	382176	382183	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_020940	CG	3	6	392014	392019	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_020940	CA	3	6	393064	393069	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020940	TC	3	6	395611	395616	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
112	NC_020940	GA	3	6	396231	396236	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020940	GA	3	6	396362	396367	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020940	CT	3	6	410467	410472	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
115	NC_020940	CT	3	6	411454	411459	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020940	CT	3	6	430184	430189	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_020940	CT	3	6	431207	431212	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_020940	AG	3	6	431554	431559	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020940	GA	3	6	433249	433254	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020940	AC	3	6	437247	437252	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_020940	CT	3	6	441518	441523	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_020940	AC	3	6	441556	441561	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_020940	CA	3	6	444025	444030	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_020940	CT	3	6	445429	445434	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_020940	CT	3	6	454711	454716	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_020940	AG	3	6	460852	460857	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020940	TC	3	6	467390	467395	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_020940	AT	3	6	467459	467464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020940	GA	4	8	468833	468840	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020940	TA	3	6	468876	468881	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020940	GA	3	6	468974	468979	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020940	TC	3	6	480646	480651	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020940	AC	3	6	486177	486182	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_020940	GA	4	8	486222	486229	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020940	CA	3	6	486259	486264	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_020940	TC	3	6	486300	486305	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_020940	AC	3	6	490735	490740	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_020940	AG	3	6	490897	490902	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020940	CT	3	6	490916	490921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_020940	GA	3	6	491208	491213	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020940	CT	3	6	494195	494200	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_020940	CT	3	6	494713	494718	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_020940	TG	3	6	494746	494751	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020940	TA	3	6	494859	494864	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020940	CT	4	8	500516	500523	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
146	NC_020940	CA	3	6	508586	508591	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
147	NC_020940	CT	3	6	509524	509529	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_020940	TA	3	6	515327	515332	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020940	AG	3	6	517225	517230	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020940	TC	3	6	518071	518076	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
151	NC_020940	GA	3	6	518226	518231	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020940	AG	3	6	518262	518267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020940	AT	3	6	524494	524499	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020940	AC	3	6	535593	535598	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.